More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_3343 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  93.24 
 
 		 341 aa  657    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 341 aa  697    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  74.12 
 
 		 343 aa  517  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  71.47 
 
 		 342 aa  514  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.45 
 
 		 347 aa  438  9.999999999999999e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.45 
 
 		 334 aa  438  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.16 
 
 		 343 aa  431  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  63.33 
 
 		 334 aa  426  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  57.23 
 
 		 336 aa  395  1e-109  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.19 
 
 		 326 aa  347  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  56.57 
 
 		 334 aa  340  2e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  54.63 
 
 		 345 aa  335  1e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  55.66 
 
 		 426 aa  332  8e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  52.03 
 
 		 377 aa  329  4e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  55.7 
 
 		 343 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  55.7 
 
 		 343 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  52.01 
 
 		 391 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  56.52 
 
 		 334 aa  323  4e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  53.99 
 
 		 324 aa  322  6e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.27 
 
 		 335 aa  321  9.999999999999999e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  54.15 
 
 		 337 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  49.13 
 
 		 482 aa  317  3e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  52.52 
 
 		 351 aa  317  3e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  55.56 
 
 		 342 aa  312  3.9999999999999997e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  53.48 
 
 		 336 aa  311  6.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  51.08 
 
 		 346 aa  306  3e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  58.75 
 
 		 264 aa  297  2e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 		 343 aa  285  5e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.66 
 
 		 337 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.31 
 
 		 321 aa  277  2e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.65 
 
 		 303 aa  276  4e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  47.14 
 
 		 349 aa  273  3e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  47.73 
 
 		 305 aa  273  3e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.86 
 
 		 349 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  48.62 
 
 		 323 aa  272  7e-72  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  45.62 
 
 		 313 aa  271  2e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  47.88 
 
 		 306 aa  270  2.9999999999999997e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  47.98 
 
 		 322 aa  269  7e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  49.69 
 
 		 309 aa  268  8e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  47.27 
 
 		 306 aa  267  2e-70  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  45.6 
 
 		 313 aa  267  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  47.78 
 
 		 315 aa  267  2e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  49.54 
 
 		 351 aa  266  2.9999999999999995e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  47.52 
 
 		 334 aa  266  4e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  47.22 
 
 		 306 aa  266  4e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  45.31 
 
 		 304 aa  266  5e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  47.51 
 
 		 349 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  44.68 
 
 		 302 aa  262  4.999999999999999e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.94 
 
 		 332 aa  260  2e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  46.54 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  47.22 
 
 		 304 aa  258  1e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  46.57 
 
 		 376 aa  258  1e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.38 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.38 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  44.38 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.38 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.48 
 
 		 303 aa  256  3e-67  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.38 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  44.07 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  44.94 
 
 		 318 aa  256  4e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.58 
 
 		 312 aa  256  4e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.58 
 
 		 310 aa  256  4e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  44.54 
 
 		 332 aa  256  5e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.97 
 
 		 313 aa  256  5e-67  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.07 
 
 		 302 aa  255  7e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  44.07 
 
 		 302 aa  255  8e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  43.4 
 
 		 329 aa  254  1.0000000000000001e-66  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.81 
 
 		 325 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  44.27 
 
 		 305 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.5 
 
 		 306 aa  253  4.0000000000000004e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  45.66 
 
 		 341 aa  253  4.0000000000000004e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  44.91 
 
 		 318 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.28 
 
 		 302 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  47.55 
 
 		 325 aa  252  6e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.28 
 
 		 316 aa  252  6e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  44.38 
 
 		 320 aa  251  2e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  45.17 
 
 		 326 aa  251  2e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  45.34 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  46.88 
 
 		 325 aa  249  4e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  46.13 
 
 		 304 aa  249  4e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  44.71 
 
 		 311 aa  248  8e-65  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.11 
 
 		 319 aa  248  1e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.96 
 
 		 301 aa  248  1e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  42.28 
 
 		 300 aa  248  1e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  46.44 
 
 		 326 aa  247  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  44.41 
 
 		 311 aa  245  9e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.04 
 
 		 350 aa  245  9e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.23 
 
 		 322 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.39 
 
 		 332 aa  244  1.9999999999999999e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  42.17 
 
 		 341 aa  243  3.9999999999999997e-63  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  45.4 
 
 		 323 aa  242  6e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.3 
 
 		 348 aa  241  9e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  46.23 
 
 		 352 aa  241  1e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.12 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  41.3 
 
 		 352 aa  241  2e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.59 
 
 		 325 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  42.37 
 
 		 305 aa  240  2.9999999999999997e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  39.81 
 
 		 347 aa  239  4e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  43.22 
 
 		 314 aa  239  4e-62  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  48.58 
 
 		 327 aa  239  4e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>