More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0254 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
316 aa  630  1e-180  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  83.92 
 
 
315 aa  521  1e-147  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  61 
 
 
310 aa  352  5.9999999999999994e-96  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  55.78 
 
 
323 aa  341  9e-93  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.83 
 
 
300 aa  301  9e-81  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.33 
 
 
300 aa  296  3e-79  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  48.82 
 
 
302 aa  290  2e-77  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  51.96 
 
 
331 aa  286  4e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  47.33 
 
 
305 aa  285  8e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  46.91 
 
 
304 aa  279  4e-74  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.36 
 
 
303 aa  276  4e-73  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  46.8 
 
 
305 aa  275  7e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.29 
 
 
296 aa  275  9e-73  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  46.71 
 
 
326 aa  270  2e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  45.07 
 
 
302 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  45.54 
 
 
311 aa  268  5.9999999999999995e-71  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  45.21 
 
 
311 aa  268  5.9999999999999995e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.26 
 
 
296 aa  266  2.9999999999999995e-70  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  45.72 
 
 
302 aa  266  4e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.03 
 
 
306 aa  266  4e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  47.49 
 
 
304 aa  266  4e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  46.56 
 
 
304 aa  266  4e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.72 
 
 
302 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  45.39 
 
 
302 aa  265  1e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.39 
 
 
302 aa  264  1e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.39 
 
 
302 aa  264  2e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  45.39 
 
 
302 aa  264  2e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.6 
 
 
312 aa  263  2e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.39 
 
 
302 aa  264  2e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.39 
 
 
302 aa  263  3e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  46.92 
 
 
302 aa  263  3e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.19 
 
 
308 aa  262  4.999999999999999e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.28 
 
 
301 aa  261  1e-68  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  49.16 
 
 
309 aa  260  2e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  46.98 
 
 
306 aa  260  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  48.3 
 
 
334 aa  259  4e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  47.47 
 
 
313 aa  258  7e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  46.58 
 
 
305 aa  258  1e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  47.54 
 
 
313 aa  258  1e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.55 
 
 
302 aa  255  5e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  45.9 
 
 
329 aa  253  2.0000000000000002e-66  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  46.71 
 
 
306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  42.72 
 
 
306 aa  253  3e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.37 
 
 
303 aa  253  4.0000000000000004e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  44.08 
 
 
306 aa  253  4.0000000000000004e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  43.65 
 
 
303 aa  252  7e-66  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  41.37 
 
 
313 aa  251  9.000000000000001e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  43.42 
 
 
306 aa  251  1e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.52 
 
 
304 aa  251  1e-65  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  42.49 
 
 
315 aa  250  2e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  45.28 
 
 
326 aa  248  7e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  47.08 
 
 
314 aa  247  2e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.77 
 
 
305 aa  245  6e-64  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  42.96 
 
 
300 aa  245  6.999999999999999e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  47.18 
 
 
318 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.92 
 
 
312 aa  243  1.9999999999999999e-63  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.58 
 
 
324 aa  243  3e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  46.51 
 
 
318 aa  241  7.999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.18 
 
 
320 aa  241  7.999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  43.77 
 
 
339 aa  241  1e-62  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.98 
 
 
313 aa  241  1e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.67 
 
 
326 aa  239  5e-62  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  42.95 
 
 
305 aa  238  6.999999999999999e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  40.78 
 
 
314 aa  238  6.999999999999999e-62  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  42.95 
 
 
305 aa  238  6.999999999999999e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  41.02 
 
 
305 aa  238  8e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  42.05 
 
 
304 aa  238  8e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.61 
 
 
319 aa  238  9e-62  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.42 
 
 
316 aa  238  9e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  43.91 
 
 
323 aa  238  1e-61  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.61 
 
 
319 aa  238  1e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.96 
 
 
319 aa  236  3e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.77 
 
 
333 aa  235  9e-61  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.99 
 
 
326 aa  234  1.0000000000000001e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.25 
 
 
438 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  48.17 
 
 
431 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.35 
 
 
391 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  47.56 
 
 
332 aa  233  3e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  46.08 
 
 
320 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.28 
 
 
313 aa  232  5e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.33 
 
 
322 aa  232  6e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  45.77 
 
 
377 aa  232  7.000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  47.51 
 
 
313 aa  232  7.000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  41.69 
 
 
320 aa  231  1e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  47.12 
 
 
389 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.12 
 
 
395 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.12 
 
 
395 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.18 
 
 
402 aa  231  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  47.12 
 
 
389 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  46.18 
 
 
402 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  47.12 
 
 
389 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  46.18 
 
 
402 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  47.12 
 
 
395 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  47.12 
 
 
389 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  45.75 
 
 
319 aa  230  2e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  45.85 
 
 
405 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  44.85 
 
 
325 aa  230  2e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  45.85 
 
 
407 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  45.85 
 
 
360 aa  229  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  48.29 
 
 
426 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>