42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3993 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3993  cytochrome c biogenesis factor-like protein  100 
 
 		 210 aa  415  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.376737 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1393  tetratricopeptide TPR_4  43.78 
 
 		 232 aa  160  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1513  cytochrome c biogenesis factor  48.79 
 
 		 224 aa  156  3e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.774249 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1834  tetratricopeptide TPR_2  32.35 
 
 		 367 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0184634  normal  0.791476 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2130  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.39 
 
 		 368 aa  68.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.74489  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  36.57 
 
 		 283 aa  67  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2001  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  36.36 
 
 		 385 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3450  tetratricopeptide TPR_4  36.36 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_004310  BR0607  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  30.67 
 
 		 379 aa  59.3  0.00000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0938  tetratricopeptide domain-containing protein  31.79 
 
 		 360 aa  58.5  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.70703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1655  tetratricopeptide TPR_4  33.14 
 
 		 407 aa  56.2  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.970184 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0897  tetratricopeptide TPR_2  30.07 
 
 		 412 aa  55.5  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.380164  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2671  cytochrome c-type biogenesis protein, putative  36.84 
 
 		 379 aa  54.7  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0436  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  37.33 
 
 		 372 aa  53.9  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.824327 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0606  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  30.06 
 
 		 390 aa  53.9  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  33.75 
 
 		 389 aa  52.4  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3071  cytochrome c-type biogenesis protein cycH  40.74 
 
 		 366 aa  52  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0430  putative cytochrome c-type biogenesis protein CycH  31.78 
 
 		 278 aa  50.8  0.00001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0591  TPR repeat-containing protein  28.41 
 
 		 324 aa  47.4  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.71044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1343  putative cytochrome c-type biogenesis protein, CycH  31.76 
 
 		 415 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.129001  normal  0.0463819 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1362  cycH protein  28.57 
 
 		 382 aa  46.6  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2685  putative cytochrome c-type biogenesis protein, cycH  31.76 
 
 		 417 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  30.91 
 
 		 620 aa  46.2  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  32.41 
 
 		 620 aa  45.8  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3285  cytochrome c biogenesis factor  29.13 
 
 		 216 aa  45.8  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.982918  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  34.21 
 
 		 495 aa  45.8  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1636  TPR repeat-containing protein  34.78 
 
 		 968 aa  44.7  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2655  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.04 
 
 		 610 aa  44.3  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1619  TPR domain-containing protein  33.64 
 
 		 626 aa  43.9  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0978258  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0687  TPR repeat-containing protein  34.26 
 
 		 2262 aa  43.1  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00419541 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  28.16 
 
 		 878 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0920  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.97 
 
 		 392 aa  42.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.0740975 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  31.63 
 
 		 827 aa  42.4  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  27.06 
 
 		 372 aa  42.4  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  25.23 
 
 		 543 aa  42.4  0.006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2065  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.87 
 
 		 465 aa  42  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.145613  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0968  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  29.63 
 
 		 412 aa  42  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3865  TPR repeat protein  32.46 
 
 		 503 aa  42  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3871  TPR repeat-containing protein  32.14 
 
 		 196 aa  41.6  0.008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2182  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  27.27 
 
 		 406 aa  41.6  0.008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.999893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0722  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 615 aa  41.6  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.434562 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1069  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.68 
 
 		 402 aa  41.6  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>