More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smon_1100 on replicon NC_013515
Organism: Streptobacillus moniliformis DSM 12112



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
297 aa  592  1e-168  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  58.5 
 
 
305 aa  350  2e-95  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  56.87 
 
 
303 aa  300  1e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  52.45 
 
 
300 aa  279  4e-74  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  46.18 
 
 
331 aa  275  9e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  48.85 
 
 
305 aa  263  2e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.3 
 
 
308 aa  263  4e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  45.8 
 
 
334 aa  258  7e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.53 
 
 
305 aa  258  1e-67  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  46.07 
 
 
305 aa  256  3e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.06 
 
 
301 aa  255  6e-67  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  46.23 
 
 
328 aa  253  3e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  46.01 
 
 
305 aa  252  4.0000000000000004e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  46.01 
 
 
305 aa  252  4.0000000000000004e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  44.6 
 
 
315 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  46.88 
 
 
304 aa  251  1e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  47.15 
 
 
310 aa  249  3e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  46.72 
 
 
323 aa  248  7e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.23 
 
 
303 aa  247  1e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.06 
 
 
306 aa  247  2e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  43.6 
 
 
306 aa  246  4e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  46.18 
 
 
306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  44.88 
 
 
302 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  48.15 
 
 
306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  48.68 
 
 
306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  45.73 
 
 
306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.12 
 
 
296 aa  243  3e-63  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  42.61 
 
 
323 aa  243  3e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.88 
 
 
302 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  43.69 
 
 
313 aa  242  3.9999999999999997e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  44.17 
 
 
304 aa  241  1e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  43.07 
 
 
309 aa  241  1e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.19 
 
 
296 aa  241  1e-62  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.52 
 
 
302 aa  241  2e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  44.52 
 
 
302 aa  241  2e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.52 
 
 
302 aa  240  2e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  44.52 
 
 
302 aa  241  2e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.88 
 
 
302 aa  240  2e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.52 
 
 
302 aa  241  2e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.25 
 
 
300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.52 
 
 
302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  46.24 
 
 
302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  44.29 
 
 
304 aa  239  2.9999999999999997e-62  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  44.17 
 
 
302 aa  238  8e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  42.09 
 
 
320 aa  238  1e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  44.37 
 
 
314 aa  238  1e-61  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  48.46 
 
 
311 aa  236  2e-61  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.99 
 
 
300 aa  236  4e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.06 
 
 
326 aa  236  5.0000000000000005e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.41 
 
 
303 aa  235  6e-61  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  44.13 
 
 
319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.06 
 
 
326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  43.37 
 
 
304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  41.9 
 
 
302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  38.46 
 
 
344 aa  233  2.0000000000000002e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.61 
 
 
312 aa  233  3e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  44.13 
 
 
319 aa  232  5e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  40.75 
 
 
326 aa  231  1e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  42.41 
 
 
329 aa  231  1e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  44.36 
 
 
305 aa  231  1e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.1 
 
 
312 aa  230  2e-59  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  43.57 
 
 
313 aa  228  9e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.54 
 
 
333 aa  228  1e-58  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  41.07 
 
 
326 aa  227  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.67 
 
 
332 aa  226  3e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  41.81 
 
 
311 aa  225  7e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  41.91 
 
 
347 aa  225  7e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.44 
 
 
350 aa  225  8e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  41.81 
 
 
311 aa  224  9e-58  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.2 
 
 
304 aa  224  1e-57  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  40.81 
 
 
339 aa  224  2e-57  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  40.8 
 
 
346 aa  223  2e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  37.25 
 
 
316 aa  224  2e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  48.34 
 
 
308 aa  223  3e-57  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  40.79 
 
 
355 aa  223  3e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.75 
 
 
313 aa  222  4.9999999999999996e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.21 
 
 
348 aa  221  9.999999999999999e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.46 
 
 
343 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  41.8 
 
 
354 aa  220  3e-56  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.07 
 
 
322 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.44 
 
 
324 aa  219  5e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  39.56 
 
 
391 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.86 
 
 
316 aa  219  6e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  41.37 
 
 
346 aa  219  6e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.8 
 
 
322 aa  218  7e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.56 
 
 
320 aa  218  7e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.53 
 
 
319 aa  218  1e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.41 
 
 
319 aa  217  2e-55  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.07 
 
 
319 aa  217  2e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  41.58 
 
 
363 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  36.55 
 
 
315 aa  216  4e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  43.6 
 
 
319 aa  216  5e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  37.72 
 
 
320 aa  216  5e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.34 
 
 
321 aa  215  7e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  40.58 
 
 
314 aa  215  7e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  45.96 
 
 
313 aa  215  8e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  39.69 
 
 
324 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  39.78 
 
 
322 aa  213  1.9999999999999998e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  40 
 
 
354 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  41.39 
 
 
318 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>