More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_10900 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 308 aa  615  1e-175  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.89 
 
 		 312 aa  382  1e-105  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  63.28 
 
 		 312 aa  375  1e-103  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  62.09 
 
 		 308 aa  369  1e-101  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  60.91 
 
 		 308 aa  369  1e-101  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.2 
 
 		 308 aa  370  1e-101  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  60.98 
 
 		 313 aa  362  4e-99  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.9 
 
 		 309 aa  362  6e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.75 
 
 		 304 aa  360  2e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  64.38 
 
 		 309 aa  359  3e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.75 
 
 		 304 aa  359  3e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.75 
 
 		 304 aa  359  3e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  60.33 
 
 		 312 aa  359  4e-98  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  61.84 
 
 		 309 aa  357  1.9999999999999998e-97  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  58.5 
 
 		 308 aa  355  5e-97  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  58.61 
 
 		 310 aa  354  7.999999999999999e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  61.18 
 
 		 309 aa  352  5e-96  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.15 
 
 		 309 aa  350  2e-95  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  63.73 
 
 		 307 aa  350  2e-95  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.86 
 
 		 308 aa  348  6e-95  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.72 
 
 		 314 aa  348  7e-95  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.81 
 
 		 311 aa  346  3e-94  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  57.43 
 
 		 309 aa  344  8.999999999999999e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  59.02 
 
 		 308 aa  343  2e-93  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  55.08 
 
 		 310 aa  337  9.999999999999999e-92  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  58.17 
 
 		 308 aa  337  9.999999999999999e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  58.94 
 
 		 314 aa  333  3e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  62.99 
 
 		 311 aa  333  3e-90  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  64.03 
 
 		 310 aa  332  4e-90  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57 
 
 		 320 aa  331  1e-89  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  56.21 
 
 		 309 aa  328  5.0000000000000004e-89  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  59.93 
 
 		 314 aa  328  1.0000000000000001e-88  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  57.86 
 
 		 308 aa  325  4.0000000000000003e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  59.02 
 
 		 313 aa  321  8e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  58.61 
 
 		 313 aa  316  3e-85  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  59.27 
 
 		 315 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  48.87 
 
 		 321 aa  304  1.0000000000000001e-81  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  56.87 
 
 		 258 aa  219  3e-56  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.37 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.19 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.73 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  40.2 
 
 		 310 aa  199  6e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.24 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  42.62 
 
 		 299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  41.33 
 
 		 314 aa  196  6e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  42.02 
 
 		 315 aa  195  7e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.18 
 
 		 296 aa  195  8.000000000000001e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.09 
 
 		 347 aa  194  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.09 
 
 		 334 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.2 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  40.98 
 
 		 315 aa  193  3e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.38 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  37.54 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 334 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  37.05 
 
 		 306 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  40.79 
 
 		 331 aa  188  1e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  32.01 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.99 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  34.48 
 
 		 305 aa  187  1e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.32 
 
 		 322 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  40.86 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.49 
 
 		 332 aa  187  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.94 
 
 		 318 aa  186  5e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  39.09 
 
 		 318 aa  185  6e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  41.8 
 
 		 327 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  40.13 
 
 		 329 aa  184  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  34.65 
 
 		 300 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  37.95 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.05 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  40.32 
 
 		 322 aa  183  3e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  38.38 
 
 		 334 aa  183  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.23 
 
 		 321 aa  183  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  37.95 
 
 		 326 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  36.13 
 
 		 320 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.49 
 
 		 391 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.3 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.54 
 
 		 333 aa  181  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.85 
 
 		 319 aa  181  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  38.67 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.65 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.34 
 
 		 323 aa  180  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  33.23 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1482  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.73 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.696906  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  38.01 
 
 		 319 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.46 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  37.32 
 
 		 311 aa  179  4e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  34.95 
 
 		 306 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  37.68 
 
 		 311 aa  178  8e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.42 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  38.34 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  41.05 
 
 		 436 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.94 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.54 
 
 		 324 aa  177  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  35.99 
 
 		 327 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  34.63 
 
 		 306 aa  176  3e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.85 
 
 		 322 aa  176  4e-43  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  39.61 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  40.32 
 
 		 322 aa  176  5e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  37.03 
 
 		 391 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>