More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2215 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 341 aa  666    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  68.66 
 
 		 349 aa  433  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  71.08 
 
 		 349 aa  431  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.06 
 
 		 349 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.77 
 
 		 337 aa  394  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.82 
 
 		 347 aa  342  5.999999999999999e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.06 
 
 		 310 aa  341  1e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  54.49 
 
 		 351 aa  290  2e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  48.2 
 
 		 377 aa  271  9e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  45.95 
 
 		 336 aa  271  1e-71  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.14 
 
 		 334 aa  270  2e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.14 
 
 		 347 aa  270  2.9999999999999997e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  47.7 
 
 		 334 aa  269  5.9999999999999995e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  50.61 
 
 		 376 aa  268  7e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.7 
 
 		 343 aa  265  5.999999999999999e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  49.26 
 
 		 342 aa  265  8e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.82 
 
 		 306 aa  265  8.999999999999999e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  50.15 
 
 		 336 aa  264  2e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.25 
 
 		 303 aa  263  4e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 		 345 aa  262  6e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  50.89 
 
 		 346 aa  260  2e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  48.16 
 
 		 304 aa  260  2e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  45.66 
 
 		 341 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.65 
 
 		 335 aa  260  3e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  48.67 
 
 		 343 aa  259  3e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  49.7 
 
 		 337 aa  259  4e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  48.67 
 
 		 343 aa  259  6e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.16 
 
 		 343 aa  258  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  49.1 
 
 		 334 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  51.94 
 
 		 342 aa  258  1e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  47.31 
 
 		 322 aa  256  3e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  47.31 
 
 		 304 aa  256  4e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.6 
 
 		 332 aa  256  5e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  50.46 
 
 		 334 aa  256  5e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  47.68 
 
 		 326 aa  255  9e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  45.38 
 
 		 341 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.81 
 
 		 326 aa  253  5.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  46.85 
 
 		 306 aa  251  1e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  47.56 
 
 		 315 aa  251  1e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 		 321 aa  251  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  46.7 
 
 		 343 aa  250  3e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.55 
 
 		 322 aa  249  5e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  44.57 
 
 		 302 aa  248  1e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  43.95 
 
 		 306 aa  248  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  46.67 
 
 		 326 aa  247  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  44.82 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  48.32 
 
 		 391 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  46.18 
 
 		 319 aa  247  3e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.99 
 
 		 332 aa  247  3e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  52.9 
 
 		 319 aa  246  4e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  43.7 
 
 		 302 aa  245  8e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.7 
 
 		 302 aa  245  8e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  45.93 
 
 		 482 aa  245  9e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.7 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  43.7 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  46.8 
 
 		 426 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.7 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.7 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  43.4 
 
 		 302 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  41.23 
 
 		 304 aa  243  5e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  47.27 
 
 		 332 aa  242  5e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  45.26 
 
 		 334 aa  242  9e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.48 
 
 		 302 aa  241  9e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.57 
 
 		 319 aa  241  1e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.11 
 
 		 302 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  44.68 
 
 		 313 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  47.29 
 
 		 324 aa  239  5e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  46.65 
 
 		 322 aa  238  9e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.93 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  44.31 
 
 		 320 aa  236  4e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  44.48 
 
 		 306 aa  235  9e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  44.48 
 
 		 306 aa  235  9e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  41.46 
 
 		 305 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  44.23 
 
 		 351 aa  233  3e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.86 
 
 		 312 aa  233  5e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.66 
 
 		 303 aa  233  5e-60  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.32 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  44.38 
 
 		 323 aa  231  2e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  48.52 
 
 		 327 aa  230  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  40.42 
 
 		 313 aa  230  2e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  43.37 
 
 		 305 aa  229  4e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  42.17 
 
 		 329 aa  228  1e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  47.15 
 
 		 319 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.03 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  42.18 
 
 		 305 aa  225  8e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  42.18 
 
 		 305 aa  225  8e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.82 
 
 		 296 aa  225  8e-58  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  39.16 
 
 		 303 aa  225  1e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  45.68 
 
 		 331 aa  224  2e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  44.68 
 
 		 318 aa  224  2e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.26 
 
 		 325 aa  224  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  45.12 
 
 		 318 aa  223  3e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  49.63 
 
 		 264 aa  223  3e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  46.65 
 
 		 309 aa  223  4.9999999999999996e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  44.82 
 
 		 318 aa  222  6e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.7 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.9 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.58 
 
 		 356 aa  221  1.9999999999999999e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.43 
 
 		 304 aa  220  1.9999999999999999e-56  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  40.24 
 
 		 352 aa  219  3.9999999999999997e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>