More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_4022 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
334 aa  682    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.77 
 
 
306 aa  365  1e-100  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  61.11 
 
 
306 aa  357  9.999999999999999e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  63.9 
 
 
304 aa  355  8.999999999999999e-97  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  60.36 
 
 
302 aa  350  1e-95  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  60.07 
 
 
305 aa  349  4e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  57.09 
 
 
305 aa  349  4e-95  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  59.27 
 
 
302 aa  343  2.9999999999999997e-93  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.64 
 
 
302 aa  342  4e-93  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  59.64 
 
 
302 aa  342  4e-93  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  59.64 
 
 
302 aa  342  4e-93  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  59.64 
 
 
302 aa  342  4e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.64 
 
 
302 aa  342  5.999999999999999e-93  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  59.64 
 
 
302 aa  342  5.999999999999999e-93  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  61.37 
 
 
304 aa  342  5.999999999999999e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  59.27 
 
 
302 aa  341  9e-93  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  59.27 
 
 
302 aa  341  1e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  59.27 
 
 
302 aa  340  2e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.48 
 
 
303 aa  338  9.999999999999999e-92  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.44 
 
 
301 aa  337  1.9999999999999998e-91  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  55.52 
 
 
305 aa  336  2.9999999999999997e-91  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  55.03 
 
 
313 aa  335  7e-91  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  58.97 
 
 
306 aa  331  1e-89  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.57 
 
 
303 aa  330  3e-89  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  58.97 
 
 
306 aa  329  3e-89  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  52.72 
 
 
304 aa  330  3e-89  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  57.59 
 
 
296 aa  326  4.0000000000000003e-88  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  58.13 
 
 
331 aa  325  8.000000000000001e-88  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.89 
 
 
296 aa  317  2e-85  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.42 
 
 
305 aa  310  2e-83  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  54.67 
 
 
309 aa  309  4e-83  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  55.23 
 
 
305 aa  306  2.0000000000000002e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  55.23 
 
 
305 aa  306  2.0000000000000002e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  52.74 
 
 
304 aa  301  7.000000000000001e-81  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  54.17 
 
 
300 aa  301  8.000000000000001e-81  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  51.38 
 
 
303 aa  299  4e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.79 
 
 
304 aa  299  4e-80  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.65 
 
 
308 aa  296  2e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  50.33 
 
 
326 aa  293  2e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  48.31 
 
 
305 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  53.24 
 
 
313 aa  279  6e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.57 
 
 
312 aa  277  2e-73  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  49.48 
 
 
306 aa  276  3e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.38 
 
 
334 aa  276  3e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 
329 aa  276  4e-73  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.38 
 
 
347 aa  276  4e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  49.32 
 
 
311 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  48.98 
 
 
311 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  48.12 
 
 
306 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  53.45 
 
 
323 aa  273  3e-72  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  48 
 
 
334 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  48.77 
 
 
324 aa  270  2e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  49.83 
 
 
326 aa  269  4e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  49.82 
 
 
339 aa  268  7e-71  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.82 
 
 
312 aa  268  8.999999999999999e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  49.14 
 
 
323 aa  266  2.9999999999999995e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  47.52 
 
 
341 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  47.49 
 
 
314 aa  266  2.9999999999999995e-70  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.65 
 
 
320 aa  264  1e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  47.42 
 
 
318 aa  264  2e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  47.22 
 
 
310 aa  263  3e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.77 
 
 
333 aa  263  4e-69  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 
320 aa  263  4e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  46.73 
 
 
341 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  48.66 
 
 
318 aa  261  1e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  47.33 
 
 
315 aa  261  1e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  48.3 
 
 
316 aa  259  3e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.67 
 
 
321 aa  258  8e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.25 
 
 
319 aa  258  1e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.11 
 
 
343 aa  257  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  51.59 
 
 
319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  51.24 
 
 
319 aa  253  3e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.33 
 
 
326 aa  253  4.0000000000000004e-66  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.52 
 
 
300 aa  251  1e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.79 
 
 
319 aa  251  1e-65  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  48.81 
 
 
327 aa  251  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  44.55 
 
 
342 aa  250  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  46.78 
 
 
311 aa  250  3e-65  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  45.8 
 
 
297 aa  250  3e-65  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.64 
 
 
322 aa  249  3e-65  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.79 
 
 
319 aa  249  3e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.1 
 
 
300 aa  249  4e-65  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.1 
 
 
326 aa  249  4e-65  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  47.26 
 
 
315 aa  249  5e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.1 
 
 
313 aa  249  5e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  45.67 
 
 
319 aa  249  5e-65  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 
322 aa  249  6e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.75 
 
 
343 aa  248  7e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  46.23 
 
 
343 aa  249  7e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.72 
 
 
319 aa  248  1e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.68 
 
 
316 aa  248  1e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.13 
 
 
349 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  48.77 
 
 
327 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  48.67 
 
 
349 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  48.36 
 
 
346 aa  244  9.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.48 
 
 
298 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  44.79 
 
 
302 aa  244  9.999999999999999e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  44.48 
 
 
343 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  46.03 
 
 
328 aa  243  3.9999999999999997e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  46.58 
 
 
342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>