More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_6848 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 336 aa  653    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  87.65 
 
 		 337 aa  566  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  72.31 
 
 		 343 aa  444  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  72.31 
 
 		 345 aa  443  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  72.31 
 
 		 343 aa  443  1e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  71.79 
 
 		 334 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.71 
 
 		 326 aa  353  2e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.99 
 
 		 347 aa  348  1e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.37 
 
 		 334 aa  347  2e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  56.7 
 
 		 334 aa  342  4e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  54.49 
 
 		 482 aa  338  9e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  59.15 
 
 		 334 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  53.18 
 
 		 336 aa  333  3e-90  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  56.73 
 
 		 377 aa  332  6e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  60.44 
 
 		 426 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  59.74 
 
 		 324 aa  330  3e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.5 
 
 		 343 aa  324  1e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  56.66 
 
 		 351 aa  323  2e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  56.64 
 
 		 391 aa  322  5e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  58.69 
 
 		 346 aa  320  1.9999999999999998e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  53.8 
 
 		 341 aa  316  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  59.75 
 
 		 342 aa  315  6e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  53.48 
 
 		 341 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  51.37 
 
 		 342 aa  305  6e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.45 
 
 		 343 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.94 
 
 		 321 aa  301  1e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  52.7 
 
 		 343 aa  300  2e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  62.2 
 
 		 264 aa  301  2e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  54.13 
 
 		 376 aa  293  4e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  56.59 
 
 		 332 aa  291  8e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.29 
 
 		 332 aa  288  1e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.85 
 
 		 335 aa  288  1e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  52.4 
 
 		 322 aa  287  2e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.9 
 
 		 337 aa  287  2e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  54.82 
 
 		 349 aa  286  5e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.52 
 
 		 349 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  54.17 
 
 		 351 aa  280  3e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  52.32 
 
 		 349 aa  276  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.18 
 
 		 310 aa  273  4.0000000000000004e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  52.75 
 
 		 322 aa  272  5.000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  49.21 
 
 		 326 aa  267  2e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.27 
 
 		 347 aa  266  4e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.79 
 
 		 322 aa  263  2e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.37 
 
 		 319 aa  263  4e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  50.15 
 
 		 341 aa  256  5e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  47.17 
 
 		 319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  47.17 
 
 		 319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  45.45 
 
 		 315 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  47.42 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  47.74 
 
 		 304 aa  250  3e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  45.6 
 
 		 313 aa  250  3e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  47.74 
 
 		 306 aa  249  3e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  45.71 
 
 		 320 aa  249  4e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.3 
 
 		 332 aa  249  4e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  44.84 
 
 		 302 aa  249  6e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.69 
 
 		 402 aa  248  9e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  47.19 
 
 		 323 aa  247  2e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  49.19 
 
 		 331 aa  246  4e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  47.26 
 
 		 402 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  47.26 
 
 		 402 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  46.55 
 
 		 360 aa  246  6e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  47.11 
 
 		 400 aa  245  6e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  46.77 
 
 		 407 aa  245  9e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  46.77 
 
 		 405 aa  245  9e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  45.81 
 
 		 304 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  46.13 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  44.67 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.67 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  43.03 
 
 		 313 aa  243  3e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.67 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  44.67 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.67 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.67 
 
 		 302 aa  242  7.999999999999999e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  43.67 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  44.33 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.38 
 
 		 391 aa  240  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.77 
 
 		 313 aa  239  5.999999999999999e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  45.71 
 
 		 326 aa  238  8e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  46.42 
 
 		 431 aa  238  8e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.81 
 
 		 337 aa  238  1e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.99 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.79 
 
 		 438 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.52 
 
 		 302 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.63 
 
 		 303 aa  234  2.0000000000000002e-60  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.38 
 
 		 395 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.38 
 
 		 395 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  47.38 
 
 		 389 aa  232  6e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  47.38 
 
 		 395 aa  232  6e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.07 
 
 		 303 aa  232  6e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  47.38 
 
 		 389 aa  232  6e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  47.38 
 
 		 389 aa  232  6e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  47.38 
 
 		 389 aa  232  6e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  48.56 
 
 		 309 aa  232  7.000000000000001e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  46.46 
 
 		 370 aa  232  8.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  46.46 
 
 		 370 aa  231  9e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.44 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  47.38 
 
 		 358 aa  231  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  42.2 
 
 		 329 aa  231  2e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0967  RluA family pseudouridine synthase  45.23 
 
 		 436 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  43.55 
 
 		 305 aa  231  2e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>