77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0351 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0351  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 230 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.590847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0496  TPR repeat-containing protein  49.79 
 
 		 240 aa  234  7e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0506  TPR repeat-containing protein  48.95 
 
 		 237 aa  226  3e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.979581  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4453  TPR repeat-containing protein  49.15 
 
 		 234 aa  218  5e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0482  formate-dependent nitrite reductase, nrfG protein  47.09 
 
 		 224 aa  190  2e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3874  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  47.09 
 
 		 224 aa  188  7e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3361  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  45.58 
 
 		 226 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3539  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  44.84 
 
 		 224 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0491  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  43.95 
 
 		 224 aa  174  9e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0492  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  43.95 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3999  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  43.95 
 
 		 228 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0482  hypothetical protein  38.98 
 
 		 245 aa  153  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.62875  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0485  cytochrome c biogenesis factor-like protein  36.12 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.653619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4474  hypothetical protein  39.43 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  33.33 
 
 		 417 aa  103  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  32.64 
 
 		 417 aa  100  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  37.98 
 
 		 415 aa  99.4  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.21 
 
 		 416 aa  97.8  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  32.46 
 
 		 417 aa  96.7  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  29.17 
 
 		 417 aa  95.9  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.17 
 
 		 417 aa  95.9  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  37.98 
 
 		 416 aa  94.7  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  28.65 
 
 		 417 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  29.17 
 
 		 417 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  30.89 
 
 		 415 aa  93.2  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  29.32 
 
 		 415 aa  93.6  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  30.89 
 
 		 415 aa  91.7  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  30.89 
 
 		 415 aa  89.4  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  30.89 
 
 		 415 aa  89.4  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  30.22 
 
 		 432 aa  85.9  5e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  35.2 
 
 		 403 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.07 
 
 		 275 aa  72.4  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  33.57 
 
 		 276 aa  70.5  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  37.8 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  37.8 
 
 		 198 aa  65.9  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  37.8 
 
 		 198 aa  65.9  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  40.24 
 
 		 206 aa  65.9  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  37.8 
 
 		 198 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  37.8 
 
 		 198 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  37.8 
 
 		 198 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  37.8 
 
 		 198 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  37.8 
 
 		 198 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  36.59 
 
 		 198 aa  65.1  0.0000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02729  hypothetical protein  42.5 
 
 		 207 aa  65.1  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  39.02 
 
 		 206 aa  65.1  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  39.02 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  39.02 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  39.02 
 
 		 206 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003112  cytochrome c-type heme lyase subunit nrfG nitrite reductase complex assembly  41.25 
 
 		 207 aa  63.2  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298519  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  29.79 
 
 		 398 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.83 
 
 		 398 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  32.37 
 
 		 389 aa  59.3  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1996  putative formate-dependent nitrite reductase complex NrfG subunit  33.33 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.41 
 
 		 396 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  30.77 
 
 		 400 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  30.56 
 
 		 399 aa  53.9  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  23.44 
 
 		 424 aa  54.3  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  29.75 
 
 		 403 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  23.67 
 
 		 228 aa  51.6  0.000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  29.2 
 
 		 397 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  25.54 
 
 		 418 aa  50.8  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  30.68 
 
 		 407 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  30.95 
 
 		 466 aa  49.7  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  30.94 
 
 		 436 aa  48.9  0.00007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  22.93 
 
 		 228 aa  48.5  0.00008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  29.55 
 
 		 406 aa  48.5  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3049  TPR repeat-containing protein  36.36 
 
 		 591 aa  48.1  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000157665  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 296 aa  46.6  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  28.7 
 
 		 279 aa  46.2  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1055  glycosyl transferase family 2  27.64 
 
 		 1162 aa  46.2  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.289988  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0582  TPR repeat-containing protein  31.86 
 
 		 222 aa  45.4  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.149034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0436  tetratricopeptide TPR_2  33.33 
 
 		 1056 aa  45.1  0.0008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0451  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.09 
 
 		 251 aa  43.1  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000076324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  29.2 
 
 		 443 aa  43.1  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0934  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.05 
 
 		 189 aa  42.7  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  30.07 
 
 		 312 aa  42.4  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2318  tetratricopeptide protein  28.85 
 
 		 573 aa  42.4  0.006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>