More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3248 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 315 aa  622  1e-177  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  74.51 
 
 		 308 aa  459  9.999999999999999e-129  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  71.61 
 
 		 310 aa  448  1e-125  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  68.2 
 
 		 312 aa  424  1e-118  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  68.37 
 
 		 314 aa  416  9.999999999999999e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  69.65 
 
 		 313 aa  411  1e-114  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  69.51 
 
 		 309 aa  412  1e-114  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  68.4 
 
 		 309 aa  414  1e-114  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.44 
 
 		 304 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  72.04 
 
 		 307 aa  405  1.0000000000000001e-112  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.44 
 
 		 304 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.44 
 
 		 304 aa  405  1.0000000000000001e-112  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  65.26 
 
 		 310 aa  401  1e-111  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.95 
 
 		 309 aa  403  1e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  66.23 
 
 		 312 aa  404  1e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  67.77 
 
 		 308 aa  401  1e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  69.48 
 
 		 309 aa  398  9.999999999999999e-111  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  64.26 
 
 		 308 aa  400  9.999999999999999e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  65.47 
 
 		 313 aa  400  9.999999999999999e-111  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  69.01 
 
 		 314 aa  399  9.999999999999999e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.31 
 
 		 313 aa  398  9.999999999999999e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  67.11 
 
 		 308 aa  399  9.999999999999999e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.15 
 
 		 309 aa  399  9.999999999999999e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.69 
 
 		 311 aa  395  1e-109  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  66.56 
 
 		 309 aa  395  1e-109  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  66.12 
 
 		 308 aa  395  1e-109  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  66.34 
 
 		 309 aa  392  1e-108  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  72.61 
 
 		 311 aa  388  1e-107  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.99 
 
 		 314 aa  390  1e-107  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  71.19 
 
 		 310 aa  384  1e-106  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  63.82 
 
 		 308 aa  374  1e-102  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.33 
 
 		 308 aa  369  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.37 
 
 		 312 aa  362  6e-99  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  65.75 
 
 		 308 aa  350  1e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.27 
 
 		 308 aa  347  2e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.2 
 
 		 320 aa  337  1.9999999999999998e-91  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  43.93 
 
 		 321 aa  264  1e-69  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  43.71 
 
 		 331 aa  227  2e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  47.19 
 
 		 327 aa  224  2e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.48 
 
 		 308 aa  223  4e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.34 
 
 		 300 aa  221  9e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.53 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  45.28 
 
 		 313 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  43.77 
 
 		 319 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  42.3 
 
 		 310 aa  219  5e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  42.57 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  43.34 
 
 		 316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  38.85 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.82 
 
 		 318 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  40.4 
 
 		 326 aa  209  5e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  38.26 
 
 		 327 aa  208  8e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.53 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.73 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.8 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  40.07 
 
 		 311 aa  205  8e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.53 
 
 		 334 aa  205  9e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  39.73 
 
 		 311 aa  205  1e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  38.62 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  38.28 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  41.5 
 
 		 315 aa  202  4e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  38.64 
 
 		 313 aa  202  5e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  40.9 
 
 		 377 aa  202  5e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  42.76 
 
 		 351 aa  202  7e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  35.37 
 
 		 303 aa  202  8e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  41.56 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  37.62 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.1 
 
 		 353 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.46 
 
 		 323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.37 
 
 		 325 aa  200  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.78 
 
 		 322 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.79 
 
 		 323 aa  199  3.9999999999999996e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  42.57 
 
 		 344 aa  199  3.9999999999999996e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  41.94 
 
 		 309 aa  199  6e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  45.77 
 
 		 314 aa  199  6e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  43.59 
 
 		 334 aa  199  6e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  53.36 
 
 		 258 aa  198  7.999999999999999e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  36.95 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.12 
 
 		 403 aa  196  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  42.63 
 
 		 345 aa  196  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  38.13 
 
 		 315 aa  196  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.8 
 
 		 296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  35.93 
 
 		 304 aa  196  5.000000000000001e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.19 
 
 		 356 aa  195  7e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.28 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.86 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.02 
 
 		 319 aa  195  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  38.56 
 
 		 329 aa  194  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.74 
 
 		 343 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  39.67 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  37.79 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  39.67 
 
 		 323 aa  193  3e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.29 
 
 		 324 aa  193  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.27 
 
 		 326 aa  193  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1978  pseudouridine synthase, RluA family  43.48 
 
 		 353 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.11099  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  37.29 
 
 		 334 aa  192  4e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.55 
 
 		 296 aa  192  9e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.4 
 
 		 313 aa  191  9e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2063  pseudouridine synthase, RluA family  43.3 
 
 		 352 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.585518  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  35.91 
 
 		 329 aa  190  2e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  41.8 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>