More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0359 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  100 
 
 		 426 aa  847    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  93.21 
 
 		 324 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  85.58 
 
 		 334 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  75.5 
 
 		 391 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  75.93 
 
 		 326 aa  491  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  70.09 
 
 		 351 aa  482  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  77.78 
 
 		 264 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  57.1 
 
 		 377 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  64.58 
 
 		 345 aa  364  1e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  63.32 
 
 		 343 aa  355  1e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  63.01 
 
 		 343 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  61.08 
 
 		 337 aa  349  7e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  55.96 
 
 		 341 aa  347  3e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  55.66 
 
 		 341 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.68 
 
 		 347 aa  342  9e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.08 
 
 		 334 aa  339  5e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  60.44 
 
 		 336 aa  339  5e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  57.44 
 
 		 342 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  54.74 
 
 		 343 aa  336  3.9999999999999995e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  57.28 
 
 		 346 aa  336  3.9999999999999995e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  61.25 
 
 		 334 aa  333  3e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  52.94 
 
 		 482 aa  329  7e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  53.7 
 
 		 342 aa  328  1.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  53.85 
 
 		 334 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.81 
 
 		 343 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  52.88 
 
 		 336 aa  313  3.9999999999999997e-84  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.94 
 
 		 343 aa  294  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  52.13 
 
 		 326 aa  279  8e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  51.08 
 
 		 351 aa  276  5e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  51.74 
 
 		 332 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  47.76 
 
 		 313 aa  271  1e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  49.07 
 
 		 331 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.62 
 
 		 335 aa  270  4e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.46 
 
 		 321 aa  267  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  47.52 
 
 		 313 aa  267  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  48.67 
 
 		 349 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.67 
 
 		 349 aa  265  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  48.87 
 
 		 322 aa  263  6e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  46.15 
 
 		 306 aa  261  1e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  45.94 
 
 		 306 aa  261  2e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  45.31 
 
 		 306 aa  259  5.0000000000000005e-68  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  50 
 
 		 376 aa  256  4e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.93 
 
 		 312 aa  256  5e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  44.62 
 
 		 304 aa  254  2.0000000000000002e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.32 
 
 		 304 aa  254  2.0000000000000002e-66  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  47.89 
 
 		 349 aa  254  3e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.35 
 
 		 313 aa  253  5.000000000000001e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  49.38 
 
 		 322 aa  251  2e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.24 
 
 		 337 aa  251  2e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  44.51 
 
 		 315 aa  250  3e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  45.08 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  46.75 
 
 		 323 aa  248  1e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.86 
 
 		 303 aa  248  2e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  47.12 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  43.13 
 
 		 302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.13 
 
 		 302 aa  246  6e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  43.13 
 
 		 302 aa  246  6.999999999999999e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.13 
 
 		 302 aa  245  9e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  43.13 
 
 		 302 aa  245  9e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.13 
 
 		 302 aa  245  9e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.13 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  44.55 
 
 		 302 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.06 
 
 		 322 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.81 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.41 
 
 		 332 aa  244  1.9999999999999999e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.16 
 
 		 332 aa  244  3e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  43.61 
 
 		 303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  42.81 
 
 		 302 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.13 
 
 		 319 aa  243  5e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.07 
 
 		 301 aa  243  6e-63  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  46.11 
 
 		 305 aa  242  1e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.37 
 
 		 302 aa  242  1e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  45.2 
 
 		 306 aa  241  2e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  49.53 
 
 		 315 aa  241  2e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.15 
 
 		 310 aa  241  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  48.57 
 
 		 320 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  43.21 
 
 		 304 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  44.21 
 
 		 320 aa  240  4e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  47.25 
 
 		 341 aa  239  5e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  43.4 
 
 		 329 aa  239  8e-62  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.09 
 
 		 303 aa  238  1e-61  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  46.3 
 
 		 304 aa  238  1e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  42.81 
 
 		 314 aa  237  2e-61  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  46.35 
 
 		 325 aa  237  3e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  47.94 
 
 		 320 aa  237  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.35 
 
 		 347 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  45.54 
 
 		 318 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  43.03 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.03 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  43.34 
 
 		 319 aa  234  3e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  42.04 
 
 		 311 aa  234  3e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  48.77 
 
 		 316 aa  234  3e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.66 
 
 		 312 aa  234  3e-60  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  44.65 
 
 		 326 aa  233  5e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.11 
 
 		 319 aa  233  5e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.06 
 
 		 324 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.15 
 
 		 327 aa  232  9e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  42.36 
 
 		 311 aa  232  9e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  44.89 
 
 		 352 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  45.2 
 
 		 352 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>