82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4054 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 383 aa  758    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 383 aa  758    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  44.9 
 
 		 393 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  33.42 
 
 		 389 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.33 
 
 		 368 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  32.66 
 
 		 367 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  31.49 
 
 		 367 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  32.49 
 
 		 366 aa  153  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  32.14 
 
 		 382 aa  151  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  32.22 
 
 		 379 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  30.66 
 
 		 385 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  32.15 
 
 		 367 aa  146  6e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.22 
 
 		 390 aa  145  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  31.69 
 
 		 379 aa  142  8e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  32.57 
 
 		 367 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.66 
 
 		 392 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  35.24 
 
 		 407 aa  136  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.23 
 
 		 402 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  28.92 
 
 		 466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  30.96 
 
 		 360 aa  120  6e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.22 
 
 		 384 aa  115  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.35 
 
 		 372 aa  110  5e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.22 
 
 		 516 aa  103  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.37 
 
 		 495 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  27.99 
 
 		 431 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.14 
 
 		 372 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  28.85 
 
 		 283 aa  99.8  7e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.65 
 
 		 523 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.95 
 
 		 552 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  29.59 
 
 		 494 aa  98.2  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  27.85 
 
 		 417 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  28.69 
 
 		 406 aa  96.7  6e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  28.33 
 
 		 337 aa  96.7  7e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  30.23 
 
 		 412 aa  95.1  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  28.73 
 
 		 415 aa  90.9  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  28.79 
 
 		 324 aa  87.8  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  27.11 
 
 		 412 aa  86.7  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  26.9 
 
 		 415 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  25.31 
 
 		 436 aa  83.6  0.000000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  29.89 
 
 		 424 aa  80.9  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.06 
 
 		 420 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  24.14 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  23.15 
 
 		 433 aa  70.5  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.96 
 
 		 374 aa  68.6  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  27 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2929  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.63 
 
 		 239 aa  65.1  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  25.21 
 
 		 279 aa  64.7  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  29.79 
 
 		 293 aa  63.5  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  25.1 
 
 		 428 aa  60.5  0.00000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  22.27 
 
 		 418 aa  60.5  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  27.8 
 
 		 407 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  33.03 
 
 		 443 aa  60.1  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2857  cytochrome c biogenesis factor-like protein  31.68 
 
 		 258 aa  58.2  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  29.18 
 
 		 389 aa  58.5  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.81 
 
 		 399 aa  57.8  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  26.07 
 
 		 399 aa  57.4  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  26.92 
 
 		 403 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  27.73 
 
 		 427 aa  56.6  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  24.55 
 
 		 432 aa  55.8  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  21.54 
 
 		 395 aa  55.8  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  25.82 
 
 		 405 aa  54.7  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  25.35 
 
 		 316 aa  53.9  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  24.74 
 
 		 404 aa  50.4  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.42 
 
 		 299 aa  49.7  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  26.79 
 
 		 232 aa  49.7  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.89 
 
 		 398 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.26 
 
 		 299 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  26.8 
 
 		 405 aa  48.9  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  22.01 
 
 		 403 aa  47.8  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  26.54 
 
 		 400 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.35 
 
 		 396 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  50 
 
 		 312 aa  47.8  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  28.08 
 
 		 405 aa  47  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  20.47 
 
 		 417 aa  47  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  42.03 
 
 		 310 aa  47  0.0006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  27.7 
 
 		 295 aa  46.6  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  29.51 
 
 		 344 aa  46.2  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4384  hypothetical protein  26.2 
 
 		 546 aa  45.1  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  27.43 
 
 		 406 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  35.85 
 
 		 405 aa  45.4  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1513  cytochrome c biogenesis factor  27.65 
 
 		 224 aa  44.7  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.774249 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  25.49 
 
 		 398 aa  44.3  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>