161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2393 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
293 aa  589  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  39.86 
 
 
279 aa  181  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  35.03 
 
 
466 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  32.8 
 
 
395 aa  149  7e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  38.75 
 
 
399 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.38 
 
 
399 aa  134  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  29.79 
 
 
436 aa  122  6e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  32.88 
 
 
298 aa  118  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.07 
 
 
407 aa  117  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  43.97 
 
 
389 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  33.76 
 
 
295 aa  110  3e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  40.14 
 
 
443 aa  108  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  33.95 
 
 
312 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  33.82 
 
 
405 aa  100  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.45 
 
 
299 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.85 
 
 
299 aa  97.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  27.84 
 
 
403 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  28.32 
 
 
427 aa  94.4  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  32.95 
 
 
405 aa  91.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  27.31 
 
 
407 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  27.4 
 
 
418 aa  89  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  36.36 
 
 
344 aa  82.8  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.32 
 
 
372 aa  82.8  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  26.69 
 
 
400 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  27.69 
 
 
406 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  25.61 
 
 
433 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  28.46 
 
 
389 aa  76.6  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.47 
 
 
396 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  28.41 
 
 
360 aa  74.3  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  26.82 
 
 
405 aa  72.8  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.11 
 
 
552 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.11 
 
 
523 aa  72.4  0.000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  26.83 
 
 
424 aa  72.4  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  28.68 
 
 
367 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  26.21 
 
 
397 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  23.76 
 
 
228 aa  69.7  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  25.41 
 
 
296 aa  69.7  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.4 
 
 
516 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  27.74 
 
 
366 aa  69.3  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.1 
 
 
420 aa  68.9  0.00000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  28.78 
 
 
228 aa  68.2  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.63 
 
 
398 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  26.64 
 
 
385 aa  67.8  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  27.35 
 
 
310 aa  68.2  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  28.75 
 
 
407 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  26.44 
 
 
367 aa  67.4  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  23.92 
 
 
417 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  25.21 
 
 
398 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  24.49 
 
 
404 aa  65.9  0.0000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  29.03 
 
 
405 aa  65.1  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  29.58 
 
 
412 aa  65.5  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  22.53 
 
 
403 aa  65.1  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.48 
 
 
368 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  24.07 
 
 
404 aa  64.3  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.39 
 
 
495 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  29.79 
 
 
383 aa  63.5  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  29.79 
 
 
383 aa  63.5  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  24.23 
 
 
393 aa  63.2  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  24.67 
 
 
417 aa  62.8  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  34.13 
 
 
382 aa  62.8  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0582  TPR repeat-containing protein  34.95 
 
 
222 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.149034  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  26.98 
 
 
367 aa  60.8  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.07 
 
 
402 aa  60.1  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  28.06 
 
 
379 aa  59.7  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  25 
 
 
379 aa  60.1  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  22.68 
 
 
405 aa  59.7  0.00000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.26 
 
 
372 aa  58.9  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  26.24 
 
 
406 aa  58.9  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  21 
 
 
294 aa  58.5  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  26.98 
 
 
367 aa  57.8  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  21.99 
 
 
426 aa  57.8  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.06 
 
 
390 aa  56.6  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  27.61 
 
 
415 aa  55.8  0.0000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.53 
 
 
408 aa  55.8  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  21.29 
 
 
426 aa  55.1  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.4 
 
 
392 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.53 
 
 
408 aa  55.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.53 
 
 
408 aa  55.1  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  28.57 
 
 
347 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  23.19 
 
 
403 aa  54.7  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  21.29 
 
 
426 aa  54.7  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  28.57 
 
 
347 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  28.57 
 
 
347 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  24.17 
 
 
432 aa  53.1  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  27.84 
 
 
494 aa  53.1  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  26.99 
 
 
415 aa  53.5  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  27.82 
 
 
347 aa  52.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  27.61 
 
 
415 aa  52.8  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  27.61 
 
 
415 aa  52.8  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  27.82 
 
 
347 aa  52.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  29.27 
 
 
417 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  27.82 
 
 
347 aa  51.2  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1625  truncated C-type cytochrome biogenesis protein  30.72 
 
 
219 aa  50.8  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.33 
 
 
428 aa  51.2  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  27.82 
 
 
347 aa  50.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  27.82 
 
 
347 aa  50.8  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.06 
 
 
384 aa  50.8  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  27.82 
 
 
347 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  23.72 
 
 
350 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.61 
 
 
289 aa  49.7  0.00006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>