More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0602 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_0689  TPR repeat-containing protein  54.3 
 
 		 632 aa  635    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000734837  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0602  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  100 
 
 		 645 aa  1293    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000607684  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0616  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  92.23 
 
 		 647 aa  1146    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.1691e-34 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3191  TPR domain-containing protein  46.96 
 
 		 638 aa  509  1e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3216  TPR repeat-containing protein  48.22 
 
 		 643 aa  509  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000674385  hitchhiker  0.00000466075 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3213  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  43.62 
 
 		 639 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000022774  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0516  TPR repeat-containing protein  43.09 
 
 		 673 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000776603  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0276  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  38 
 
 		 624 aa  348  2e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1078  TPR repeat-containing protein  40.06 
 
 		 423 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.327406  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1812  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.69 
 
 		 406 aa  180  5.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.312909  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  25.69 
 
 		 1676 aa  147  5e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  27.21 
 
 		 878 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6918  TPR repeat-containing protein  27.52 
 
 		 847 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.378966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  24.57 
 
 		 1737 aa  128  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.68 
 
 		 818 aa  127  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  26.96 
 
 		 810 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2480  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.09 
 
 		 1022 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4770  sulfotransferase  23.29 
 
 		 887 aa  120  9e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.185793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.5 
 
 		 988 aa  117  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  25.62 
 
 		 784 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2523  hypothetical protein  25.7 
 
 		 795 aa  114  7.000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.184422  normal  0.460331 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.79 
 
 		 2240 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 		 3172 aa  112  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1499  TPR repeat-containing protein  26.57 
 
 		 486 aa  111  3e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.329638 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6182  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24.82 
 
 		 1056 aa  111  5e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2224  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  26.55 
 
 		 884 aa  110  6e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19131  hypothetical protein  23.95 
 
 		 936 aa  110  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.105709 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2862  TPR repeat-containing protein  23.5 
 
 		 448 aa  105  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2859  sulfotransferase  24.34 
 
 		 832 aa  104  5e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.398491 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1506  tetratricopeptide TPR_4  23.5 
 
 		 729 aa  102  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  22.92 
 
 		 3301 aa  102  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  24.48 
 
 		 1056 aa  101  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  23.49 
 
 		 3145 aa  101  5e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2707  glycosyl transferase family protein  21.67 
 
 		 1486 aa  100  9e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.228337 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  30.42 
 
 		 837 aa  99.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  24.93 
 
 		 725 aa  99.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2400  TPR repeat-containing protein  25.39 
 
 		 520 aa  98.6  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.38799 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0917  TPR repeat-containing protein  23.9 
 
 		 566 aa  97.8  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563549 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  26.46 
 
 		 681 aa  97.8  6e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2439  TPR repeat-containing protein  26.75 
 
 		 448 aa  96.7  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0207467  normal  0.980065 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2491  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.69 
 
 		 689 aa  95.5  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8213  TPR repeat-containing protein  25.08 
 
 		 392 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0720948  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2861  sulfotransferase  21.2 
 
 		 681 aa  94.7  4e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.392476 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1432  TPR domain-containing protein  24.88 
 
 		 573 aa  93.6  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2947  tetratricopeptide TPR_2  23.32 
 
 		 321 aa  92.8  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.708581 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  21.62 
 
 		 927 aa  90.5  9e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  26.06 
 
 		 909 aa  90.1  1e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24081  hypothetical protein  23.94 
 
 		 764 aa  89  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0446  TPR repeat-containing protein  28.21 
 
 		 377 aa  89.7  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.021695 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24171  hypothetical protein  25.14 
 
 		 733 aa  89.7  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4211  TPR repeat-containing protein  24.58 
 
 		 522 aa  88.6  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.185796 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0661  TPR repeat-containing methyltransferase  22.85 
 
 		 561 aa  88.6  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.25847  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2526  tetratricopeptide TPR_2  21.22 
 
 		 1154 aa  88.2  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.240995 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4768  sulfotransferase  24.39 
 
