110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03066 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  100 
 
 
428 aa  862    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  34.55 
 
 
433 aa  254  3e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  28.87 
 
 
405 aa  142  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  26.63 
 
 
404 aa  139  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.06 
 
 
428 aa  137  5e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  26.3 
 
 
404 aa  135  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  30.05 
 
 
404 aa  126  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  24.53 
 
 
403 aa  122  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.12 
 
 
408 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.57 
 
 
408 aa  107  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.36 
 
 
408 aa  107  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  27.47 
 
 
405 aa  105  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  25.17 
 
 
427 aa  103  5e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  22.9 
 
 
436 aa  90.9  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  22.42 
 
 
403 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  24.37 
 
 
471 aa  83.2  0.000000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  22.82 
 
 
424 aa  82  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  25.67 
 
 
399 aa  77.8  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  25.25 
 
 
443 aa  75.9  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.49 
 
 
426 aa  75.1  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  23.7 
 
 
426 aa  74.3  0.000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
389 aa  73.6  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  22.12 
 
 
417 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  22.74 
 
 
417 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  20.14 
 
 
418 aa  70.1  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  31.72 
 
 
350 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  31.72 
 
 
350 aa  66.6  0.0000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  31.72 
 
 
350 aa  66.6  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  31.72 
 
 
350 aa  66.6  0.0000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  31.72 
 
 
350 aa  66.2  0.0000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  23.64 
 
 
426 aa  65.5  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  31.03 
 
 
350 aa  64.7  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  31.03 
 
 
350 aa  64.7  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  31.03 
 
 
350 aa  64.7  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  31.03 
 
 
350 aa  64.7  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  24.66 
 
 
298 aa  64.3  0.000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  31.54 
 
 
347 aa  63.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  23.38 
 
 
407 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  22.31 
 
 
395 aa  62.4  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  31.54 
 
 
347 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  22.51 
 
 
294 aa  62  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  31.54 
 
 
347 aa  60.8  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  30.37 
 
 
347 aa  60.8  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  24.52 
 
 
415 aa  60.5  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  21.63 
 
 
396 aa  60.8  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  22.71 
 
 
405 aa  60.1  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  20.87 
 
 
403 aa  59.3  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  31.54 
 
 
347 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  31.54 
 
 
347 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  31.54 
 
 
347 aa  59.7  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  31.54 
 
 
347 aa  59.7  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  31.54 
 
 
347 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  31.54 
 
 
347 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  23.06 
 
 
398 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.3 
 
 
289 aa  57.8  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  25.1 
 
 
383 aa  57.8  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  25.1 
 
 
383 aa  57.8  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  21.65 
 
 
398 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25 
 
 
289 aa  57  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  22.3 
 
 
417 aa  56.2  0.0000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  24.81 
 
 
405 aa  56.2  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  20.96 
 
 
400 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0524  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.25 
 
 
574 aa  55.5  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  46.48 
 
 
406 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  23.69 
 
 
417 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  25.71 
 
 
337 aa  55.5  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  25.71 
 
 
337 aa  55.5  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  21.48 
 
 
432 aa  55.1  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  23.47 
 
 
417 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  23.34 
 
 
417 aa  55.1  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.47 
 
 
417 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  19.9 
 
 
397 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  22.1 
 
 
415 aa  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  21.97 
 
 
415 aa  51.6  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3331  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 
633 aa  51.6  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.332967  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  21.15 
 
 
416 aa  51.6  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  22.62 
 
 
415 aa  50.8  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  24.71 
 
 
393 aa  50.8  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  22.62 
 
 
415 aa  50.4  0.00005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  21.28 
 
 
399 aa  50.8  0.00005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  23.9 
 
 
295 aa  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  29.72 
 
 
466 aa  49.3  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  25.74 
 
 
494 aa  48.9  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  22.76 
 
 
293 aa  48.9  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  21.79 
 
 
389 aa  48.9  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  22.8 
 
 
416 aa  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  21.63 
 
 
415 aa  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4206  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.84 
 
 
264 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.356132  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  20.89 
 
 
407 aa  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  22.3 
 
 
279 aa  47.8  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0215  TPR repeat-containing protein  34.41 
 
 
2262 aa  47.8  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0297822 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  21.8 
 
 
405 aa  47  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  20.41 
 
 
310 aa  47  0.0007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 
4079 aa  46.6  0.0008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1778  TPR repeat-containing protein  29.63 
 
 
269 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.822909  normal  0.123613 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0720  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.97 
 
 
186 aa  45.4  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  25.69 
 
 
366 aa  45.4  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0709  TPR repeat-containing protein  24.19 
 
 
465 aa  45.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  23.66 
 
 
360 aa  45.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3076  TPR repeat-containing protein  33.64 
 
 
697 aa  45.1  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>