166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3888 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  100 
 
 		 398 aa  780    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  95.23 
 
 		 398 aa  717    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  90.43 
 
 		 396 aa  677    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  74.25 
 
 		 400 aa  545  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  69.1 
 
 		 397 aa  484  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  66.83 
 
 		 407 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  66.75 
 
 		 406 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  63 
 
 		 403 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  64.23 
 
 		 405 aa  413  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  33.5 
 
 		 415 aa  193  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  32.75 
 
 		 415 aa  192  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  33 
 
 		 415 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  32.61 
 
 		 417 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  30.98 
 
 		 417 aa  181  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  35.94 
 
 		 405 aa  179  8e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  34.26 
 
 		 427 aa  178  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  32.75 
 
 		 415 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.83 
 
 		 416 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  30.98 
 
 		 415 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  30.94 
 
 		 415 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  30.22 
 
 		 417 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  29.98 
 
 		 417 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  29.5 
 
 		 417 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.5 
 
 		 417 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  30.93 
 
 		 416 aa  170  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  29.97 
 
 		 417 aa  169  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  31.19 
 
 		 403 aa  161  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  31.82 
 
 		 424 aa  160  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  30.32 
 
 		 418 aa  155  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  29.66 
 
 		 436 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  30.51 
 
 		 395 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  35.74 
 
 		 443 aa  147  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  32.41 
 
 		 399 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  35.17 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  28.4 
 
 		 433 aa  135  9e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  29.4 
 
 		 432 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.1 
 
 		 428 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.76 
 
 		 407 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  24.43 
 
 		 404 aa  126  6e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.61 
 
 		 399 aa  125  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  25.63 
 
 		 404 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  25.88 
 
 		 405 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  25.32 
 
 		 403 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  34.01 
 
 		 389 aa  109  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  25.69 
 
 		 404 aa  100  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  32.26 
 
 		 337 aa  100  6e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  32.26 
 
 		 337 aa  100  6e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  28.82 
 
 		 405 aa  99  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.07 
 
 		 408 aa  97.4  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.32 
 
 		 408 aa  93.6  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  24.87 
 
 		 387 aa  92.8  8e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.32 
 
 		 408 aa  93.2  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  28.42 
 
 		 279 aa  91.3  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  30.53 
 
 		 405 aa  89.4  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  28.19 
 
 		 466 aa  86.7  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  25.65 
 
 		 426 aa  86.3  9e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  27.75 
 
 		 426 aa  84  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3874  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  32.42 
 
 		 224 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  26.37 
 
 		 426 aa  81.3  0.00000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.57 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3539  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  38.69 
 
 		 224 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3999  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  34.31 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  27.44 
 
 		 228 aa  75.9  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0491  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  37.96 
 
 		 224 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  27.44 
 
 		 228 aa  75.5  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  28.43 
 
 		 382 aa  75.5  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0492  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  38.69 
 
 		 224 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.19 
 
 		 289 aa  73.9  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2707  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  38.73 
 
 		 328 aa  73.9  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0482  formate-dependent nitrite reductase, nrfG protein  31.69 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  22.71 
 
 		 471 aa  73.2  0.000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  29.96 
 
 		 360 aa  72.8  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  29.82 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  27.56 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  27.63 
 
 		 379 aa  69.3  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  25.63 
 
 		 293 aa  68.9  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3361  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  33.33 
 
 		 226 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  21.65 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.07 
 
 		 390 aa  67.4  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  29.96 
 
 		 295 aa  67.4  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  24.54 
 
 		 367 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  23.16 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.74 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  29.23 
 
 		 198 aa  63.5  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.96 
 
 		 372 aa  63.5  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  29.23 
 
 		 198 aa  63.5  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  29.23 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.99 
 
 		 552 aa  63.5  0.000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.99 
 
 		 523 aa  63.2  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.23 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.23 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.23 
 
 		 198 aa  63.2  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.23 
 
 		 198 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.23 
 
 		 198 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  30 
 
 		 198 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0351  TPR repeat-containing protein  30.5 
 
 		 230 aa  62.8  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.590847  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.48 
 
 		 299 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  31.75 
 
 		 276 aa  61.6  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  26.67 
 
 		 407 aa  62  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  23.94 
 
 		 389 aa  61.6  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>