More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0606 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  100 
 
 		 391 aa  782    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  75.5 
 
 		 426 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  71.95 
 
 		 351 aa  507  9.999999999999999e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  74.7 
 
 		 326 aa  495  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  75.9 
 
 		 324 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  75 
 
 		 334 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  81.75 
 
 		 264 aa  428  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  54.93 
 
 		 377 aa  364  1e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  61.16 
 
 		 343 aa  348  7e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  60.86 
 
 		 343 aa  347  2e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  60.24 
 
 		 345 aa  344  1e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  56.64 
 
 		 337 aa  340  4e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.85 
 
 		 347 aa  337  2.9999999999999997e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  55.83 
 
 		 346 aa  335  7e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  56.64 
 
 		 336 aa  334  1e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.75 
 
 		 334 aa  333  3e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  55.27 
 
 		 342 aa  332  8e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  52.01 
 
 		 341 aa  330  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  59.45 
 
 		 334 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  50.86 
 
 		 343 aa  327  2.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  51.58 
 
 		 341 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  46.9 
 
 		 482 aa  327  3e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  52.55 
 
 		 334 aa  325  8.000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  49.57 
 
 		 342 aa  318  1e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  52.41 
 
 		 336 aa  317  3e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.06 
 
 		 343 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  51.37 
 
 		 351 aa  287  2.9999999999999996e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.39 
 
 		 343 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  48.34 
 
 		 313 aa  280  3e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  45.7 
 
 		 306 aa  271  2e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.97 
 
 		 312 aa  268  1e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  50 
 
 		 326 aa  268  1e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  46.44 
 
 		 313 aa  266  5e-70  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  51.08 
 
 		 332 aa  264  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  46.69 
 
 		 331 aa  263  3e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.81 
 
 		 321 aa  261  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  48.17 
 
 		 349 aa  258  9e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  45.28 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.89 
 
 		 349 aa  257  3e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  48.2 
 
 		 376 aa  257  3e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  44.65 
 
 		 306 aa  256  5e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  47.4 
 
 		 322 aa  255  1.0000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.11 
 
 		 313 aa  254  2.0000000000000002e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.36 
 
 		 335 aa  254  2.0000000000000002e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.2 
 
 		 306 aa  253  4.0000000000000004e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  46.82 
 
 		 349 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  42.01 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  43.12 
 
 		 315 aa  250  3e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  44.75 
 
 		 323 aa  249  4e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.02 
 
 		 337 aa  249  5e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  46.13 
 
 		 304 aa  249  8e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  40.73 
 
 		 329 aa  248  1e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  48.32 
 
 		 341 aa  245  9e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  46.34 
 
 		 309 aa  244  1.9999999999999999e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.23 
 
 		 347 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.03 
 
 		 301 aa  243  3e-63  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  44.14 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.81 
 
 		 322 aa  243  6e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  43.98 
 
 		 326 aa  242  6e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  46.15 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.3 
 
 		 303 aa  241  2e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  45.32 
 
 		 325 aa  240  2.9999999999999997e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  43.87 
 
 		 319 aa  239  5e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  46.81 
 
 		 322 aa  239  6.999999999999999e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  43.56 
 
 		 319 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  44.69 
 
 		 304 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  44.72 
 
 		 320 aa  238  1e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.27 
 
 		 310 aa  238  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.98 
 
 		 356 aa  236  3e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  45.34 
 
 		 306 aa  237  3e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.72 
 
 		 304 aa  237  3e-61  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.03 
 
 		 316 aa  236  4e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  42.59 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  42.59 
 
 		 305 aa  236  5.0000000000000005e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  41.12 
 
 		 302 aa  235  8e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  43.93 
 
 		 318 aa  235  9e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  44.69 
 
 		 400 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.58 
 
 		 319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.15 
 
 		 332 aa  235  1.0000000000000001e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  47.44 
 
 		 334 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  44.01 
 
 		 318 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.71 
 
 		 303 aa  233  4.0000000000000004e-60  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  41.72 
 
 		 305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.62 
 
 		 313 aa  233  5e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  45.34 
 
 		 320 aa  233  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 302 aa  233  6e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  43.93 
 
 		 318 aa  232  7.000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  44.11 
 
 		 352 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  44.58 
 
 		 310 aa  232  7.000000000000001e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  44.11 
 
 		 352 aa  232  9e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  40.81 
 
 		 302 aa  232  1e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.5 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.79 
 
 		 318 aa  231  1e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.81 
 
 		 302 aa  232  1e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  43.63 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  43.5 
 
 		 352 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.81 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  40.81 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.81 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.81 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>