More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9902_2141 on replicon NC_007513
Organism: Synechococcus sp. CC9902



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  100 
 
 
339 aa  691    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  89.57 
 
 
333 aa  612  9.999999999999999e-175  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  80.82 
 
 
324 aa  544  1e-154  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  72.19 
 
 
326 aa  494  1e-139  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  72.1 
 
 
326 aa  494  9.999999999999999e-139  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  70.42 
 
 
319 aa  474  1e-133  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  69.77 
 
 
319 aa  469  1.0000000000000001e-131  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  73.58 
 
 
327 aa  462  1e-129  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  68.05 
 
 
320 aa  463  1e-129  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  69.13 
 
 
319 aa  463  1e-129  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  55.56 
 
 
313 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  52.88 
 
 
306 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.68 
 
 
312 aa  301  1e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.85 
 
 
313 aa  301  1e-80  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  50.51 
 
 
329 aa  288  1e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  53.15 
 
 
309 aa  283  4.0000000000000003e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  52.53 
 
 
318 aa  281  1e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  52.53 
 
 
318 aa  280  3e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  47.42 
 
 
302 aa  276  3e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.42 
 
 
302 aa  276  4e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  47.42 
 
 
302 aa  276  4e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  47.42 
 
 
302 aa  276  4e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  47.42 
 
 
302 aa  275  7e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.42 
 
 
302 aa  275  8e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  47.08 
 
 
302 aa  275  8e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  50.18 
 
 
323 aa  275  1.0000000000000001e-72  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  50.69 
 
 
306 aa  274  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  49.32 
 
 
305 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.83 
 
 
316 aa  274  1.0000000000000001e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  47.08 
 
 
302 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  46.74 
 
 
302 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  47.42 
 
 
302 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.74 
 
 
302 aa  271  1e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  47.33 
 
 
331 aa  269  4e-71  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  49.14 
 
 
304 aa  269  5e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  48.81 
 
 
304 aa  269  5e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  49.82 
 
 
334 aa  268  1e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  47.6 
 
 
305 aa  265  5.999999999999999e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.1 
 
 
303 aa  265  8e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  46.92 
 
 
304 aa  260  2e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.36 
 
 
303 aa  260  3e-68  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.99 
 
 
306 aa  260  3e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  43.38 
 
 
326 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  44.7 
 
 
344 aa  251  1e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  47.74 
 
 
306 aa  249  6e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  46.71 
 
 
325 aa  248  9e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.7 
 
 
296 aa  246  3e-64  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  45.89 
 
 
305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  47.04 
 
 
306 aa  246  6e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.34 
 
 
301 aa  242  6e-63  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.03 
 
 
300 aa  241  1e-62  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  48.25 
 
 
310 aa  241  1e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  43.77 
 
 
316 aa  241  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  43.09 
 
 
320 aa  241  1e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  43.38 
 
 
315 aa  241  1e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  43.3 
 
 
304 aa  240  2.9999999999999997e-62  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.69 
 
 
296 aa  238  6.999999999999999e-62  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.2 
 
 
305 aa  238  1e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  43.24 
 
 
300 aa  238  1e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  46.53 
 
 
319 aa  238  1e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.59 
 
 
335 aa  238  1e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.7 
 
 
304 aa  238  1e-61  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  44.03 
 
 
302 aa  237  2e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  44.2 
 
 
315 aa  236  3e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.18 
 
 
313 aa  236  3e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.18 
 
 
308 aa  233  2.0000000000000002e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.12 
 
 
332 aa  233  3e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  46.03 
 
 
327 aa  232  7.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  45.85 
 
 
400 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  46.23 
 
 
346 aa  232  8.000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  46 
 
 
332 aa  231  1e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.11 
 
 
334 aa  231  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  43 
 
 
326 aa  231  1e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  38.1 
 
 
352 aa  231  1e-59  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  46.51 
 
 
313 aa  231  1e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  45.31 
 
 
323 aa  231  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.11 
 
 
347 aa  231  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  43.62 
 
 
313 aa  231  2e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  41.1 
 
 
303 aa  231  2e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.9 
 
 
337 aa  230  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  45.33 
 
 
327 aa  230  3e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.85 
 
 
402 aa  229  4e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  46 
 
 
318 aa  229  4e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.91 
 
 
300 aa  229  5e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  42.32 
 
 
376 aa  229  5e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  41.78 
 
 
305 aa  229  6e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  41.78 
 
 
305 aa  229  6e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  45.18 
 
 
405 aa  229  6e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  45.18 
 
 
407 aa  229  6e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  43.34 
 
 
323 aa  228  8e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  43.41 
 
 
323 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  44.85 
 
 
322 aa  228  1e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.69 
 
 
318 aa  228  1e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.44 
 
 
349 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  41.94 
 
 
348 aa  228  1e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  45.7 
 
 
320 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  45.74 
 
 
342 aa  227  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  42.72 
 
 
336 aa  227  2e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  44.7 
 
 
320 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  45.51 
 
 
402 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>