173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0582 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_0582  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
222 aa  426  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.149034  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  42.47 
 
 
443 aa  113  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  39.13 
 
 
436 aa  102  5e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  41.3 
 
 
389 aa  101  9e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  39.73 
 
 
466 aa  91.7  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.48 
 
 
407 aa  87.8  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  40.15 
 
 
312 aa  87  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  33.86 
 
 
399 aa  86.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  31.98 
 
 
395 aa  82  0.000000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  31.61 
 
 
293 aa  81.6  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  31.49 
 
 
279 aa  80.1  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  34.23 
 
 
405 aa  79  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.86 
 
 
399 aa  76.6  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  35.67 
 
 
295 aa  74.7  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  35.34 
 
 
404 aa  71.2  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  32.86 
 
 
405 aa  67.4  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  29.6 
 
 
367 aa  65.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  33.59 
 
 
298 aa  65.5  0.0000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  30.26 
 
 
403 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  34.48 
 
 
344 aa  63.2  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  33.85 
 
 
350 aa  62.4  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  33.85 
 
 
350 aa  62  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  33.85 
 
 
350 aa  62  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.397636 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  33.85 
 
 
350 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  33.85 
 
 
350 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  33.85 
 
 
350 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  33.85 
 
 
350 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  33.85 
 
 
350 aa  61.2  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  27.78 
 
 
418 aa  60.5  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  32.23 
 
 
367 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  27.54 
 
 
432 aa  59.7  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  31.13 
 
 
417 aa  59.7  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  28.76 
 
 
228 aa  58.5  0.00000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  33.08 
 
 
350 aa  58.5  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  28.26 
 
 
385 aa  58.5  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  28.76 
 
 
228 aa  57.8  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.61 
 
 
206 aa  57.8  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  31.47 
 
 
397 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  32.37 
 
 
337 aa  57.8  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  30.61 
 
 
206 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  27.41 
 
 
407 aa  57  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  30.61 
 
 
206 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  30.61 
 
 
206 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.93 
 
 
206 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.47 
 
 
289 aa  55.8  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  26.19 
 
 
433 aa  55.8  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  26.71 
 
 
417 aa  55.5  0.0000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  23.72 
 
 
415 aa  55.5  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  39.56 
 
 
427 aa  55.1  0.0000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  25.64 
 
 
415 aa  54.3  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00221  tetratricopeptide repeat domain protein  28.93 
 
 
236 aa  53.5  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.5 
 
 
275 aa  53.9  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  25.35 
 
 
294 aa  54.3  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.78 
 
 
289 aa  53.5  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  27.92 
 
 
1276 aa  52.8  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  25.88 
 
 
403 aa  52.8  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  27.48 
 
 
403 aa  53.1  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  23.81 
 
 
417 aa  52.4  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  30.37 
 
 
347 aa  52.4  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  27.27 
 
 
310 aa  52.4  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0351  TPR repeat-containing protein  31.62 
 
 
230 aa  52.4  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.590847  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  27.5 
 
 
276 aa  52  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  30.37 
 
 
347 aa  52.4  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  24.2 
 
 
417 aa  52.4  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  26.28 
 
 
415 aa  52  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  23.81 
 
 
417 aa  52  0.000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.81 
 
 
417 aa  52  0.000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  23.81 
 
 
417 aa  52  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  30.43 
 
 
424 aa  51.2  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.59 
 
 
420 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  26.17 
 
 
198 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  29.63 
 
 
347 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.17 
 
 
198 aa  50.4  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.17 
 
 
198 aa  50.8  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  26.17 
 
 
198 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  29.63 
 
 
347 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  25.85 
 
 
387 aa  50.4  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  26.57 
 
 
406 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.17 
 
 
198 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.17 
 
 
198 aa  50.8  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.06 
 
 
299 aa  50.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.87 
 
 
374 aa  50.8  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  29.63 
 
 
347 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  26.35 
 
 
198 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  29.56 
 
 
337 aa  50.1  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.17 
 
 
198 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4508  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.03 
 
 
836 aa  50.1  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.885776 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  29.56 
 
 
337 aa  50.1  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4781  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  25.41 
 
 
738 aa  50.1  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.409511  normal  0.0812036 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.55 
 
 
368 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0668  TPR repeat-containing protein  28.93 
 
 
209 aa  48.9  0.00006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.541497  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.1 
 
 
299 aa  48.9  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  25.5 
 
 
198 aa  48.9  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  23.79 
 
 
415 aa  48.9  0.00006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2606  tetratricopeptide TPR_2  26.57 
 
 
643 aa  48.5  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  24.72 
 
 
416 aa  48.5  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  28.36 
 
 
366 aa  48.5  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  26.09 
 
 
360 aa  48.1  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  28.89 
 
 
347 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  27.96 
 
 
347 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>