More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_0949 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
309 aa  616  1e-175  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  62.25 
 
 
331 aa  366  1e-100  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  58.28 
 
 
305 aa  366  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  58.78 
 
 
306 aa  357  9.999999999999999e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  58.11 
 
 
304 aa  354  1e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.64 
 
 
302 aa  341  8e-93  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  54.64 
 
 
302 aa  341  8e-93  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  54.64 
 
 
302 aa  341  8e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.64 
 
 
302 aa  341  1e-92  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  54.3 
 
 
302 aa  340  1e-92  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  54.64 
 
 
302 aa  340  1e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  54.61 
 
 
305 aa  340  2e-92  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  54.3 
 
 
302 aa  340  2e-92  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  54.3 
 
 
302 aa  339  2.9999999999999998e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  55.22 
 
 
304 aa  337  9.999999999999999e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  53.97 
 
 
302 aa  337  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  55.71 
 
 
302 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  55.94 
 
 
302 aa  328  9e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.58 
 
 
306 aa  325  7e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  50.65 
 
 
313 aa  324  9e-88  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  53.9 
 
 
306 aa  317  1e-85  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  53.22 
 
 
306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  54.67 
 
 
334 aa  309  5e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.67 
 
 
301 aa  309  5e-83  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.5 
 
 
296 aa  307  1.0000000000000001e-82  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.48 
 
 
303 aa  307  1.0000000000000001e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.31 
 
 
296 aa  303  3.0000000000000004e-81  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  47.33 
 
 
304 aa  301  7.000000000000001e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  48.32 
 
 
303 aa  301  8.000000000000001e-81  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  49.23 
 
 
326 aa  295  5e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  54.92 
 
 
310 aa  293  2e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.35 
 
 
305 aa  291  1e-77  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  51.18 
 
 
323 aa  286  2e-76  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.47 
 
 
313 aa  285  8e-76  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  52.07 
 
 
313 aa  285  9e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  54.3 
 
 
324 aa  283  2.0000000000000002e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  53.15 
 
 
339 aa  283  3.0000000000000004e-75  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  46.6 
 
 
305 aa  283  3.0000000000000004e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  47.04 
 
 
311 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.2 
 
 
303 aa  282  5.000000000000001e-75  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  47.04 
 
 
311 aa  282  6.000000000000001e-75  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  47.35 
 
 
305 aa  280  2e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  47.35 
 
 
305 aa  280  2e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  47.77 
 
 
304 aa  279  3e-74  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  46.25 
 
 
314 aa  278  7e-74  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.28 
 
 
308 aa  278  8e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.83 
 
 
304 aa  277  1e-73  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  47.92 
 
 
300 aa  277  2e-73  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.01 
 
 
312 aa  277  2e-73  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  48.7 
 
 
315 aa  277  2e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.53 
 
 
312 aa  274  1.0000000000000001e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  48.65 
 
 
326 aa  274  2.0000000000000002e-72  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  44.7 
 
 
306 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.75 
 
 
333 aa  271  1e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  49.69 
 
 
341 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  48.69 
 
 
320 aa  270  2e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  42.76 
 
 
305 aa  269  4e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  48.62 
 
 
326 aa  269  4e-71  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  49.69 
 
 
341 aa  268  7e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.59 
 
 
319 aa  268  1e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.16 
 
 
343 aa  267  1e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.59 
 
 
319 aa  268  1e-70  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  49.17 
 
 
323 aa  267  2e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.37 
 
 
334 aa  266  4e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.37 
 
 
347 aa  265  5e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.59 
 
 
319 aa  265  5e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  45.48 
 
 
344 aa  265  8.999999999999999e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.24 
 
 
320 aa  265  8.999999999999999e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.5 
 
 
316 aa  264  2e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  49.17 
 
 
315 aa  263  2e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  46.81 
 
 
334 aa  263  3e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  46.91 
 
 
319 aa  263  4e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  46.91 
 
 
319 aa  262  4.999999999999999e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.48 
 
 
322 aa  261  1e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  45.97 
 
 
306 aa  261  1e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.09 
 
 
343 aa  260  2e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  49.16 
 
 
316 aa  260  2e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  44.19 
 
 
328 aa  259  4e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  49.26 
 
 
377 aa  258  9e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  49.14 
 
 
327 aa  257  2e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  43.08 
 
 
341 aa  257  2e-67  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.36 
 
 
300 aa  256  5e-67  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.54 
 
 
319 aa  255  7e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  43.28 
 
 
329 aa  254  9e-67  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.08 
 
 
300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  44.1 
 
 
311 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  48.6 
 
 
343 aa  253  3e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  51.33 
 
 
327 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  49.67 
 
 
319 aa  252  5.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  48.55 
 
 
320 aa  252  6e-66  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  45.87 
 
 
302 aa  251  1e-65  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.06 
 
 
321 aa  250  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  46.11 
 
 
342 aa  250  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.65 
 
 
326 aa  250  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  43.71 
 
 
336 aa  250  2e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  47.6 
 
 
334 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.5 
 
 
313 aa  249  6e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.78 
 
 
349 aa  248  7e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  45.71 
 
 
326 aa  248  9e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  48.48 
 
 
349 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>