168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0633 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  100 
 
 		 389 aa  765    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  52.73 
 
 		 382 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  55.7 
 
 		 392 aa  359  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  55.19 
 
 		 402 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  40.82 
 
 		 379 aa  242  7.999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  40.82 
 
 		 390 aa  239  5e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  42.28 
 
 		 379 aa  239  5e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  39.43 
 
 		 366 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  38.18 
 
 		 385 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  38.05 
 
 		 367 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  44.63 
 
 		 407 aa  230  4e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  36.08 
 
 		 367 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.1 
 
 		 368 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  42.54 
 
 		 372 aa  218  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  43.38 
 
 		 412 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.8 
 
 		 372 aa  210  3e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1191  cytochrome c-type biogenesis protein cycH / CcmH  38.3 
 
 		 367 aa  208  1e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1437  cytochrome c-type biogenesis protein CycH / CcmH  37.33 
 
 		 367 aa  203  5e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4433  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  40.67 
 
 		 420 aa  199  6e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  37.35 
 
 		 360 aa  183  4.0000000000000006e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  33.79 
 
 		 393 aa  181  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.34 
 
 		 495 aa  179  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4054  TPR repeat-containing protein  33.51 
 
 		 383 aa  171  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.331246  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3778  TPR repeat-containing protein  33.51 
 
 		 383 aa  171  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1683  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.16 
 
 		 523 aa  172  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.765474 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2230  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.27 
 
 		 384 aa  171  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.863984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1408  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.8 
 
 		 552 aa  168  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.381184  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  36.64 
 
 		 516 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0489784 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  31.42 
 
 		 417 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1878  cytochrome c biogenesis factor-like protein  33.25 
 
 		 431 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 337 aa  129  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  31.9 
 
 		 415 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0032  TPR repeat-containing protein  34.14 
 
 		 494 aa  125  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.949797  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0511  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  30.35 
 
 		 415 aa  122  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  30.61 
 
 		 406 aa  122  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  28.42 
 
 		 412 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3893  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  33.15 
 
 		 374 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0160389  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  29.54 
 
 		 466 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  28.66 
 
 		 436 aa  95.1  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  29.85 
 
 		 324 aa  94  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  27.47 
 
 		 279 aa  93.6  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  28.12 
 
 		 283 aa  93.2  6e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  28.75 
 
 		 427 aa  85.9  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2772  TPR repeat-containing protein  32.8 
 
 		 316 aa  80.9  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  28.46 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  27.63 
 
 		 407 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  26.35 
 
 		 395 aa  79.3  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2855  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  31.82 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  30.38 
 
 		 405 aa  78.6  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0430  putative cytochrome c-type biogenesis protein CycH  33.33 
 
 		 278 aa  78.6  0.0000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  32.12 
 
 		 405 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.58 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.53 
 
 		 399 aa  74.7  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  23.3 
 
 		 403 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  25.86 
 
 		 403 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  22.3 
 
 		 417 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  30.04 
 
 		 312 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  23.08 
 
 		 418 aa  67.8  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  24.31 
 
 		 432 aa  67  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1690  TPR repeat-containing protein  31.03 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0640145  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  23.38 
 
 		 415 aa  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  26.04 
 
 		 296 aa  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  27.24 
 
 		 404 aa  64.7  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  22.38 
 
 		 415 aa  64.7  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  27.24 
 
 		 406 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  22.74 
 
 		 415 aa  62.8  0.000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  22.81 
 
 		 433 aa  62  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  22.74 
 
 		 415 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  22.3 
 
 		 417 aa  62  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  26.05 
 
 		 397 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2929  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  28.88 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.591538 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  24.32 
 
 		 400 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  21.66 
 
 		 415 aa  60.1  0.00000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  24.26 
 
 		 424 aa  60.1  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  29.09 
 
 		 399 aa  59.7  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.22 
 
 		 396 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  29.56 
 
 		 344 aa  59.7  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  32.31 
 
 		 810 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.92 
 
 		 407 aa  58.5  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  34.75 
 
 		 808 aa  57.4  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  21.98 
 
 		 417 aa  57.8  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  30.16 
 
 		 443 aa  57.4  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  31.54 
 
 		 878 aa  56.6  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.32 
 
 		 398 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  21.23 
 
 		 471 aa  56.6  0.0000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  27.55 
 
 		 405 aa  56.2  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  20.86 
 
 		 417 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  20.86 
 
 		 417 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  27.11 
 
 		 232 aa  55.5  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  22.46 
 
 		 426 aa  55.5  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  23.96 
 
 		 403 aa  55.1  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  20.86 
 
 		 417 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  24.1 
 
 		 405 aa  55.5  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  21.66 
 
 		 416 aa  55.5  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  21.95 
 
 		 417 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1513  cytochrome c biogenesis factor  28.92 
 
 		 224 aa  53.5  0.000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.774249 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  24.56 
 
 		 398 aa  53.1  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3993  cytochrome c biogenesis factor-like protein  33.75 
 
 		 210 aa  52.4  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.376737 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  21.15 
 
 		 428 aa  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_66638  glucose repression mediator protein  34.19 
 
 		 815 aa  52  0.00002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>