80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003112 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003112  cytochrome c-type heme lyase subunit nrfG nitrite reductase complex assembly  100 
 
 
207 aa  419  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298519  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02729  hypothetical protein  92.75 
 
 
207 aa  397  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1996  putative formate-dependent nitrite reductase complex NrfG subunit  56.64 
 
 
214 aa  176  3e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  34.55 
 
 
415 aa  102  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.91 
 
 
416 aa  101  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  40.14 
 
 
417 aa  101  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  34.93 
 
 
415 aa  100  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  36.73 
 
 
416 aa  99  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  33.52 
 
 
198 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  33.52 
 
 
198 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  33.52 
 
 
198 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  33.52 
 
 
198 aa  93.2  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  33.52 
 
 
198 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  33.52 
 
 
198 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  33.52 
 
 
198 aa  93.2  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  33.52 
 
 
198 aa  92.4  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  33.55 
 
 
417 aa  92  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  35.82 
 
 
198 aa  92  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  31.51 
 
 
415 aa  91.7  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  32.88 
 
 
415 aa  90.9  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  32.88 
 
 
415 aa  90.5  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  33.59 
 
 
403 aa  90.5  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  29.17 
 
 
417 aa  89.4  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  30.82 
 
 
415 aa  87.4  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  29.49 
 
 
417 aa  87.4  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  32.47 
 
 
276 aa  85.9  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  29.49 
 
 
417 aa  85.9  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.49 
 
 
417 aa  85.9  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  29.49 
 
 
417 aa  85.5  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  33.11 
 
 
206 aa  84  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  33.11 
 
 
206 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  33.11 
 
 
206 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  33.11 
 
 
206 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  33.11 
 
 
206 aa  83.6  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.92 
 
 
275 aa  83.2  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0485  cytochrome c biogenesis factor-like protein  32.17 
 
 
235 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.653619  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0482  formate-dependent nitrite reductase, nrfG protein  33.57 
 
 
224 aa  67  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  24.85 
 
 
432 aa  67  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0506  TPR repeat-containing protein  29.46 
 
 
237 aa  64.3  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.979581  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3361  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  34.92 
 
 
226 aa  64.3  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0496  TPR repeat-containing protein  30 
 
 
240 aa  63.5  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0351  TPR repeat-containing protein  41.25 
 
 
230 aa  63.2  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.590847  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0492  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  36.15 
 
 
224 aa  62.4  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3874  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  34.27 
 
 
224 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3999  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  32.8 
 
 
228 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3539  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  35.38 
 
 
224 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0491  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  34.62 
 
 
224 aa  59.3  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4474  hypothetical protein  26.11 
 
 
239 aa  58.2  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  28.78 
 
 
436 aa  55.8  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  30.3 
 
 
418 aa  55.8  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  26.9 
 
 
403 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4453  TPR repeat-containing protein  29.08 
 
 
234 aa  55.5  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0482  hypothetical protein  27.78 
 
 
245 aa  54.3  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.62875  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  29.71 
 
 
443 aa  53.1  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  25.14 
 
 
395 aa  53.1  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  28.38 
 
 
407 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2807  tetratricopeptide TPR_2  30 
 
 
576 aa  50.1  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.233123 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.77 
 
 
398 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0401  TPR repeat-containing cytochrome c-type biogenesis protein  33.33 
 
 
294 aa  49.3  0.00005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  26.39 
 
 
397 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0384  TPR repeat-containing protein  29.37 
 
 
279 aa  48.5  0.00007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.890218  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30 
 
 
396 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  26.76 
 
 
400 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  28.68 
 
 
405 aa  47  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2393  TPR repeat-containing protein  25.49 
 
 
293 aa  46.6  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00681412  hitchhiker  0.000021772 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  26.89 
 
 
433 aa  46.2  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  29.23 
 
 
398 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  25.49 
 
 
279 aa  45.4  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  23.61 
 
 
406 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  24.29 
 
 
543 aa  44.7  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1622  TPR repeat-containing protein  32.65 
 
 
254 aa  44.3  0.001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0471  TPR repeat-containing protein  28.85 
 
 
1297 aa  43.9  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6627  TPR repeat-containing protein  27.01 
 
 
611 aa  43.1  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0378674 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2537  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  28.44 
 
 
850 aa  42.4  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2707  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.18 
 
 
328 aa  42  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  22.83 
 
 
228 aa  42  0.006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  26.38 
 
 
283 aa  41.6  0.007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  33.06 
 
 
424 aa  41.6  0.008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0302  TPR repeat-containing protein  24.58 
 
 
337 aa  41.6  0.008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.642139  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  22.83 
 
 
228 aa  41.6  0.008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>