More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3657 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
344 aa  692    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  44.62 
 
 
306 aa  269  5.9999999999999995e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  45.78 
 
 
320 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  45.1 
 
 
305 aa  265  5.999999999999999e-70  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  47.66 
 
 
331 aa  265  7e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  45.19 
 
 
319 aa  265  8e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  45.48 
 
 
309 aa  265  1e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  44.55 
 
 
319 aa  264  2e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  45.74 
 
 
313 aa  264  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  44.41 
 
 
315 aa  263  4e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  44.73 
 
 
304 aa  259  5.0000000000000005e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.93 
 
 
319 aa  256  4e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.36 
 
 
312 aa  251  1e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  44.7 
 
 
339 aa  251  1e-65  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  42.95 
 
 
306 aa  249  3e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  47.35 
 
 
329 aa  249  5e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.06 
 
 
322 aa  249  6e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  40.58 
 
 
306 aa  249  6e-65  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.07 
 
 
308 aa  248  1e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.37 
 
 
333 aa  247  3e-64  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.71 
 
 
324 aa  245  6e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  41.35 
 
 
326 aa  245  8e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  42.17 
 
 
304 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  39.13 
 
 
313 aa  244  9.999999999999999e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  42.72 
 
 
326 aa  243  3e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.07 
 
 
303 aa  243  3e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  41.25 
 
 
319 aa  243  5e-63  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  43.99 
 
 
305 aa  242  7.999999999999999e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 
304 aa  241  1e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  41.36 
 
 
347 aa  240  2.9999999999999997e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  41.81 
 
 
326 aa  239  4e-62  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.95 
 
 
313 aa  239  4e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  42.21 
 
 
323 aa  239  5e-62  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  42.17 
 
 
311 aa  239  5.999999999999999e-62  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  42.77 
 
 
363 aa  239  5.999999999999999e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  40 
 
 
314 aa  239  5.999999999999999e-62  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.46 
 
 
319 aa  239  6.999999999999999e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.5 
 
 
332 aa  239  6.999999999999999e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.83 
 
 
316 aa  238  8e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  41.85 
 
 
311 aa  238  8e-62  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.14 
 
 
326 aa  238  9e-62  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  40.52 
 
 
352 aa  238  1e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.59 
 
 
319 aa  237  2e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.73 
 
 
306 aa  237  2e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  37.35 
 
 
347 aa  236  6e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  45.67 
 
 
315 aa  236  6e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 
346 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.19 
 
 
304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  39.62 
 
 
319 aa  233  3e-60  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  38.03 
 
 
305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  42.59 
 
 
334 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  40.46 
 
 
321 aa  233  5e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  40.63 
 
 
329 aa  233  5e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  39.4 
 
 
320 aa  232  6e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.94 
 
 
356 aa  231  1e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  40.13 
 
 
321 aa  230  3e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.04 
 
 
343 aa  230  3e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  44.3 
 
 
319 aa  229  4e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  40.78 
 
 
305 aa  229  4e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  42.62 
 
 
322 aa  228  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  41.82 
 
 
318 aa  228  1e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  40.59 
 
 
328 aa  227  2e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  41.05 
 
 
318 aa  227  3e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  39.51 
 
 
354 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  39.87 
 
 
302 aa  226  6e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.87 
 
 
302 aa  226  6e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  42.28 
 
 
334 aa  225  7e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  39.52 
 
 
354 aa  225  9e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.87 
 
 
302 aa  225  1e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  39.87 
 
 
302 aa  225  1e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.87 
 
 
302 aa  225  1e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.96 
 
 
313 aa  225  1e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.87 
 
 
302 aa  224  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  39.54 
 
 
302 aa  224  2e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  38.61 
 
 
341 aa  224  2e-57  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  39.03 
 
 
356 aa  223  3e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  39.74 
 
 
304 aa  223  3e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.33 
 
 
300 aa  223  4e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.07 
 
 
347 aa  223  4e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.07 
 
 
334 aa  223  4e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  39.54 
 
 
302 aa  223  4e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  38.46 
 
 
297 aa  223  4e-57  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  37.94 
 
 
303 aa  223  4e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.8 
 
 
302 aa  222  6e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.51 
 
 
350 aa  222  7e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.16 
 
 
302 aa  222  8e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  39.8 
 
 
311 aa  222  9e-57  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  42.81 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  40.49 
 
 
334 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  43 
 
 
345 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  39.34 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  39.8 
 
 
302 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.75 
 
 
300 aa  221  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  40.63 
 
 
377 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  44.44 
 
 
310 aa  221  9.999999999999999e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  43.65 
 
 
343 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  39.34 
 
 
306 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.21 
 
 
353 aa  220  3e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  43.65 
 
 
343 aa  220  3e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  41.64 
 
 
327 aa  220  3e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>