76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1558 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  96.71 
 
 
426 aa  837    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  100 
 
 
426 aa  860    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  77.23 
 
 
426 aa  702    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  45.78 
 
 
471 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  24.94 
 
 
433 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  27.17 
 
 
427 aa  108  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  25.85 
 
 
403 aa  102  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.57 
 
 
408 aa  95.9  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  26.28 
 
 
407 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  24.42 
 
 
403 aa  93.2  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  24.45 
 
 
436 aa  93.2  9e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.87 
 
 
408 aa  93.2  9e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.87 
 
 
408 aa  92.8  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  25.65 
 
 
424 aa  91.7  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  28.94 
 
 
405 aa  90.9  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  26.98 
 
 
400 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.99 
 
 
416 aa  82  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.93 
 
 
396 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  23.14 
 
 
399 aa  80.5  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  23.6 
 
 
417 aa  80.1  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  25.18 
 
 
398 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.47 
 
 
407 aa  77.4  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  26.34 
 
 
406 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.26 
 
 
428 aa  73.9  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  25.53 
 
 
405 aa  73.9  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  22.45 
 
 
404 aa  73.2  0.000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  22.2 
 
 
404 aa  72.4  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.37 
 
 
398 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  22.5 
 
 
417 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.81 
 
 
428 aa  70.9  0.00000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  23.53 
 
 
395 aa  70.1  0.00000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  22.61 
 
 
405 aa  68.9  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  22.35 
 
 
417 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.35 
 
 
417 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  22.1 
 
 
417 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  22.12 
 
 
417 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  22.47 
 
 
466 aa  66.6  0.0000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  22.05 
 
 
415 aa  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
279 aa  66.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  26.21 
 
 
295 aa  65.1  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  21.93 
 
 
415 aa  64.3  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  22.48 
 
 
415 aa  63.5  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  23.18 
 
 
397 aa  63.5  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  23.71 
 
 
416 aa  62.8  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  21.87 
 
 
415 aa  62.8  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  25.17 
 
 
337 aa  62.4  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  25.17 
 
 
337 aa  62.4  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  24.32 
 
 
405 aa  60.8  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  21.32 
 
 
417 aa  60.5  0.00000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  26.69 
 
 
296 aa  59.7  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  21.2 
 
 
415 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  23.23 
 
 
432 aa  58.2  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  22.95 
 
 
404 aa  57  0.0000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  23.76 
 
 
443 aa  55.5  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  21.29 
 
 
293 aa  55.1  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  23.19 
 
 
389 aa  54.3  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  21.59 
 
 
415 aa  53.9  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2707  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.89 
 
 
328 aa  53.9  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  23.3 
 
 
298 aa  52.4  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  23.41 
 
 
405 aa  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  20.91 
 
 
228 aa  50.8  0.00004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  21.66 
 
 
418 aa  50.4  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  20.53 
 
 
228 aa  49.3  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  22.73 
 
 
360 aa  47.8  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.62 
 
 
206 aa  47.8  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  22.38 
 
 
389 aa  47.4  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.67 
 
 
206 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.67 
 
 
206 aa  46.6  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.67 
 
 
206 aa  46.6  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.67 
 
 
206 aa  46.2  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  21.28 
 
 
516 aa  45.8  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  19.85 
 
 
399 aa  45.1  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  20.96 
 
 
403 aa  45.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  22.74 
 
 
367 aa  43.9  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  20.28 
 
 
379 aa  43.9  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.19 
 
 
312 aa  43.9  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>