More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Synpcc7942_1112 on replicon NC_007604
Organism: Synechococcus elongatus PCC 7942



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 
313 aa  628  1e-179  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.38 
 
 
312 aa  388  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  61.9 
 
 
306 aa  386  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  63.37 
 
 
313 aa  384  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.75 
 
 
316 aa  369  1e-101  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  59.6 
 
 
329 aa  364  1e-99  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  59.81 
 
 
318 aa  362  5.0000000000000005e-99  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  59.81 
 
 
318 aa  362  5.0000000000000005e-99  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  53.85 
 
 
324 aa  306  3e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  54.05 
 
 
326 aa  305  9.000000000000001e-82  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.03 
 
 
333 aa  303  3.0000000000000004e-81  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  53.38 
 
 
326 aa  302  5.000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  53.85 
 
 
339 aa  301  9e-81  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  50.5 
 
 
319 aa  301  1e-80  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  50.16 
 
 
319 aa  300  1e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  50 
 
 
320 aa  297  1e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  50.17 
 
 
319 aa  296  3e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  50.8 
 
 
331 aa  286  2e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  53.47 
 
 
309 aa  285  8e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.37 
 
 
301 aa  281  1e-74  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  49.02 
 
 
304 aa  278  8e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  50.85 
 
 
327 aa  276  3e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  45.92 
 
 
304 aa  274  2.0000000000000002e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  46.1 
 
 
305 aa  273  3e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.88 
 
 
303 aa  272  4.0000000000000004e-72  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  49.49 
 
 
304 aa  270  2e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  46.6 
 
 
302 aa  266  2e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  45.45 
 
 
302 aa  267  2e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.26 
 
 
302 aa  264  1e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  46.1 
 
 
305 aa  264  1e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.13 
 
 
302 aa  264  1e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  48.97 
 
 
306 aa  264  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.13 
 
 
302 aa  263  2e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  45.13 
 
 
302 aa  263  2e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.13 
 
 
302 aa  263  2e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.13 
 
 
302 aa  263  3e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  44.81 
 
 
302 aa  263  3e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  44.92 
 
 
313 aa  263  3e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.58 
 
 
343 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  44.81 
 
 
302 aa  262  6e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.48 
 
 
302 aa  260  2e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  45.54 
 
 
305 aa  259  3e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  47.88 
 
 
322 aa  259  4e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  45.12 
 
 
303 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  47.94 
 
 
334 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.22 
 
 
303 aa  257  2e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.33 
 
 
306 aa  256  4e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  47.44 
 
 
323 aa  256  4e-67  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  46.97 
 
 
341 aa  256  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  48.68 
 
 
332 aa  255  8e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  48.51 
 
 
320 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  45.76 
 
 
341 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  45.81 
 
 
391 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.31 
 
 
304 aa  251  1e-65  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.03 
 
 
296 aa  249  3e-65  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.51 
 
 
334 aa  249  3e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.51 
 
 
347 aa  249  4e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  49.1 
 
 
334 aa  249  5e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  43.77 
 
 
342 aa  248  9e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  43.87 
 
 
334 aa  248  1e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.82 
 
 
296 aa  248  1e-64  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  46.35 
 
 
324 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.56 
 
 
308 aa  246  3e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.08 
 
 
343 aa  246  3e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  45.42 
 
 
315 aa  246  4e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  46.35 
 
 
426 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  42.48 
 
 
306 aa  245  8e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  42.16 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  46.56 
 
 
351 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  46.65 
 
 
346 aa  244  1.9999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  45.22 
 
 
326 aa  243  3e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.95 
 
 
332 aa  243  3e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  42.58 
 
 
304 aa  242  6e-63  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  45.06 
 
 
337 aa  242  7e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.43 
 
 
305 aa  241  7.999999999999999e-63  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  43.49 
 
 
377 aa  241  1e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.25 
 
 
319 aa  241  1e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  44.62 
 
 
326 aa  241  1e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.28 
 
 
312 aa  241  1e-62  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.62 
 
 
326 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.34 
 
 
322 aa  241  2e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  46.03 
 
 
345 aa  240  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  46.49 
 
 
310 aa  241  2e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  45.9 
 
 
349 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.85 
 
 
321 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  48.11 
 
 
342 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  44.95 
 
 
344 aa  239  4e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  44.21 
 
 
349 aa  239  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.21 
 
 
349 aa  239  5e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  44.37 
 
 
319 aa  238  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  38.74 
 
 
305 aa  238  1e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  44.37 
 
 
319 aa  238  1e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  41.1 
 
 
311 aa  237  2e-61  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  47.96 
 
 
319 aa  237  2e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  44.3 
 
 
323 aa  237  2e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  41.51 
 
 
336 aa  236  3e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  45.45 
 
 
325 aa  235  6e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  44.16 
 
 
351 aa  234  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  41.5 
 
 
306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  45.06 
 
 
343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>