92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2416 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  100 
 
 		 289 aa  578  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  93.08 
 
 		 289 aa  486  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  46.32 
 
 		 403 aa  252  6e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  44.76 
 
 		 408 aa  216  2.9999999999999998e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  44.76 
 
 		 408 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  44.41 
 
 		 408 aa  212  5.999999999999999e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  47.69 
 
 		 350 aa  207  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  47.69 
 
 		 350 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  50.25 
 
 		 350 aa  207  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  47.22 
 
 		 350 aa  206  4e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  49.75 
 
 		 350 aa  205  6e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  49.75 
 
 		 350 aa  205  6e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  49.75 
 
 		 350 aa  205  6e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  49.75 
 
 		 350 aa  205  6e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  47.22 
 
 		 350 aa  204  1e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  48.31 
 
 		 347 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  50.26 
 
 		 347 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  50.26 
 
 		 347 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  49.74 
 
 		 347 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  50.26 
 
 		 347 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  49.74 
 
 		 347 aa  192  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  49.74 
 
 		 347 aa  192  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  49.21 
 
 		 347 aa  192  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  49.74 
 
 		 347 aa  192  8e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  49.21 
 
 		 347 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  33.9 
 
 		 404 aa  175  7e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  35.34 
 
 		 405 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  33.68 
 
 		 404 aa  155  7e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  36.54 
 
 		 404 aa  152  5e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  30.69 
 
 		 294 aa  146  3e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.97 
 
 		 428 aa  112  8.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  28.63 
 
 		 407 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  26.04 
 
 		 436 aa  87.4  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.57 
 
 		 398 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.2 
 
 		 396 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  28.63 
 
 		 406 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  25.62 
 
 		 433 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  26.26 
 
 		 466 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  27.03 
 
 		 398 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  27.78 
 
 		 400 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  26.87 
 
 		 403 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  28.24 
 
 		 397 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  26.2 
 
 		 424 aa  70.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  25.76 
 
 		 428 aa  70.5  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  23.83 
 
 		 427 aa  70.5  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  24 
 
 		 228 aa  68.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  24 
 
 		 228 aa  68.9  0.00000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  23.97 
 
 		 395 aa  67.4  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  27.31 
 
 		 417 aa  65.1  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  28.05 
 
 		 405 aa  64.7  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  27.97 
 
 		 443 aa  64.3  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.6 
 
 		 407 aa  59.3  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  25 
 
 		 415 aa  58.9  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  27.09 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  23.19 
 
 		 418 aa  57.8  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  26.94 
 
 		 416 aa  57.4  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  22.87 
 
 		 403 aa  56.6  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.78 
 
 		 399 aa  57  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  24.11 
 
 		 417 aa  57  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  24.11 
 
 		 417 aa  57  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.11 
 
 		 417 aa  57  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  25.66 
 
 		 405 aa  56.2  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  24.71 
 
 		 279 aa  55.8  0.0000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  20.92 
 
 		 405 aa  55.8  0.0000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  23.83 
 
 		 432 aa  55.1  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  26.38 
 
 		 399 aa  55.5  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 417 aa  53.5  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  23.72 
 
 		 417 aa  52.8  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  24.8 
 
 		 293 aa  52.8  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  23.04 
 
 		 415 aa  52.4  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  24.56 
 
 		 296 aa  51.2  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  23.14 
 
 		 415 aa  50.8  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.72 
 
 		 416 aa  50.4  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  23.14 
 
 		 415 aa  50.4  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  26.52 
 
 		 198 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  26.52 
 
 		 198 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  22.76 
 
 		 415 aa  48.1  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.52 
 
 		 198 aa  47  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.52 
 
 		 198 aa  47  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.52 
 
 		 198 aa  47  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0582  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 222 aa  47.4  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.149034  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  26.52 
 
 		 198 aa  47  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.52 
 
 		 198 aa  47  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  28.03 
 
 		 312 aa  46.6  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  25.6 
 
 		 198 aa  46.6  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  25.71 
 
 		 310 aa  46.6  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1605  tetratricopeptide TPR_2  42.5 
 
 		 252 aa  45.8  0.0007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.790082 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  24.63 
 
 		 389 aa  45.8  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  25.76 
 
 		 198 aa  45.4  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  27.34 
 
 		 283 aa  45.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  24.3 
 
 		 417 aa  43.9  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7517  hypothetical protein  26.96 
 
 		 703 aa  43.5  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.328747  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>