232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A2590 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  95.97 
 
 
347 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  99.14 
 
 
347 aa  694    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  98.27 
 
 
347 aa  688    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  99.14 
 
 
347 aa  694    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  100 
 
 
347 aa  701    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  100 
 
 
347 aa  701    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  97.69 
 
 
347 aa  660    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  96.25 
 
 
347 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  91.35 
 
 
347 aa  611  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  91.35 
 
 
347 aa  607  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  74.35 
 
 
350 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  74.64 
 
 
350 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  74.35 
 
 
350 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  74.35 
 
 
350 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  74.35 
 
 
350 aa  514  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  74.64 
 
 
350 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  74.35 
 
 
350 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  74.06 
 
 
350 aa  511  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  74.35 
 
 
350 aa  514  1e-144  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  57.54 
 
 
408 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  54.4 
 
 
403 aa  213  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  57.95 
 
 
408 aa  212  9e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  57.39 
 
 
408 aa  211  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  51.43 
 
 
289 aa  182  6e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  51.43 
 
 
289 aa  182  9.000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3384  cytochrome C biogenesis protein  60.33 
 
 
157 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1503  cytochrome C biogenesis protein  63.79 
 
 
170 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1394  putative cytochrome c-type biogenesis protein  63.79 
 
 
170 aa  159  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2417  cytochrome C biogenesis protein  58.4 
 
 
152 aa  157  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.62461  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2721  cytochrome C biogenesis protein  56 
 
 
152 aa  152  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002848  cytochrome c heme lyase subunit CcmL  53.45 
 
 
161 aa  150  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1638  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  55.46 
 
 
158 aa  149  6e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00720006  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03128  hypothetical protein  53.45 
 
 
161 aa  149  7e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  39.59 
 
 
404 aa  149  8e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  37.76 
 
 
405 aa  145  8.000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0400  cytochrome c-type biogenesis protein H  53.91 
 
 
156 aa  144  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3017  cytochrome C biogenesis protein  49.19 
 
 
180 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2274  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH precursor  52.89 
 
 
168 aa  143  4e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.331882  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  36.73 
 
 
404 aa  142  7e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  36.79 
 
 
404 aa  141  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  32.86 
 
 
294 aa  134  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3249  cytochrome C biogenesis protein  50 
 
 
149 aa  132  9e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1584  diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase, 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase  47.1 
 
 
156 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.550615  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1547  cytochrome C biogenesis protein  49.18 
 
 
158 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89149  normal  0.744537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3889  cytochrome C biogenesis protein  48.36 
 
 
158 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.200092  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45290  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  50 
 
 
155 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2784  cytochrome C biogenesis protein  50 
 
 
162 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3646  cytochrome C biogenesis protein  50.44 
 
 
158 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.235259  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  52.59 
 
 
155 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30380  Cytochrome C biogenesis protein  50.86 
 
 
157 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404014  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3386  cytochrome C biogenesis protein  47.24 
 
 
156 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.255579  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1953  cytochrome C biogenesis protein  46.43 
 
 
160 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.570726  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03067  Cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  46.72 
 
 
176 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1741  cytochrome C biogenesis protein  42.31 
 
 
188 aa  116  6e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0074582  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3628  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  44.96 
 
 
156 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1559  cytochrome C-type biogenesis protein  42.31 
 
 
192 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000529963  normal  0.148029 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2706  cytochrome C biogenesis protein  51.89 
 
 
149 aa  114  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572968  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0941  cytochrome C biogenesis protein  43.55 
 
 
153 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0853433  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0804  cytochrome C biogenesis protein  38.02 
 
 
210 aa  109  6e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1037  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  42.48 
 
 
155 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00220  C-type cytochrome biogenesis protein  43.64 
 
 
164 aa  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3408  cytochrome C biogenesis protein  42.64 
 
 
136 aa  106  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.572276  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0925  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  44.04 
 
 
133 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0894  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  44.04 
 
 
133 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3998  cytochrome C biogenesis protein  42.98 
 
 
162 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.678852  normal  0.946907 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0184  cytochrome C biogenesis protein  37.88 
 
 
160 aa  102  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000331136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1413  cytochrome C biogenesis protein  39.52 
 
 
162 aa  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.638624  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3722  cytochrome C biogenesis protein  37.88 
 
 
159 aa  100  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000413859  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1350  cytochrome C biogenesis protein  42.48 
 
 
189 aa  99.8  6e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.252997  normal  0.16103 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0195  cytochrome C biogenesis protein  37.59 
 
 
159 aa  99.4  9e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00319967  normal  0.0437766 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1376  cytochrome C biogenesis protein  39.52 
 
 
157 aa  98.6  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1877  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  34.06 
 
 
147 aa  98.2  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000542623  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0250  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  35.71 
 
 
167 aa  98.2  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000345398  normal  0.0777875 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3564  cytochrome C biogenesis protein  37.21 
 
 
159 aa  97.8  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000181195  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3997  transcriptional regulator, XRE family  46.24 
 
 
201 aa  97.8  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1207  cytochrome C biogenesis protein  43.69 
 
 
182 aa  96.7  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1371  cytochrome C biogenesis protein  48.91 
 
 
175 aa  95.9  8e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0236  cytochrome C biogenesis protein  35.77 
 
 
159 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000417062  normal  0.56744 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0233  cytochrome C biogenesis protein  35.77 
 
 
159 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000012356  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4019  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  35.77 
 
 
159 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000231176  hitchhiker  0.00651067 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0233  cytochrome C biogenesis protein  35.77 
 
 
159 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000146648  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0220  cytochrome C biogenesis protein  35.94 
 
 
155 aa  95.1  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000296906  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.58 
 
 
428 aa  93.6  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4282  cytochrome c biogenesis protein  38.53 
 
 
160 aa  93.6  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100149  normal  0.0369592 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4654  cytochrome c nitrite reductase, accessory protein NrfF  34.96 
 
 
160 aa  93.6  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532931  normal  0.0226241 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1511  cytochrome C biogenesis protein  37.4 
 
 
160 aa  92.8  8e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1567  cytochrome C biogenesis protein  39.06 
 
 
144 aa  92.4  9e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1689  cytochrome C biogenesis protein  45.98 
 
 
167 aa  92.4  9e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.320288  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0583  cytochrome C biogenesis protein  48.96 
 
 
133 aa  92.4  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.176741  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02720  hypothetical protein  43.75 
 
 
136 aa  91.3  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1624  c-type cytochrome biogenesis protein  38.28 
 
 
144 aa  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06069  C-type cytochrome biogenesis protein  44.64 
 
 
143 aa  90.9  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000842806  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0923  cytochrome C biogenesis protein  38.46 
 
 
153 aa  90.9  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353367  normal  0.0366551 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00858  C-type cytochrome biogenesis protein  44.64 
 
 
143 aa  90.9  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00749926  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2668  cytochrome C biogenesis protein  41.44 
 
 
158 aa  90.5  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2448  cytochrome C biogenesis protein  46.24 
 
 
156 aa  90.1  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3890  cytochrome C biogenesis protein  42.16 
 
 
151 aa  89.7  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0293402  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0038  cytochrome C biogenesis protein  38.98 
 
 
155 aa  89.4  8e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2854  cytochrome C biogenesis protein  46.24 
 
 
156 aa  89  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2392  cytochrome c biogenesis protein  43.14 
 
 
151 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00556293  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>