120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2273 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  100 
 
 
404 aa  818    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  53.58 
 
 
404 aa  445  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  52.48 
 
 
405 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  51.11 
 
 
404 aa  412  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  38.44 
 
 
403 aa  293  3e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.39 
 
 
408 aa  271  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.39 
 
 
408 aa  269  5.9999999999999995e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  38.14 
 
 
408 aa  267  2e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.93 
 
 
428 aa  261  2e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  29.12 
 
 
433 aa  193  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  35.07 
 
 
294 aa  167  4e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2720  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  35.64 
 
 
289 aa  160  5e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.55 
 
 
289 aa  159  8e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  35.21 
 
 
350 aa  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  35.21 
 
 
350 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  35.21 
 
 
350 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  35.21 
 
 
350 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  35.21 
 
 
350 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  26.3 
 
 
428 aa  147  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  34.74 
 
 
350 aa  147  5e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  34.74 
 
 
350 aa  146  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.397636 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  34.74 
 
 
350 aa  145  9e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  34.74 
 
 
350 aa  145  9e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.79 
 
 
347 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.79 
 
 
347 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.79 
 
 
347 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  36.79 
 
 
347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.27 
 
 
347 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.27 
 
 
347 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.27 
 
 
347 aa  139  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  38.62 
 
 
347 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  35.75 
 
 
347 aa  136  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  34.72 
 
 
347 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.3 
 
 
396 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  24.8 
 
 
407 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  25.81 
 
 
405 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  25.67 
 
 
406 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.56 
 
 
398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  23.74 
 
 
398 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  24.81 
 
 
400 aa  110  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  24.74 
 
 
403 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  25.89 
 
 
436 aa  102  9e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  24.71 
 
 
417 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.71 
 
 
417 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  25.74 
 
 
424 aa  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  25.34 
 
 
427 aa  100  6e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  24.24 
 
 
417 aa  99.8  8e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  25.85 
 
 
399 aa  99  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  23.2 
 
 
417 aa  99.4  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  24.24 
 
 
417 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  24.81 
 
 
397 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  23.19 
 
 
417 aa  98.2  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  23.22 
 
 
395 aa  95.9  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  24.68 
 
 
405 aa  93.2  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  21.6 
 
 
418 aa  90.5  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  21.89 
 
 
403 aa  90.1  6e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  27.94 
 
 
443 aa  89.7  8e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  23.43 
 
 
415 aa  88.2  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  23.08 
 
 
415 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  23.54 
 
 
415 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  23.43 
 
 
415 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.04 
 
 
399 aa  85.5  0.000000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.17 
 
 
426 aa  83.2  0.000000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  24.18 
 
 
405 aa  82  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  22.22 
 
 
426 aa  80.5  0.00000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  23.53 
 
 
432 aa  79.7  0.00000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  22.48 
 
 
426 aa  79.7  0.00000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  26.63 
 
 
228 aa  77.4  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  26.63 
 
 
228 aa  77.4  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  23.54 
 
 
415 aa  77  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  24.63 
 
 
405 aa  76.6  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  25.25 
 
 
279 aa  76.3  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  22.51 
 
 
417 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0805  cytochrome c biogenesis factor-like protein  22.74 
 
 
471 aa  74.3  0.000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  24.49 
 
 
293 aa  73.9  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  22.59 
 
 
416 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  24.04 
 
 
466 aa  73.2  0.000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  25 
 
 
312 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  26.3 
 
 
389 aa  71.6  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.13 
 
 
407 aa  71.2  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  20.74 
 
 
416 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  26.23 
 
 
337 aa  64.3  0.000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  26.23 
 
 
337 aa  64.3  0.000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1372  TPR repeat-containing protein  23.24 
 
 
298 aa  63.5  0.000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  26.07 
 
 
382 aa  62  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  21.21 
 
 
415 aa  61.6  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0582  TPR repeat-containing protein  35.45 
 
 
222 aa  60.1  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.149034  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.79 
 
 
198 aa  56.6  0.0000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.79 
 
 
198 aa  56.6  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  28.79 
 
 
198 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.79 
 
 
198 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.79 
 
 
198 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.79 
 
 
198 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.79 
 
 
198 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  28.79 
 
 
198 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  28.79 
 
 
198 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  22.76 
 
 
296 aa  53.5  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1620  TPR repeat-containing protein  23.85 
 
 
310 aa  52.4  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  26.63 
 
 
206 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.1 
 
 
372 aa  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>