More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2950 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  100 
 
 		 326 aa  659    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  55.77 
 
 		 315 aa  347  1e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  57.83 
 
 		 319 aa  347  2e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  57.51 
 
 		 319 aa  344  1e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  56.45 
 
 		 320 aa  342  4e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.05 
 
 		 322 aa  338  8e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  57 
 
 		 326 aa  327  1.0000000000000001e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.87 
 
 		 319 aa  325  8.000000000000001e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 		 313 aa  313  1.9999999999999998e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  55.41 
 
 		 322 aa  306  2.0000000000000002e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.17 
 
 		 303 aa  306  2.0000000000000002e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  50.32 
 
 		 305 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  47.78 
 
 		 302 aa  305  7e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  50.48 
 
 		 305 aa  302  4.0000000000000003e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  51.46 
 
 		 306 aa  301  1e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  51.32 
 
 		 305 aa  298  8e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.84 
 
 		 302 aa  297  1e-79  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  47.15 
 
 		 302 aa  298  1e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  49.36 
 
 		 304 aa  298  1e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.84 
 
 		 302 aa  296  2e-79  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.84 
 
 		 302 aa  296  2e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  46.84 
 
 		 302 aa  296  2e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.84 
 
 		 302 aa  296  4e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  49.23 
 
 		 309 aa  295  5e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  46.52 
 
 		 302 aa  295  9e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  50.99 
 
 		 311 aa  295  1e-78  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.84 
 
 		 302 aa  294  1e-78  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  49.5 
 
 		 302 aa  294  2e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  50.33 
 
 		 334 aa  293  4e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  50.33 
 
 		 311 aa  291  8e-78  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  50.32 
 
 		 306 aa  291  1e-77  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  50.32 
 
 		 306 aa  291  1e-77  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  48.68 
 
 		 302 aa  290  2e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.72 
 
 		 349 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  47.98 
 
 		 377 aa  290  2e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  49.84 
 
 		 304 aa  290  2e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  50.73 
 
 		 349 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.16 
 
 		 306 aa  285  8e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  48.03 
 
 		 304 aa  284  2.0000000000000002e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.28 
 
 		 321 aa  283  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  48.38 
 
 		 313 aa  283  4.0000000000000003e-75  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  50.85 
 
 		 323 aa  281  8.000000000000001e-75  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  50.78 
 
 		 376 aa  280  3e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  50.15 
 
 		 349 aa  277  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.82 
 
 		 343 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  50.16 
 
 		 337 aa  277  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.75 
 
 		 312 aa  275  6e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.36 
 
 		 343 aa  275  6e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  45.28 
 
 		 315 aa  273  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.67 
 
 		 303 aa  273  4.0000000000000004e-72  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  47.73 
 
 		 306 aa  272  6e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  50.16 
 
 		 351 aa  272  7e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  46.71 
 
 		 316 aa  270  2e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  51.68 
 
 		 334 aa  270  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  45.07 
 
 		 306 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  52.13 
 
 		 426 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.5 
 
 		 337 aa  269  5e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  47.24 
 
 		 482 aa  268  8e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  48.89 
 
 		 334 aa  268  8.999999999999999e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  48.85 
 
 		 331 aa  268  1e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  49.21 
 
 		 336 aa  267  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.47 
 
 		 326 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.21 
 
 		 334 aa  267  2e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.87 
 
 		 347 aa  266  2.9999999999999995e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  51.1 
 
 		 324 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  47.88 
 
 		 320 aa  266  4e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  45.78 
 
 		 329 aa  266  4e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  47.52 
 
 		 320 aa  266  4e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 		 332 aa  266  5e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  48.25 
 
 		 346 aa  265  5.999999999999999e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.91 
 
 		 324 aa  265  7e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  48.85 
 
 		 322 aa  265  7e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  46.23 
 
 		 314 aa  265  7e-70  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  49.52 
 
 		 345 aa  264  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.45 
 
 		 332 aa  265  1e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  47.19 
 
 		 342 aa  262  6e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.52 
 
 		 353 aa  262  6.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.78 
 
 		 301 aa  262  6.999999999999999e-69  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.51 
 
 		 296 aa  262  6.999999999999999e-69  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.13 
 
 		 347 aa  261  1e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.68 
 
 		 296 aa  260  2e-68  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  51.27 
 
 		 334 aa  260  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  49.24 
 
 		 391 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  48.87 
 
 		 343 aa  259  3e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  48.77 
 
 		 293 aa  260  3e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.18 
 
 		 335 aa  259  4e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  48.87 
 
 		 343 aa  259  6e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  47.21 
 
 		 325 aa  258  7e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.68 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  45.21 
 
 		 352 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.23 
 
 		 308 aa  257  2e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  46.56 
 
 		 300 aa  257  2e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  45.21 
 
 		 352 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  45.13 
 
 		 303 aa  256  4e-67  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  48.43 
 
 		 351 aa  255  7e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1978  pseudouridine synthase, RluA family  48.23 
 
 		 353 aa  255  7e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.11099  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.43 
 
 		 326 aa  255  9e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.06 
 
 		 326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.48 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  45.48 
 
 		 341 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>