More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_0610 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
304 aa  628  1e-179  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.34 
 
 
303 aa  422  1e-117  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  58.36 
 
 
305 aa  352  5.9999999999999994e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53 
 
 
306 aa  335  5e-91  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  52.9 
 
 
313 aa  330  1e-89  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  52.72 
 
 
334 aa  329  4e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  55.14 
 
 
300 aa  325  6e-88  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  52.68 
 
 
306 aa  325  7e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  54.67 
 
 
304 aa  322  4e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  56.55 
 
 
306 aa  320  9.999999999999999e-87  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  52.3 
 
 
331 aa  318  9e-86  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  55.86 
 
 
306 aa  318  1e-85  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  55.36 
 
 
302 aa  317  1e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  53.16 
 
 
304 aa  315  5e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.67 
 
 
302 aa  314  9.999999999999999e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  55.02 
 
 
302 aa  314  9.999999999999999e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  54.67 
 
 
302 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  54.67 
 
 
302 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  54.33 
 
 
302 aa  312  3.9999999999999997e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.33 
 
 
302 aa  312  3.9999999999999997e-84  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  54.33 
 
 
302 aa  312  3.9999999999999997e-84  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  54.33 
 
 
302 aa  312  3.9999999999999997e-84  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.61 
 
 
301 aa  311  6.999999999999999e-84  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  53.98 
 
 
302 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  52.25 
 
 
305 aa  309  4e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.47 
 
 
303 aa  308  9e-83  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  53.63 
 
 
302 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  47.33 
 
 
309 aa  301  7.000000000000001e-81  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.14 
 
 
296 aa  300  2e-80  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  49.66 
 
 
305 aa  299  4e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.51 
 
 
312 aa  297  2e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.47 
 
 
304 aa  295  6e-79  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.75 
 
 
334 aa  292  5e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.61 
 
 
296 aa  292  6e-78  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.45 
 
 
347 aa  291  1e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  48.36 
 
 
306 aa  291  1e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  49.5 
 
 
311 aa  290  2e-77  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.82 
 
 
308 aa  290  2e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  47.77 
 
 
313 aa  289  4e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.6 
 
 
312 aa  286  2.9999999999999996e-76  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 
303 aa  285  5.999999999999999e-76  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  48.03 
 
 
326 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  46.57 
 
 
334 aa  282  5.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.04 
 
 
343 aa  280  2e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.34 
 
 
305 aa  278  6e-74  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  48.17 
 
 
323 aa  278  9e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  50.83 
 
 
305 aa  275  5e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  50.83 
 
 
305 aa  275  5e-73  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.92 
 
 
313 aa  274  2.0000000000000002e-72  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  46.73 
 
 
306 aa  271  1e-71  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  46.23 
 
 
329 aa  270  2e-71  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  45.67 
 
 
305 aa  270  2e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.58 
 
 
324 aa  270  2.9999999999999997e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  45.35 
 
 
342 aa  268  8.999999999999999e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  44.84 
 
 
319 aa  266  2e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  47.3 
 
 
314 aa  267  2e-70  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  45.62 
 
 
341 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  45.31 
 
 
341 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.3 
 
 
321 aa  265  5e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  44.95 
 
 
314 aa  265  5e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.52 
 
 
343 aa  263  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  43.31 
 
 
320 aa  263  3e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  45.05 
 
 
377 aa  262  6e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  48.61 
 
 
304 aa  261  8e-69  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  46.1 
 
 
326 aa  261  8.999999999999999e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  48.97 
 
 
326 aa  261  1e-68  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  48.81 
 
 
320 aa  261  1e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  46.92 
 
 
339 aa  260  2e-68  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.79 
 
 
322 aa  260  2e-68  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.8 
 
 
316 aa  260  2e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.09 
 
 
335 aa  260  3e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  45.19 
 
 
319 aa  258  6e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.89 
 
 
333 aa  258  7e-68  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.01 
 
 
322 aa  256  2e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  48.63 
 
 
326 aa  257  2e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  44.67 
 
 
376 aa  257  2e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 
319 aa  256  3e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  47.06 
 
 
318 aa  256  3e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  47.56 
 
 
318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.95 
 
 
319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  43.95 
 
 
346 aa  253  2.0000000000000002e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  45.21 
 
 
323 aa  253  2.0000000000000002e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.09 
 
 
319 aa  253  3e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.73 
 
 
326 aa  253  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  44.48 
 
 
328 aa  253  3e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  43.97 
 
 
311 aa  253  3e-66  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  43.65 
 
 
311 aa  253  3e-66  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  42.39 
 
 
315 aa  253  3e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  44.27 
 
 
334 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  43.37 
 
 
343 aa  253  4.0000000000000004e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.6 
 
 
319 aa  253  4.0000000000000004e-66  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  42.81 
 
 
336 aa  251  9.000000000000001e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43 
 
 
300 aa  251  1e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.92 
 
 
319 aa  250  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  44.74 
 
 
351 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  42.26 
 
 
391 aa  249  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  44.62 
 
 
426 aa  248  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  42.86 
 
 
322 aa  248  7e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  43.42 
 
 
322 aa  248  8e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43 
 
 
300 aa  248  1e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>