More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1841 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 431 aa  869    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  93.41 
 
 		 438 aa  773    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  78.1 
 
 		 402 aa  593  1e-168  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  78.25 
 
 		 402 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  78.25 
 
 		 405 aa  592  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  78.25 
 
 		 402 aa  592  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  77.61 
 
 		 436 aa  589  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  77.51 
 
 		 400 aa  586  1e-166  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  72.62 
 
 		 407 aa  578  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  83.95 
 
 		 360 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  72.28 
 
 		 391 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  70.62 
 
 		 395 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.86 
 
 		 395 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.86 
 
 		 395 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  72.34 
 
 		 389 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  72.34 
 
 		 389 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  72.08 
 
 		 389 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  72.34 
 
 		 389 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.65 
 
 		 403 aa  402  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.88 
 
 		 403 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  64.15 
 
 		 358 aa  391  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  59.24 
 
 		 370 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  58.7 
 
 		 370 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0921  pseudouridine synthase, RluA family  54.55 
 
 		 344 aa  333  5e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  55.34 
 
 		 318 aa  325  7e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  54.31 
 
 		 318 aa  321  1.9999999999999998e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.7 
 
 		 356 aa  316  5e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  55.92 
 
 		 327 aa  313  4.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.48 
 
 		 318 aa  305  1.0000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.89 
 
 		 321 aa  304  3.0000000000000004e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  55.59 
 
 		 315 aa  298  1e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.43 
 
 		 318 aa  294  2e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  47.35 
 
 		 352 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  51.24 
 
 		 325 aa  284  2.0000000000000002e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  50.48 
 
 		 319 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  50.61 
 
 		 329 aa  283  4.0000000000000003e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.64 
 
 		 313 aa  278  2e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  51.85 
 
 		 313 aa  277  3e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  50.94 
 
 		 319 aa  276  4e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  50.97 
 
 		 323 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.62 
 
 		 325 aa  272  1e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  50.99 
 
 		 323 aa  270  5e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  49.06 
 
 		 322 aa  269  5.9999999999999995e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  48.43 
 
 		 340 aa  268  1e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  50.99 
 
 		 323 aa  268  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  49.34 
 
 		 321 aa  267  2.9999999999999995e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  49.55 
 
 		 344 aa  266  7e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.84 
 
 		 324 aa  265  8e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  45.67 
 
 		 327 aa  265  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  47.71 
 
 		 331 aa  265  2e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.22 
 
 		 333 aa  264  2e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  48.16 
 
 		 352 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  48.8 
 
 		 320 aa  264  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  44.62 
 
 		 420 aa  263  4e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.22 
 
 		 325 aa  263  6e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.22 
 
 		 325 aa  263  6e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  48.37 
 
 		 327 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  47.34 
 
 		 325 aa  262  8e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  48.19 
 
 		 320 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  47.4 
 
 		 327 aa  261  1e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  52.43 
 
 		 327 aa  261  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  48.01 
 
 		 352 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  48.01 
 
 		 352 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.91 
 
 		 323 aa  261  2e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.91 
 
 		 323 aa  260  3e-68  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3214  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.92 
 
 		 327 aa  260  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000301584  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.67 
 
 		 323 aa  259  4e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.67 
 
 		 323 aa  259  4e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.67 
 
 		 323 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  47.63 
 
 		 320 aa  259  8e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  49.34 
 
 		 324 aa  259  8e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000246501  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  47.02 
 
 		 326 aa  259  9e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  47.66 
 
 		 310 aa  258  1e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.71 
 
 		 326 aa  258  1e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.41 
 
 		 320 aa  258  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.71 
 
 		 326 aa  259  1e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.32 
 
 		 320 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0667  pseudouridine synthase, RluA family protein  50 
 
 		 324 aa  258  2e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0233551  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.71 
 
 		 326 aa  257  3e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  46.39 
 
 		 326 aa  257  4e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  46.39 
 
 		 326 aa  257  4e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.51 
 
 		 334 aa  256  4e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  46.39 
 
 		 326 aa  257  4e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  49.01 
 
 		 324 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000750012  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  49.01 
 
 		 324 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495395  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  48.15 
 
 		 376 aa  257  4e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  49.01 
 
 		 324 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.39 
 
 		 326 aa  257  4e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.39 
 
 		 326 aa  257  4e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  49.01 
 
 		 324 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000267118  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3166  RluA family pseudouridine synthase  48.58 
 
 		 323 aa  256  5e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133464  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  45.62 
 
 		 326 aa  255  1.0000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3915  23S rRNA pseudouridine synthase D  47.91 
 
 		 324 aa  254  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.37 
 
 		 344 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.35 
 
 		 334 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  49.67 
 
 		 324 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.87 
 
 		 327 aa  253  5.000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  47.37 
 
 		 324 aa  253  6e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.67 
 
 		 325 aa  252  7e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.88 
 
 		 334 aa  252  9.000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>