60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0485 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0485  cytochrome c biogenesis factor-like protein  100 
 
 		 235 aa  481  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.653619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0482  hypothetical protein  42.26 
 
 		 245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.62875  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0496  TPR repeat-containing protein  37.5 
 
 		 240 aa  162  6e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4474  hypothetical protein  45.29 
 
 		 239 aa  160  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0492  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  46.34 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0506  TPR repeat-containing protein  37.07 
 
 		 237 aa  153  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.979581  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3539  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  41.85 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3361  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  43.68 
 
 		 226 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0491  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  40.76 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4453  TPR repeat-containing protein  37.43 
 
 		 234 aa  149  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3874  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  40.66 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3999  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  35.56 
 
 		 228 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0482  formate-dependent nitrite reductase, nrfG protein  40.33 
 
 		 224 aa  141  8e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0351  TPR repeat-containing protein  36.12 
 
 		 230 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.590847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  29.05 
 
 		 416 aa  102  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  30.48 
 
 		 417 aa  97.4  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  32.8 
 
 		 416 aa  97.4  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  27.32 
 
 		 415 aa  96.7  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  29.95 
 
 		 417 aa  95.5  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  27.62 
 
 		 403 aa  94.7  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  29.69 
 
 		 415 aa  93.6  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  33.14 
 
 		 417 aa  92.8  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  28.65 
 
 		 415 aa  90.1  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  28.65 
 
 		 415 aa  90.5  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  26.96 
 
 		 417 aa  89.4  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  28.12 
 
 		 415 aa  89.7  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.96 
 
 		 417 aa  89.4  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  26.96 
 
 		 417 aa  89  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  26.96 
 
 		 417 aa  89  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  27.44 
 
 		 415 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  31.16 
 
 		 432 aa  72.4  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02729  hypothetical protein  28.14 
 
 		 207 aa  70.1  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003112  cytochrome c-type heme lyase subunit nrfG nitrite reductase complex assembly  32.17 
 
 		 207 aa  68.6  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298519  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  28.22 
 
 		 397 aa  62  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  31.11 
 
 		 206 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  24.48 
 
 		 407 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  31.11 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  31.11 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  31.11 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  24.19 
 
 		 400 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  30.37 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.14 
 
 		 396 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  34.31 
 
 		 276 aa  56.6  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.44 
 
 		 398 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  34.31 
 
 		 275 aa  55.5  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  23.96 
 
 		 406 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  34.09 
 
 		 198 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  34.09 
 
 		 198 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  34.09 
 
 		 198 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  34.09 
 
 		 198 aa  54.7  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  34.09 
 
 		 198 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  34.09 
 
 		 198 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  34.09 
 
 		 198 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  34.09 
 
 		 198 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  34.09 
 
 		 198 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  22.78 
 
 		 398 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  27.09 
 
 		 424 aa  50.1  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  26.51 
 
 		 418 aa  49.7  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1996  putative formate-dependent nitrite reductase complex NrfG subunit  32.56 
 
 		 214 aa  48.9  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  24.2 
 
 		 296 aa  47.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>