139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3772 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
405 aa  803    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  37.11 
 
 
436 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  33.92 
 
 
443 aa  164  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  36.92 
 
 
389 aa  159  6e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  33.46 
 
 
395 aa  159  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  33.1 
 
 
399 aa  155  9e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  32.29 
 
 
405 aa  137  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.96 
 
 
399 aa  137  4e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.97 
 
 
407 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.04 
 
 
396 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  29.9 
 
 
424 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  29.84 
 
 
403 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  29.75 
 
 
398 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  30 
 
 
400 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  27.19 
 
 
415 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 
415 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  28.77 
 
 
415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  28.06 
 
 
415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  27.1 
 
 
417 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  27.97 
 
 
397 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  27.22 
 
 
415 aa  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  34.48 
 
 
405 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  29.57 
 
 
427 aa  105  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  25.27 
 
 
417 aa  105  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  30.92 
 
 
407 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.2 
 
 
398 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  26.06 
 
 
417 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  26.49 
 
 
417 aa  102  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.06 
 
 
417 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  40.14 
 
 
312 aa  102  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  28.73 
 
 
416 aa  101  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  26.68 
 
 
417 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  26.18 
 
 
415 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  26.7 
 
 
417 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  28.63 
 
 
466 aa  98.6  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  29.74 
 
 
403 aa  97.8  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.46 
 
 
416 aa  97.8  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  30.42 
 
 
405 aa  95.1  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  31.08 
 
 
406 aa  93.6  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  27.22 
 
 
433 aa  93.2  8e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  28.36 
 
 
418 aa  90.1  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  26.05 
 
 
403 aa  90.5  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  24.09 
 
 
404 aa  88.2  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  24.53 
 
 
405 aa  85.1  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  36.57 
 
 
279 aa  84.7  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  23.4 
 
 
404 aa  82  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  26.21 
 
 
337 aa  80.1  0.00000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  26.21 
 
 
337 aa  80.1  0.00000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0582  TPR repeat-containing protein  40.37 
 
 
222 aa  76.3  0.0000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.149034  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  28.19 
 
 
298 aa  75.5  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  24.52 
 
 
404 aa  75.5  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.76 
 
 
428 aa  72  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  29.03 
 
 
293 aa  71.2  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  23.28 
 
 
432 aa  67.8  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.67 
 
 
408 aa  66.6  0.0000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.83 
 
 
428 aa  65.5  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.67 
 
 
408 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  27.31 
 
 
471 aa  64.7  0.000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.67 
 
 
408 aa  64.7  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  30 
 
 
198 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  28.57 
 
 
198 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  29.23 
 
 
198 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.12 
 
 
198 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  28.57 
 
 
198 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.57 
 
 
198 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.23 
 
 
198 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.57 
 
 
198 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.57 
 
 
198 aa  62.4  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.87 
 
 
426 aa  62  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.57 
 
 
206 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  26.39 
 
 
228 aa  58.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  26.39 
 
 
228 aa  58.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.57 
 
 
206 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  26.54 
 
 
296 aa  58.5  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.57 
 
 
206 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.57 
 
 
206 aa  58.9  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.57 
 
 
206 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  30.22 
 
 
295 aa  57.8  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1897  TPR repeat-containing protein  24.55 
 
 
214 aa  57.8  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  23.41 
 
 
426 aa  57.4  0.0000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  34.31 
 
 
344 aa  57.4  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  22.32 
 
 
426 aa  55.5  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.19 
 
 
420 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.16 
 
 
299 aa  54.7  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.84 
 
 
299 aa  54.3  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.04 
 
 
523 aa  53.1  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.04 
 
 
516 aa  53.1  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.62 
 
 
372 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  27.03 
 
 
387 aa  52.8  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3178  TPR repeat-containing protein  31.41 
 
 
211 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0335083  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.66 
 
 
289 aa  51.6  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.14 
 
 
552 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  25.44 
 
 
347 aa  51.6  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  24.75 
 
 
389 aa  51.2  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  25.44 
 
 
347 aa  51.2  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2707  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.8 
 
 
328 aa  51.6  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  25.29 
 
 
347 aa  50.4  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.44 
 
 
289 aa  50.8  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1625  truncated C-type cytochrome biogenesis protein  29.03 
 
 
219 aa  50.1  0.00006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1568  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
219 aa  50.1  0.00006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>