More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0912 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
308 aa  613  9.999999999999999e-175  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  81.49 
 
 
309 aa  490  1e-137  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  78.36 
 
 
309 aa  462  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  75 
 
 
309 aa  457  9.999999999999999e-129  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  68.85 
 
 
312 aa  431  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  68.83 
 
 
310 aa  432  1e-120  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.43 
 
 
308 aa  415  9.999999999999999e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  68.95 
 
 
313 aa  405  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  65.03 
 
 
310 aa  406  1.0000000000000001e-112  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  65.9 
 
 
308 aa  402  1e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  68.08 
 
 
307 aa  403  1e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.18 
 
 
313 aa  402  1e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.31 
 
 
309 aa  399  9.999999999999999e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  67.1 
 
 
309 aa  392  1e-108  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  67 
 
 
314 aa  393  1e-108  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  61.24 
 
 
308 aa  390  1e-107  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.13 
 
 
311 aa  388  1e-107  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  64.03 
 
 
312 aa  387  1e-106  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  67.43 
 
 
315 aa  382  1e-105  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.69 
 
 
314 aa  382  1e-105  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  64.24 
 
 
309 aa  381  1e-104  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  63.19 
 
 
308 aa  379  1e-104  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  66.01 
 
 
314 aa  378  1e-104  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63 
 
 
304 aa  378  1e-104  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63 
 
 
304 aa  378  1e-104  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.67 
 
 
304 aa  375  1e-103  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  62.71 
 
 
309 aa  375  1e-103  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.75 
 
 
312 aa  374  1e-102  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  60.39 
 
 
313 aa  370  1e-101  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  66.45 
 
 
311 aa  358  6e-98  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  65.35 
 
 
310 aa  357  9.999999999999999e-98  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  60.13 
 
 
308 aa  353  1e-96  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.17 
 
 
308 aa  344  8.999999999999999e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.33 
 
 
308 aa  337  9.999999999999999e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  58.42 
 
 
308 aa  319  3.9999999999999996e-86  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.22 
 
 
320 aa  310  1e-83  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  41.42 
 
 
321 aa  252  5.000000000000001e-66  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  45.87 
 
 
327 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  41.25 
 
 
319 aa  218  7e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.64 
 
 
300 aa  218  1e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  39.86 
 
 
304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  43.2 
 
 
331 aa  209  3e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.76 
 
 
308 aa  208  8e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  43.83 
 
 
316 aa  207  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.07 
 
 
300 aa  207  2e-52  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  43 
 
 
310 aa  207  2e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  43.92 
 
 
315 aa  206  3e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.86 
 
 
334 aa  205  7e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  43.18 
 
 
313 aa  205  8e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.93 
 
 
302 aa  203  3e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.37 
 
 
318 aa  202  5e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.46 
 
 
301 aa  202  6e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  42.53 
 
 
309 aa  201  9.999999999999999e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  35.37 
 
 
303 aa  199  5e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  38.28 
 
 
308 aa  199  7e-50  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  38.05 
 
 
311 aa  199  7e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  40.76 
 
 
329 aa  198  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  37.71 
 
 
311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  50.97 
 
 
258 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  41.69 
 
 
315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.95 
 
 
325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  37.88 
 
 
305 aa  196  3e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.45 
 
 
325 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  39.68 
 
 
327 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  40.81 
 
 
327 aa  196  5.000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.23 
 
 
296 aa  196  5.000000000000001e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  39.6 
 
 
334 aa  195  8.000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  37.33 
 
 
306 aa  194  1e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  39.53 
 
 
313 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.32 
 
 
334 aa  193  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  37.84 
 
 
306 aa  193  3e-48  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  37.67 
 
 
306 aa  193  3e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  37.09 
 
 
305 aa  193  3e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  39.75 
 
 
331 aa  192  4e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.39 
 
 
313 aa  192  8e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  39.88 
 
 
377 aa  191  9e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  37.92 
 
 
304 aa  191  1e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  39.74 
 
 
323 aa  191  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  42.19 
 
 
320 aa  191  2e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.05 
 
 
333 aa  191  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  39.94 
 
 
318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  42.02 
 
 
323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  42.07 
 
 
299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.58 
 
 
323 aa  189  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  34.49 
 
 
321 aa  189  4e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.26 
 
 
323 aa  189  4e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.86 
 
 
391 aa  189  5e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.31 
 
 
304 aa  189  5e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.91 
 
 
321 aa  189  5e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  39.8 
 
 
351 aa  189  5.999999999999999e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  34.49 
 
 
313 aa  189  7e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.66 
 
 
356 aa  188  8e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.16 
 
 
325 aa  188  8e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  41.61 
 
 
341 aa  188  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  34.49 
 
 
321 aa  188  9e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.49 
 
 
296 aa  188  1e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.13 
 
 
343 aa  187  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.23 
 
 
337 aa  188  1e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  42.26 
 
 
336 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  40 
 
 
324 aa  188  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>