More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2610 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 347 aa  680    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  66.67 
 
 		 349 aa  428  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  67.46 
 
 		 349 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.38 
 
 		 349 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.14 
 
 		 337 aa  413  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.43 
 
 		 310 aa  362  6e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  59.82 
 
 		 341 aa  350  3e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  52.14 
 
 		 343 aa  293  3e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  51.85 
 
 		 343 aa  291  8e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  53.17 
 
 		 345 aa  288  7e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  53.96 
 
 		 334 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  49.06 
 
 		 377 aa  283  2.0000000000000002e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  48.88 
 
 		 482 aa  283  3.0000000000000004e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  52.55 
 
 		 336 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  52.57 
 
 		 337 aa  281  1e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  48.64 
 
 		 315 aa  279  4e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.15 
 
 		 343 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  50 
 
 		 326 aa  273  5.000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  45.76 
 
 		 336 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  50.78 
 
 		 346 aa  267  2e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  49.85 
 
 		 332 aa  265  1e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.23 
 
 		 332 aa  263  3e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.85 
 
 		 326 aa  263  4e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52 
 
 		 321 aa  262  6e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  52.58 
 
 		 342 aa  262  6.999999999999999e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  47.93 
 
 		 342 aa  260  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  47.02 
 
 		 319 aa  259  5.0000000000000005e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  47.02 
 
 		 319 aa  259  7e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  47.85 
 
 		 322 aa  257  2e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  47.84 
 
 		 320 aa  255  9e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.84 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.69 
 
 		 322 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 		 351 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.89 
 
 		 335 aa  252  7e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  46.97 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  47.65 
 
 		 343 aa  251  1e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  48.34 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.97 
 
 		 347 aa  250  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  45.83 
 
 		 341 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.53 
 
 		 319 aa  250  2e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.72 
 
 		 303 aa  250  2e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.97 
 
 		 334 aa  251  2e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  46.46 
 
 		 323 aa  250  2e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  49.09 
 
 		 376 aa  251  2e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  44.71 
 
 		 306 aa  251  2e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  44.71 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  43.29 
 
 		 313 aa  249  4e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  49.41 
 
 		 391 aa  248  8e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  44.75 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  47.43 
 
 		 324 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.31 
 
 		 343 aa  246  4e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  48.35 
 
 		 426 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  44.91 
 
 		 341 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.64 
 
 		 332 aa  238  9e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  45.85 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.77 
 
 		 296 aa  236  6e-61  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  46.97 
 
 		 326 aa  235  7e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.25 
 
 		 303 aa  235  1.0000000000000001e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  45.08 
 
 		 302 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.88 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.46 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  41.95 
 
 		 318 aa  233  3e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  45.61 
 
 		 351 aa  233  4.0000000000000004e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.94 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  47.79 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  48.68 
 
 		 334 aa  231  1e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.79 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.01 
 
 		 296 aa  231  2e-59  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  47.79 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  47.79 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  41.67 
 
 		 318 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  43.16 
 
 		 302 aa  230  3e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.82 
 
 		 302 aa  230  3e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  47.43 
 
 		 302 aa  229  7e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  43.03 
 
 		 352 aa  228  1e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  47.43 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.83 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  40.95 
 
 		 306 aa  227  3e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  40.3 
 
 		 305 aa  227  3e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  47.76 
 
 		 309 aa  226  5.0000000000000005e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  44.65 
 
 		 306 aa  226  6e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  43.83 
 
 		 304 aa  225  7e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.68 
 
 		 356 aa  225  7e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  44.38 
 
 		 305 aa  225  1e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.11 
 
 		 324 aa  224  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.3 
 
 		 302 aa  224  3e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.41 
 
 		 348 aa  223  4e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  42.99 
 
 		 343 aa  222  7e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  43.83 
 
 		 323 aa  222  7e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  44.82 
 
 		 322 aa  222  8e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  41.59 
 
 		 348 aa  221  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  45.68 
 
 		 340 aa  221  9.999999999999999e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.07 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  48.17 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  42.11 
 
 		 339 aa  220  1.9999999999999999e-56  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  40.74 
 
 		 304 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  39.21 
 
 		 319 aa  220  3.9999999999999997e-56  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  41.61 
 
 		 347 aa  219  3.9999999999999997e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  45.23 
 
 		 319 aa  219  6e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.06 
 
 		 325 aa  219  6e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>