More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1111 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 343 aa  694    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  51.81 
 
 		 377 aa  330  2e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  51.68 
 
 		 482 aa  308  1.0000000000000001e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  53.87 
 
 		 332 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  52.29 
 
 		 322 aa  305  5.0000000000000004e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  53.95 
 
 		 345 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.02 
 
 		 343 aa  303  4.0000000000000003e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  55.45 
 
 		 336 aa  301  1e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  54.61 
 
 		 343 aa  299  5e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  55.13 
 
 		 337 aa  299  5e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 		 334 aa  299  6e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 		 347 aa  298  7e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  54.61 
 
 		 343 aa  298  8e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  55.52 
 
 		 376 aa  297  1e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.31 
 
 		 321 aa  296  3e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  49.4 
 
 		 334 aa  296  3e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  50.32 
 
 		 341 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  51.22 
 
 		 342 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  54.55 
 
 		 351 aa  285  5.999999999999999e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 		 341 aa  285  7e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  51.94 
 
 		 346 aa  284  1.0000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  53.82 
 
 		 334 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  51.43 
 
 		 343 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  51.12 
 
 		 334 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  50.8 
 
 		 324 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  50.94 
 
 		 426 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.8 
 
 		 326 aa  280  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  45.85 
 
 		 336 aa  278  7e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  48.9 
 
 		 342 aa  278  8e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  49.08 
 
 		 391 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  49.08 
 
 		 351 aa  277  2e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  51.82 
 
 		 326 aa  276  3e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.09 
 
 		 335 aa  275  9e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53 
 
 		 332 aa  273  2.0000000000000002e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.7 
 
 		 332 aa  273  2.0000000000000002e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  52.68 
 
 		 306 aa  272  5.000000000000001e-72  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.5 
 
 		 306 aa  272  7e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  51.46 
 
 		 319 aa  271  1e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  47.25 
 
 		 313 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  52.01 
 
 		 306 aa  271  1e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  47.7 
 
 		 311 aa  270  2e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  48.69 
 
 		 315 aa  270  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  48.03 
 
 		 311 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  51.13 
 
 		 319 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.9 
 
 		 322 aa  269  5e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  45.42 
 
 		 313 aa  268  8e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.31 
 
 		 349 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  50.16 
 
 		 309 aa  267  2e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  51.45 
 
 		 326 aa  266  4e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  48.31 
 
 		 349 aa  265  7e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.59 
 
 		 303 aa  263  3e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.62 
 
 		 319 aa  263  3e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  48.99 
 
 		 320 aa  263  4e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  44.52 
 
 		 304 aa  263  4.999999999999999e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  48.56 
 
 		 331 aa  263  4.999999999999999e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.58 
 
 		 313 aa  262  6e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.27 
 
 		 308 aa  262  6.999999999999999e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  49.32 
 
 		 323 aa  261  1e-68  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  48.86 
 
 		 310 aa  259  5.0000000000000005e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.29 
 
 		 323 aa  257  2e-67  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.61 
 
 		 312 aa  257  2e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  46.92 
 
 		 305 aa  257  2e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  48.26 
 
 		 349 aa  256  4e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  46.3 
 
 		 304 aa  255  8e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  47.47 
 
 		 305 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.15 
 
 		 310 aa  254  2.0000000000000002e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  47.64 
 
 		 322 aa  252  6e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  54.76 
 
 		 264 aa  251  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  47.7 
 
 		 304 aa  249  3e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  49.18 
 
 		 327 aa  249  4e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  46.69 
 
 		 306 aa  249  6e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  47.75 
 
 		 334 aa  248  9e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  48.47 
 
 		 341 aa  248  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  47.4 
 
 		 305 aa  247  2e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.25 
 
 		 337 aa  247  3e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  44.55 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  43.41 
 
 		 303 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.85 
 
 		 303 aa  243  3e-63  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  43.58 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  43.71 
 
 		 420 aa  243  3.9999999999999997e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  42.99 
 
 		 348 aa  243  5e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.47 
 
 		 348 aa  242  7e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.93 
 
 		 300 aa  242  7.999999999999999e-63  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.73 
 
 		 337 aa  242  7.999999999999999e-63  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  44.26 
 
 		 314 aa  241  9e-63  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  40.98 
 
 		 311 aa  241  1e-62  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  43.56 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.56 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.37 
 
 		 438 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  45.59 
 
 		 355 aa  241  2e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.23 
 
 		 302 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.23 
 
 		 302 aa  239  4e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  43.23 
 
 		 302 aa  239  4e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  41.02 
 
 		 343 aa  239  4e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.23 
 
 		 302 aa  239  4e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.81 
 
 		 356 aa  239  5e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.23 
 
 		 302 aa  239  5.999999999999999e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.52 
 
 		 302 aa  238  8e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.04 
 
 		 347 aa  238  8e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>