145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_1375 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  100 
 
 		 399 aa  808    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  70.96 
 
 		 395 aa  558  1e-158  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  35.83 
 
 		 399 aa  234  3e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  36.88 
 
 		 466 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  31.34 
 
 		 436 aa  196  7e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  35.4 
 
 		 443 aa  180  4.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  33.57 
 
 		 279 aa  159  9e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  35 
 
 		 389 aa  159  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  31.45 
 
 		 405 aa  152  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  29.27 
 
 		 405 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.32 
 
 		 407 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  25.24 
 
 		 427 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  27.95 
 
 		 400 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  31.38 
 
 		 293 aa  134  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  29.79 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.98 
 
 		 396 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  29.38 
 
 		 403 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  32.96 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  26.34 
 
 		 398 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  24.34 
 
 		 417 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  26.88 
 
 		 424 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.15 
 
 		 398 aa  120  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  26.98 
 
 		 407 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  25.18 
 
 		 417 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  27 
 
 		 397 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  25 
 
 		 415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  25.24 
 
 		 415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.17 
 
 		 416 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 415 aa  107  4e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  24.94 
 
 		 415 aa  106  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  33.09 
 
 		 312 aa  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  28.53 
 
 		 406 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  23.4 
 
 		 417 aa  105  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  22.68 
 
 		 433 aa  102  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  30.04 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  25.13 
 
 		 403 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  24.88 
 
 		 417 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.06 
 
 		 299 aa  101  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.29 
 
 		 299 aa  99  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  23.8 
 
 		 415 aa  99.4  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  26.78 
 
 		 405 aa  99  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  24.05 
 
 		 417 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.05 
 
 		 417 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 415 aa  97.1  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  23.44 
 
 		 416 aa  96.7  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  23.35 
 
 		 417 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  34.11 
 
 		 344 aa  92.4  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  24.74 
 
 		 403 aa  91.7  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  22.92 
 
 		 418 aa  88.6  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  26.54 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.64 
 
 		 368 aa  83.2  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  25.58 
 
 		 367 aa  82.8  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.37 
 
 		 408 aa  82.8  0.000000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  26.6 
 
 		 337 aa  82.4  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  26.6 
 
 		 337 aa  82.4  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  22.65 
 
 		 432 aa  80.9  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  24.23 
 
 		 367 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  26.64 
 
 		 360 aa  80.1  0.00000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  24.1 
 
 		 404 aa  79.7  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  24.27 
 
 		 389 aa  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.37 
 
 		 408 aa  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.37 
 
 		 408 aa  78.2  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  22.52 
 
 		 404 aa  77  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.42 
 
 		 372 aa  75.1  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  22.01 
 
 		 405 aa  73.9  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  27.89 
 
 		 228 aa  73.2  0.000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  27.89 
 
 		 228 aa  72.4  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.76 
 
 		 428 aa  72  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  22.06 
 
 		 404 aa  71.2  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  27.35 
 
 		 412 aa  70.9  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.44 
 
 		 495 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  22.79 
 
 		 366 aa  70.1  0.00000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  23.95 
 
 		 387 aa  68.2  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0582  TPR repeat-containing protein  36.7 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.149034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.77 
 
 		 372 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.03 
 
 		 516 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.03 
 
 		 523 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.03 
 
 		 552 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  23.89 
 
 		 407 aa  64.3  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  24.57 
 
 		 393 aa  63.2  0.000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  25.79 
 
 		 367 aa  62.4  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  21.97 
 
 		 379 aa  61.2  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  23.25 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2707  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.59 
 
 		 328 aa  60.8  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  24.56 
 
 		 383 aa  60.5  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  24.56 
 
 		 383 aa  60.5  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30 
 
 		 420 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.35 
 
 		 390 aa  58.5  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  21.46 
 
 		 428 aa  58.9  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  24.5 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  21.62 
 
 		 471 aa  57.4  0.0000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.43 
 
 		 402 aa  57  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  27.24 
 
 		 367 aa  56.6  0.0000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  30.88 
 
 		 337 aa  56.6  0.0000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.31 
 
 		 392 aa  56.6  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  20.97 
 
 		 426 aa  55.1  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1625  truncated C-type cytochrome biogenesis protein  26.49 
 
 		 219 aa  53.5  0.000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  24.8 
 
 		 296 aa  53.5  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.63 
 
 		 275 aa  52.4  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  23.75 
 
 		 382 aa  51.6  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>