More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A2473 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A2473  hypothetical protein  100 
 
 
291 aa  597  1e-170  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.548725  normal  0.0131498 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1694  PAS sensor protein  51.24 
 
 
431 aa  301  9e-81  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000092635  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2070  sensory transduction histidine kinase  45.88 
 
 
594 aa  255  7e-67  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.965046 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1045  hypothetical protein  46.32 
 
 
506 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0217  multi-sensor protein  41.85 
 
 
852 aa  236  3e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000331603  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2998  hypothetical protein  42.94 
 
 
326 aa  140  3e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00400405 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2999  hypothetical protein  43.56 
 
 
329 aa  138  8.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91602  decreased coverage  0.000583467 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0810  multi-PAS sensor  44.16 
 
 
1116 aa  137  2e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.915221  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2286  multisensor signal transduction histidine kinase  49.12 
 
 
834 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1024  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.73 
 
 
631 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.963931  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0842  multisensor signal transduction histidine kinase  42.66 
 
 
727 aa  123  4e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2089  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.54 
 
 
802 aa  120  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0236176  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1343  EAL and GGDEF domain-containing protein  45.05 
 
 
1274 aa  119  9e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2710  hypothetical protein  47.32 
 
 
744 aa  116  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3009  hypothetical protein  35.94 
 
 
783 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0312  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.54 
 
 
556 aa  112  9e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2709  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.96 
 
 
812 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.601691  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0856  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.91 
 
 
893 aa  110  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 
763 aa  109  7.000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.172925  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  33.53 
 
 
1187 aa  107  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0299  two component sensor histidine kinase  41.96 
 
 
1239 aa  106  5e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.669336  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0678  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
721 aa  103  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.146546  normal  0.0234435 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1991  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.74 
 
 
1255 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  35.06 
 
 
1328 aa  99.8  5e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.282055  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  31.15 
 
 
808 aa  98.2  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2293  PAS sensor protein  39.45 
 
 
302 aa  91.3  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0726187  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3883  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.98 
 
 
882 aa  90.1  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.045721 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  36.07 
 
 
420 aa  88.6  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0295  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.93 
 
 
655 aa  87  3e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4113  putative PAS/PAC sensor protein  29.17 
 
 
896 aa  82.8  0.000000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0225  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.04 
 
 
1418 aa  82.8  0.000000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.180068  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1949  sensory box protein  30.92 
 
 
654 aa  81.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.34 
 
 
1211 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2150  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 
1643 aa  75.1  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.133009  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2213  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.2 
 
 
1069 aa  72.8  0.000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.273979 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3613  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.69 
 
 
1808 aa  72.4  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.643019 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 
767 aa  72  0.00000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01755  putative two-component member protein  30.43 
 
 
1111 aa  71.2  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2804  putative PAS/PAC sensor protein  22.42 
 
 
711 aa  70.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0770283 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1762  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.54 
 
 
830 aa  70.1  0.00000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1419  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.5 
 
 
769 aa  69.7  0.00000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0849788  normal  0.753623 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.74 
 
 
1211 aa  69.3  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125854  normal  0.0422439 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1002  signal transduction histidine kinase  28.47 
 
 
932 aa  68.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353608  normal  0.0662086 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.04 
 
 
1248 aa  68.6  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.1 
 
 
1094 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.59 
 
 
765 aa  66.6  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4551  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
757 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.11855  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2935  sensory transduction histidine kinase  26.39 
 
 
892 aa  66.2  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0108419  normal  0.0385268 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4301  signal transduction histidine kinase  25.36 
 
 
2693 aa  66.6  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23 
 
 
1291 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.19 
 
 
765 aa  65.9  0.0000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2307  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.51 
 
 
551 aa  66.2  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2805  putative PAS/PAC sensor protein  21.69 
 
 
658 aa  65.9  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.126133 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  22.26 
 
 
791 aa  65.9  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4414  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.11 
 
 
1166 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107711 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4352  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.11 
 
 
1166 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1787  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.82 
 
 
931 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.73 
 
 
714 aa  64.3  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2876  sensory transduction histidine kinase  27.04 
 
 
936 aa  64.7  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.558657 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  25.88 
 
 
1741 aa  64.3  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  24.55 
 
 
759 aa  64.3  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5418  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.77 
 
 
774 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.5 
 
 
732 aa  64.3  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.161755  normal  0.747327 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.17 
 
 
761 aa  64.3  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.897805  normal  0.398669 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  28.57 
 
 
1076 aa  63.9  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.2 
 
 
902 aa  63.9  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0166  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.63 
 
 
602 aa  63.5  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.719682  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0700  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.71 
 
 
1419 aa  63.5  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.81616  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.44 
 
 
755 aa  63.2  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3722  ATP-binding region, ATPase-like protein  26.04 
 
 
1120 aa  63.2  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0364  PAS sensor protein  22.52 
 
 
501 aa  62.8  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.140778  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.35 
 
 
1785 aa  62.8  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  22.22 
 
 
3706 aa  62.4  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2408  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  27.27 
 
 
623 aa  62.4  0.000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  21.76 
 
 
476 aa  62  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2941  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  21.05 
 
 
719 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1572  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.53 
 
 
574 aa  61.6  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1064  sensory box sensor histidine kinase  27.22 
 
 
1101 aa  61.2  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  26.73 
 
 
1560 aa  60.8  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4028  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.8 
 
 
846 aa  60.8  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.118602  normal  0.0390699 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0386  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.64 
 
 
1342 aa  60.5  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  27.39 
 
 
945 aa  60.1  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.92 
 
 
1009 aa  60.1  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.808539  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.27 
 
 
1471 aa  59.7  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1244  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.77 
 
 
1090 aa  59.7  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.258549  normal  0.879339 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1390  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.88 
 
 
1977 aa  59.7  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0007  putative PAS/PAC sensor protein  26.09 
 
 
400 aa  59.7  0.00000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000212043 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3110  putative integral membrane sensor protein  25.19 
 
 
1141 aa  59.3  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0940316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
329 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.85 
 
 
925 aa  59.3  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.47 
 
 
1391 aa  59.3  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2453  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.56 
 
 
969 aa  58.9  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.19952  normal  0.304956 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.18 
 
 
1325 aa  58.9  0.0000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.120961 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1526  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 
975 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.51 
 
 
1051 aa  58.9  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.05 
 
 
1768 aa  57.8  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0429  signal transduction histidine kinase  28.17 
 
 
1093 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0440  signal transduction histidine kinase  28.17 
 
 
1093 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.790224  normal  0.127185 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4215  signal transduction histidine kinase  22.33 
 
 
582 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.84 
 
 
1101 aa  58.2  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>