More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Adeg_1604 on replicon NC_013385
Organism: Ammonifex degensii KC4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 331 aa  658    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  62.25 
 
 		 309 aa  366  1e-100  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  61.38 
 
 		 305 aa  361  8e-99  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  58.39 
 
 		 305 aa  358  8e-98  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  59.66 
 
 		 306 aa  352  7e-96  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  59.6 
 
 		 304 aa  340  2e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.76 
 
 		 301 aa  338  5e-92  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  54.64 
 
 		 302 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.26 
 
 		 306 aa  335  5.999999999999999e-91  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  54.3 
 
 		 302 aa  333  3e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  57.34 
 
 		 302 aa  332  4e-90  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  53.97 
 
 		 302 aa  331  1e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.97 
 
 		 302 aa  331  1e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  53.97 
 
 		 302 aa  331  1e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.97 
 
 		 302 aa  331  1e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  53.97 
 
 		 302 aa  331  1e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  56.64 
 
 		 302 aa  330  1e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  53.64 
 
 		 302 aa  329  3e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  57.33 
 
 		 304 aa  329  4e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  53.64 
 
 		 302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  52.51 
 
 		 305 aa  327  2.0000000000000001e-88  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  58.13 
 
 		 334 aa  325  8.000000000000001e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.08 
 
 		 296 aa  320  1.9999999999999998e-86  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  52.3 
 
 		 304 aa  318  1e-85  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  52.36 
 
 		 306 aa  316  4e-85  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.39 
 
 		 296 aa  315  5e-85  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  52.03 
 
 		 306 aa  315  8e-85  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  52.33 
 
 		 303 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.01 
 
 		 305 aa  308  8e-83  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.54 
 
 		 303 aa  306  2.0000000000000002e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.05 
 
 		 303 aa  307  2.0000000000000002e-82  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  49.04 
 
 		 313 aa  306  4.0000000000000004e-82  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  56.08 
 
 		 310 aa  305  6e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  52.92 
 
 		 300 aa  298  6e-80  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.8 
 
 		 304 aa  296  4e-79  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.07 
 
 		 300 aa  293  3e-78  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 		 305 aa  293  3e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 		 305 aa  293  3e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 		 306 aa  291  8e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  51.7 
 
 		 304 aa  291  9e-78  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  50.17 
 
 		 306 aa  290  3e-77  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  51.67 
 
 		 323 aa  289  4e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  52.41 
 
 		 302 aa  289  6e-77  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  53.49 
 
 		 313 aa  287  2e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.8 
 
 		 313 aa  286  2.9999999999999996e-76  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  51.96 
 
 		 316 aa  286  4e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  51.52 
 
 		 311 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.32 
 
 		 308 aa  285  1.0000000000000001e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.57 
 
 		 300 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.49 
 
 		 312 aa  283  2.0000000000000002e-75  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  51.18 
 
 		 311 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  50.33 
 
 		 314 aa  280  2e-74  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.33 
 
 		 312 aa  280  2e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  51.64 
 
 		 319 aa  280  2e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  51.32 
 
 		 319 aa  280  2e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  52.27 
 
 		 319 aa  280  2e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  52.22 
 
 		 323 aa  280  2e-74  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  52.33 
 
 		 320 aa  279  5e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  50.31 
 
 		 324 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  49.01 
 
 		 315 aa  275  9e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  45.61 
 
 		 305 aa  274  1.0000000000000001e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.46 
 
 		 319 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  48.82 
 
 		 377 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  50.62 
 
 		 334 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  47.84 
 
 		 328 aa  271  2e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  47.15 
 
 		 351 aa  270  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  47.33 
 
 		 339 aa  269  4e-71  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.71 
 
 		 347 aa  268  1e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  48.85 
 
 		 326 aa  268  1e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.71 
 
 		 334 aa  268  1e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  47.84 
 
 		 311 aa  267  2e-70  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  51.67 
 
 		 327 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.52 
 
 		 332 aa  266  4e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.3 
 
 		 322 aa  265  5.999999999999999e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  47.66 
 
 		 344 aa  265  7e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.64 
 
 		 333 aa  265  8e-70  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.16 
 
 		 313 aa  265  8e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  48.86 
 
 		 314 aa  265  1e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  48.14 
 
 		 324 aa  264  1e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  49.19 
 
 		 318 aa  264  1e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  49.07 
 
 		 426 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  47.4 
 
 		 334 aa  265  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  48.81 
 
 		 329 aa  263  2e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  50.94 
 
 		 334 aa  264  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  49.51 
 
 		 318 aa  263  2e-69  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.6 
 
 		 326 aa  263  3e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.56 
 
 		 343 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  51.76 
 
 		 345 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  51.12 
 
 		 337 aa  262  8e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.69 
 
 		 326 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49 
 
 		 316 aa  261  1e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  46.18 
 
 		 297 aa  261  2e-68  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.93 
 
 		 333 aa  260  2e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  45.9 
 
 		 319 aa  260  3e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  45.67 
 
 		 391 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  48.49 
 
 		 315 aa  258  7e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.3 
 
 		 326 aa  258  1e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.08 
 
 		 321 aa  258  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  46.67 
 
 		 326 aa  256  3e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  49.04 
 
 		 332 aa  256  3e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>