More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3052 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 312 aa  625  1e-178  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  70.72 
 
 		 312 aa  441  1e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  67.76 
 
 		 310 aa  424  1e-117  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  66.67 
 
 		 308 aa  419  1e-116  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.55 
 
 		 308 aa  415  9.999999999999999e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  67 
 
 		 308 aa  414  1e-114  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.56 
 
 		 308 aa  413  1e-114  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  70.26 
 
 		 309 aa  408  1e-113  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  65.13 
 
 		 309 aa  410  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  64.63 
 
 		 313 aa  405  1.0000000000000001e-112  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  67 
 
 		 308 aa  402  1e-111  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.84 
 
 		 309 aa  401  1e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  69.51 
 
 		 307 aa  403  1e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.89 
 
 		 308 aa  402  1e-111  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.9 
 
 		 309 aa  400  9.999999999999999e-111  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  67.54 
 
 		 309 aa  398  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.74 
 
 		 311 aa  399  9.999999999999999e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  64.9 
 
 		 309 aa  390  1e-107  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65 
 
 		 304 aa  387  1e-107  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65 
 
 		 304 aa  387  1e-107  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65 
 
 		 304 aa  387  1e-107  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  62.75 
 
 		 308 aa  386  1e-106  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  68.63 
 
 		 311 aa  385  1e-106  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  61.64 
 
 		 310 aa  382  1e-105  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  67.34 
 
 		 308 aa  380  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  62.58 
 
 		 312 aa  380  1e-104  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  63.91 
 
 		 309 aa  380  1e-104  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  69.18 
 
 		 310 aa  377  1e-103  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  62.91 
 
 		 308 aa  376  1e-103  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  63.84 
 
 		 313 aa  372  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.19 
 
 		 314 aa  372  1e-102  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.26 
 
 		 313 aa  369  1e-101  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  61.18 
 
 		 314 aa  363  3e-99  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.91 
 
 		 320 aa  360  2e-98  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  61.84 
 
 		 314 aa  357  9.999999999999999e-98  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  63.16 
 
 		 315 aa  349  4e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  47.04 
 
 		 321 aa  283  3.0000000000000004e-75  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  44.3 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  42.66 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.98 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.03 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.8 
 
 		 300 aa  206  5e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  50.94 
 
 		 258 aa  205  9e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.12 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.72 
 
 		 334 aa  200  3e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.9 
 
 		 391 aa  200  3e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  43.38 
 
 		 331 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  42.26 
 
 		 313 aa  198  7.999999999999999e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  44.18 
 
 		 299 aa  198  9e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  42.95 
 
 		 402 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  42.95 
 
 		 402 aa  198  9e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  42.39 
 
 		 329 aa  198  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.64 
 
 		 335 aa  198  1.0000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  40.43 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  42.26 
 
 		 327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.63 
 
 		 402 aa  197  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  38.69 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  42.63 
 
 		 360 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  41.99 
 
 		 407 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  41.1 
 
 		 326 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  41.99 
 
 		 405 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  41.67 
 
 		 315 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  42.09 
 
 		 400 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  42.18 
 
 		 315 aa  196  5.000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  42.71 
 
 		 316 aa  195  9e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  39.35 
 
 		 320 aa  195  9e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.99 
 
 		 347 aa  194  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.99 
 
 		 334 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.84 
 
 		 321 aa  194  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  40.58 
 
 		 319 aa  195  1e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  39.87 
 
 		 311 aa  193  3e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.36 
 
 		 438 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  42.26 
 
 		 322 aa  193  3e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  41.46 
 
 		 431 aa  193  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  39.52 
 
 		 341 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  43.48 
 
 		 337 aa  192  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.95 
 
 		 395 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  40.95 
 
 		 389 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  40.95 
 
 		 389 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.95 
 
 		 395 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  40.95 
 
 		 389 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  40.95 
 
 		 389 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  40.95 
 
 		 395 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.33 
 
 		 343 aa  192  6e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  40.2 
 
 		 311 aa  192  6e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.21 
 
 		 303 aa  192  7e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.87 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.87 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  37.87 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  37.87 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  39.16 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.87 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.13 
 
 		 333 aa  190  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.87 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  37.86 
 
 		 340 aa  191  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  41.94 
 
 		 332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.56 
 
 		 353 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  39.21 
 
 		 342 aa  189  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  38.61 
 
 		 315 aa  189  4e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>