219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3248 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  100 
 
 
433 aa  872    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  34.55 
 
 
428 aa  254  3e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  29.12 
 
 
404 aa  181  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.06 
 
 
428 aa  176  7e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  28.44 
 
 
404 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  28.95 
 
 
405 aa  172  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  29.91 
 
 
403 aa  171  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  28.15 
 
 
427 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  26.93 
 
 
436 aa  139  7e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  29.26 
 
 
404 aa  139  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.77 
 
 
408 aa  136  6.0000000000000005e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  28.86 
 
 
424 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  28.4 
 
 
405 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.22 
 
 
408 aa  134  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.22 
 
 
408 aa  134  3.9999999999999996e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  27.68 
 
 
403 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  27.19 
 
 
418 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  31.03 
 
 
389 aa  124  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  28.47 
 
 
443 aa  119  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  27.27 
 
 
407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  23.78 
 
 
417 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  27.46 
 
 
398 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  27.36 
 
 
399 aa  114  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  25.5 
 
 
426 aa  113  6e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.56 
 
 
396 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  27.58 
 
 
406 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  23.84 
 
 
426 aa  107  3e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  30.36 
 
 
337 aa  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  30.36 
 
 
337 aa  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.87 
 
 
398 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  24.94 
 
 
426 aa  105  1e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  29.1 
 
 
397 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  26.86 
 
 
294 aa  103  5e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  28.61 
 
 
400 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  24.22 
 
 
395 aa  102  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  25.17 
 
 
471 aa  101  3e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  23.02 
 
 
417 aa  100  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  28.29 
 
 
405 aa  99.8  8e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.02 
 
 
399 aa  97.8  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  23.6 
 
 
415 aa  95.9  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  26.43 
 
 
405 aa  95.9  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  23.42 
 
 
415 aa  95.9  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  23.65 
 
 
415 aa  95.5  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  24.53 
 
 
417 aa  94.4  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.1 
 
 
407 aa  93.6  7e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  27.61 
 
 
279 aa  92  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.61 
 
 
416 aa  91.3  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  25.06 
 
 
416 aa  91.7  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  23.08 
 
 
415 aa  91.3  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  25.17 
 
 
417 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  23.54 
 
 
415 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  26.8 
 
 
432 aa  87.8  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  23.64 
 
 
403 aa  87  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  28.8 
 
 
350 aa  87  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  28.8 
 
 
350 aa  87  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  28.8 
 
 
350 aa  86.7  7e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  28.8 
 
 
350 aa  86.7  8e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  28.8 
 
 
350 aa  86.7  8e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  28.8 
 
 
350 aa  86.7  8e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  28.8 
 
 
350 aa  86.7  8e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  23.78 
 
 
417 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  28.8 
 
 
350 aa  86.3  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.54 
 
 
417 aa  84  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  23.54 
 
 
417 aa  84  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  28.27 
 
 
350 aa  83.2  0.000000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  23.84 
 
 
415 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  27.22 
 
 
405 aa  82  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  25.74 
 
 
347 aa  80.5  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  26.7 
 
 
347 aa  80.5  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  28.52 
 
 
312 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  25.61 
 
 
293 aa  78.2  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  22.12 
 
 
466 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  25.74 
 
 
347 aa  77  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  25.65 
 
 
347 aa  76.3  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  26.9 
 
 
298 aa  74.3  0.000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  24.38 
 
 
347 aa  72  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  24.75 
 
 
347 aa  71.6  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  24.38 
 
 
347 aa  70.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  24.38 
 
 
347 aa  70.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  25.15 
 
 
360 aa  68.6  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  23.88 
 
 
347 aa  68.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  23.88 
 
 
347 aa  68.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  26.54 
 
 
393 aa  67.4  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  23.38 
 
 
383 aa  67  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  23.38 
 
 
383 aa  67  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.72 
 
 
372 aa  67  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.63 
 
 
420 aa  66.6  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.09 
 
 
289 aa  65.5  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.09 
 
 
289 aa  64.7  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  27.6 
 
 
295 aa  65.1  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  30.23 
 
 
228 aa  64.3  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  30.23 
 
 
228 aa  64.3  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  25.54 
 
 
337 aa  63.2  0.000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  25.09 
 
 
367 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  21.75 
 
 
385 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2707  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  44.44 
 
 
328 aa  60.5  0.00000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  26.09 
 
 
389 aa  59.7  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  24.8 
 
 
367 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.18 
 
 
372 aa  59.7  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  31.94 
 
 
344 aa  59.3  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>