More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4054 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  100 
 
 		 344 aa  684    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  66.67 
 
 		 405 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4772  cytochrome C biogenesis protein  69.12 
 
 		 163 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2854  cytochrome C biogenesis protein  63.16 
 
 		 156 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2448  cytochrome C biogenesis protein  67.62 
 
 		 156 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  54.19 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  53.63 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0376  putative cytochrome C biogenesis protein CcmH  50 
 
 		 164 aa  132  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0115761 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1376  cytochrome C biogenesis protein  48.15 
 
 		 157 aa  129  9.000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  43.48 
 
 		 312 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  37.5 
 
 		 436 aa  125  8.000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3997  transcriptional regulator, XRE family  55.17 
 
 		 201 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2392  cytochrome c biogenesis protein  52.59 
 
 		 151 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00556293  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  29.64 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  29.64 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  29.64 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0583  cytochrome C biogenesis protein  55.86 
 
 		 133 aa  125  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.176741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  29.64 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  29.64 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  29.36 
 
 		 350 aa  122  7e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  43.84 
 
 		 443 aa  122  9e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  29.36 
 
 		 350 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  29.36 
 
 		 350 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0941  cytochrome C biogenesis protein  61.36 
 
 		 153 aa  120  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0853433  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1207  cytochrome C biogenesis protein  51.33 
 
 		 182 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1209  C-type cytochrome biogenesis protein  61.45 
 
 		 154 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.258631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  29.09 
 
 		 350 aa  119  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1511  cytochrome C biogenesis protein  50.98 
 
 		 160 aa  118  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0038  cytochrome C biogenesis protein  49.25 
 
 		 155 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3564  cytochrome C biogenesis protein  43.05 
 
 		 159 aa  116  5e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000181195  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00220  C-type cytochrome biogenesis protein  63.41 
 
 		 164 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  43.15 
 
 		 399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.11 
 
 		 399 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  30.68 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  30.68 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  30.68 
 
 		 347 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  36.13 
 
 		 466 aa  110  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  30.68 
 
 		 347 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3998  cytochrome C biogenesis protein  54.17 
 
 		 162 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.678852  normal  0.946907 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  32.09 
 
 		 395 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  30.68 
 
 		 347 aa  110  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2706  cytochrome C biogenesis protein  46.83 
 
 		 149 aa  109  8.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  44.06 
 
 		 389 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  30.5 
 
 		 347 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0923  cytochrome C biogenesis protein  50 
 
 		 153 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353367  normal  0.0366551 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0925  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  51.46 
 
 		 133 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0894  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  51.46 
 
 		 133 aa  108  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45290  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  46.15 
 
 		 155 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0942  cytochrome C biogenesis protein  48.31 
 
 		 157 aa  107  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0762441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1559  cytochrome C-type biogenesis protein  39.68 
 
 		 192 aa  106  5e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000529963  normal  0.148029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  49.22 
 
 		 155 aa  106  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06069  C-type cytochrome biogenesis protein  49.55 
 
 		 143 aa  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000842806  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1741  cytochrome C biogenesis protein  36.91 
 
 		 188 aa  105  1e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0074582  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00858  C-type cytochrome biogenesis protein  49.55 
 
 		 143 aa  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00749926  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0804  cytochrome C biogenesis protein  38.71 
 
 		 210 aa  105  1e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  30.27 
 
 		 347 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  30.27 
 
 		 347 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3386  cytochrome C biogenesis protein  44.44 
 
 		 156 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.255579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.46 
 
 		 407 aa  103  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0610  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  42.11 
 
 		 158 aa  103  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1551  cytochrome C biogenesis protein  55.7 
 
 		 179 aa  102  9e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.280563 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002848  cytochrome c heme lyase subunit CcmL  36.11 
 
 		 161 aa  102  9e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1365  cycL protein  48.7 
 
 		 152 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00486765  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0636  cytochrome C biogenesis protein  45.76 
 
 		 151 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.141803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  42.11 
 
 		 158 aa  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  31.75 
 
 		 347 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1072  cytochrome C biogenesis protein  50.49 
 
 		 151 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.777524 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1547  cytochrome C biogenesis protein  42.47 
 
 		 158 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89149  normal  0.744537 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0033  cytochrome C biogenesis protein  47.27 
 
 		 170 aa  100  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00807478  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  40 
 
 		 279 aa  100  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  36.36 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30380  Cytochrome C biogenesis protein  43.24 
 
 		 157 aa  100  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404014  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  31.16 
 
 		 347 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3889  cytochrome C biogenesis protein  41.78 
 
 		 158 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.200092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3722  cytochrome C biogenesis protein  43.12 
 
 		 159 aa  98.2  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000413859  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3646  cytochrome C biogenesis protein  44.92 
 
 		 158 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.235259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0439  cytochrome C biogenesis protein  46.08 
 
 		 158 aa  97.8  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2233  cytochrome C biogenesis protein  42.97 
 
 		 176 aa  97.8  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1638  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  38.16 
 
 		 158 aa  98.2  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00720006  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4019  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  36.64 
 
 		 159 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000231176  hitchhiker  0.00651067 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0236  cytochrome C biogenesis protein  36.64 
 
 		 159 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000417062  normal  0.56744 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0233  cytochrome C biogenesis protein  36.64 
 
 		 159 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000146648  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0233  cytochrome C biogenesis protein  36.64 
 
 		 159 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000012356  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3409  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  46.59 
 
 		 161 aa  97.1  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0284727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03128  hypothetical protein  35.42 
 
 		 161 aa  97.1  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2668  cytochrome C biogenesis protein  41.22 
 
 		 158 aa  96.7  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1689  cytochrome C biogenesis protein  49.45 
 
 		 167 aa  96.7  5e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.320288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3017  cytochrome C biogenesis protein  38.39 
 
 		 180 aa  96.7  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0250  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  41.13 
 
 		 167 aa  96.3  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000345398  normal  0.0777875 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  34.57 
 
 		 298 aa  95.9  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0184  cytochrome C biogenesis protein  38.66 
 
 		 160 aa  95.1  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331136  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  37.41 
 
 		 405 aa  94.7  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0900  cytochrome C biogenesis protein  40.6 
 
 		 153 aa  95.1  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198735  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3628  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  43.22 
 
 		 156 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1877  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  40.48 
 
 		 147 aa  94.4  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000542623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3408  cytochrome C biogenesis protein  41.67 
 
 		 136 aa  93.6  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.572276  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1037  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  41.67 
 
 		 155 aa  93.2  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1584  diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase, 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase  40.91 
 
 		 156 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.550615  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1394  putative cytochrome c-type biogenesis protein  38.24 
 
 		 170 aa  93.2  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1503  cytochrome C biogenesis protein  38.24 
 
 		 170 aa  92.8  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>