More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3201 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
314 aa  626  1e-178  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  93.31 
 
 
314 aa  558  1e-158  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  68.52 
 
 
310 aa  427  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  70.63 
 
 
308 aa  425  1e-118  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  69.21 
 
 
309 aa  419  1e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  67.44 
 
 
312 aa  416  9.999999999999999e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  68.09 
 
 
308 aa  416  9.999999999999999e-116  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  67.32 
 
 
310 aa  412  1e-114  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  72.08 
 
 
313 aa  408  1e-113  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  72.04 
 
 
313 aa  408  1e-113  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  68.32 
 
 
312 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  68.77 
 
 
308 aa  404  1e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  69.74 
 
 
309 aa  400  9.999999999999999e-111  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  65.79 
 
 
308 aa  395  1e-109  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  67.55 
 
 
309 aa  392  1e-108  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.33 
 
 
314 aa  393  1e-108  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  66.01 
 
 
308 aa  392  1e-108  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  66.56 
 
 
309 aa  391  1e-108  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67 
 
 
309 aa  389  1e-107  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  69.65 
 
 
315 aa  389  1e-107  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  68.52 
 
 
307 aa  385  1e-106  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.47 
 
 
311 aa  383  1e-105  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.67 
 
 
304 aa  382  1e-105  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.67 
 
 
304 aa  381  1e-105  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.46 
 
 
308 aa  382  1e-105  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.67 
 
 
304 aa  382  1e-105  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  64.24 
 
 
309 aa  382  1e-105  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  62.95 
 
 
313 aa  379  1e-104  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  64.24 
 
 
308 aa  375  1e-103  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  68.87 
 
 
310 aa  371  1e-102  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.84 
 
 
309 aa  370  1e-101  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.84 
 
 
312 aa  368  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  64.65 
 
 
308 aa  361  7.0000000000000005e-99  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  66.89 
 
 
311 aa  357  1.9999999999999998e-97  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.93 
 
 
308 aa  348  1e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.23 
 
 
320 aa  332  5e-90  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  47.04 
 
 
321 aa  278  9e-74  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  57.58 
 
 
258 aa  218  1e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  43.38 
 
 
331 aa  217  2e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.66 
 
 
300 aa  210  2e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  44.16 
 
 
327 aa  209  5e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  38.64 
 
 
302 aa  207  3e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.04 
 
 
325 aa  203  3e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.18 
 
 
308 aa  202  4e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  37.92 
 
 
306 aa  202  9e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.57 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  43.37 
 
 
313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  39.73 
 
 
311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  40.07 
 
 
311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.67 
 
 
301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  39.52 
 
 
304 aa  200  3e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  42.71 
 
 
316 aa  200  3e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  37.25 
 
 
306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.65 
 
 
318 aa  199  5e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  40.26 
 
 
319 aa  198  7.999999999999999e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  41.36 
 
 
315 aa  198  9e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  43.56 
 
 
322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  39.8 
 
 
310 aa  194  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.88 
 
 
304 aa  193  3e-48  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.29 
 
 
296 aa  192  5e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  34.78 
 
 
300 aa  192  6e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.39 
 
 
305 aa  192  7e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.49 
 
 
302 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  35.4 
 
 
303 aa  191  1e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.29 
 
 
296 aa  191  1e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.49 
 
 
302 aa  191  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  38.49 
 
 
302 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  38.54 
 
 
314 aa  190  2e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.95 
 
 
326 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  38.93 
 
 
334 aa  191  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.49 
 
 
302 aa  191  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.53 
 
 
334 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.49 
 
 
302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  38.49 
 
 
302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  38.14 
 
 
302 aa  189  4e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  39.14 
 
 
326 aa  189  4e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.67 
 
 
403 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.14 
 
 
302 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  41.06 
 
 
320 aa  188  9e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  36.75 
 
 
305 aa  188  9e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  38.14 
 
 
302 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  37.46 
 
 
302 aa  187  1e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  35.86 
 
 
306 aa  188  1e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.8 
 
 
302 aa  187  2e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.01 
 
 
303 aa  187  2e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  41.72 
 
 
322 aa  186  4e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.78 
 
 
320 aa  186  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  39.68 
 
 
325 aa  186  6e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  39.53 
 
 
304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  41.64 
 
 
299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  43.92 
 
 
314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  42.95 
 
 
345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  39.59 
 
 
323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.82 
 
 
322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  37.86 
 
 
327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  38.01 
 
 
306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.58 
 
 
325 aa  183  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  38.61 
 
 
329 aa  183  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  38.78 
 
 
344 aa  183  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  40.66 
 
 
309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>