 		 676 aa  88.2  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.260339  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2349  TPR repeat-containing protein  24.7 
 
 		 649 aa  88.2  5e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2526  hypothetical protein  25.45 
 
 		 732 aa  87.4  8e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0463083 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0911  TPR domain-containing protein  27.37 
 
 		 714 aa  87  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.55611 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1616  TPR repeat-containing protein  26.24 
 
 		 544 aa  86.7  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.797217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0031  TPR repeat-containing protein  24.58 
 
 		 522 aa  87  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.918489 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0074  TPR repeat-containing protein  24.04 
 
 		 567 aa  87  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635622 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1518  TPR repeat-containing protein  24.22 
 
 		 597 aa  86.3  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00971618 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  28.57 
 
 		 594 aa  85.9  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0215  TPR repeat-containing protein  23.52 
 
 		 2262 aa  85.9  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0297822 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1516  tetratricopeptide repeat family protein  22.6 
 
 		 561 aa  85.5  0.000000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4342  TPR repeat-containing protein  25.14 
 
 		 1406 aa  85.1  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3996  tetratricopeptide TPR_2  24.46 
 
 		 1694 aa  84.7  0.000000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.271204  normal  0.601264 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  25.8 
 
 		 875 aa  84.3  0.000000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2405  hypothetical protein  26.01 
 
 		 577 aa  84  0.000000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0629  TPR repeat-containing protein  23.23 
 
 		 1049 aa  84  0.000000000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  23.49 
 
 		 505 aa  83.6  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5110  TPR repeat-containing protein  27.27 
 
 		 288 aa  83.2  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.163263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2708  tetratricopeptide TPR_2  24.75 
 
 		 979 aa  83.6  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.169437 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.98 
 
 		 632 aa  82.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2367  TPR repeat-containing protein  21.68 
 
 		 860 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4767  sulfotransferase  27.16 
 
 		 682 aa  82.8  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.287127 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3220  TPR repeat-containing protein  25.85 
 
 		 1178 aa  81.6  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.166794 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  23.06 
 
 		 573 aa  81.3  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  23.66 
 
 		 808 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1186  TPR repeat-containing protein  23.8 
 
 		 1197 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  27.76 
 
 		 789 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2549  hypothetical protein  25.27 
 
 		 577 aa  79.7  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1633  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.81 
 
 		 358 aa  79.3  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000383939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1233  intermediate filament protein  21.72 
 
 		 573 aa  79  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.190296 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0912  TPR repeat-containing protein  22.37 
 
 		 748 aa  79.7  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.795031  hitchhiker  0.00626987 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3469  TPR repeat-containing protein  23.64 
 
 		 1161 aa  78.6  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3120  TPR repeat-containing protein  25.35 
 
 		 767 aa  78.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4603  TPR repeat-containing protein  24.8 
 
 		 722 aa  79  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1657  TPR repeat-containing protein  23.16 
 
 		 594 aa  78.6  0.0000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0658919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2606  tetratricopeptide TPR_2  24.81 
 
 		 643 aa  77.8  0.0000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1260  TPR repeat-containing protein  26.07 
 
 		 573 aa  78.2  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.439457 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  24.07 
 
 		 4079 aa  77.8  0.0000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1356  beta-lactamase domain-containing protein  23.35 
 
 		 833 aa  77.4  0.0000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  28.44 
 
 		 3035 aa  77.4  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1350  TPR repeat-containing protein  25.26 
 
 		 766 aa  76.6  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1273  TPR repeat-containing protein  25.41 
 
 		 879 aa  76.3  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4628  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 		 714 aa  77  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.342126 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3746  TPR repeat-containing protein  29 
 
 		 602 aa  77  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.824926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2417  TPR repeat-containing protein  32.07 
 
 		 762 aa  76.3  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  23.8 
 
 		 827 aa  75.9  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1449  tetratricopeptide TPR_2  25.25 
 
 		 1067 aa  75.9  0.000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>