More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_3435 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 
319 aa  639    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  80.5 
 
 
322 aa  496  1e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  72.67 
 
 
320 aa  456  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  68.59 
 
 
319 aa  432  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  68.59 
 
 
319 aa  430  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  62.58 
 
 
315 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  61.56 
 
 
326 aa  389  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  55.45 
 
 
326 aa  343  2e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  52.38 
 
 
306 aa  303  3.0000000000000004e-81  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  52.38 
 
 
306 aa  302  5.000000000000001e-81  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.2 
 
 
306 aa  292  5e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  49.52 
 
 
306 aa  291  1e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  52.1 
 
 
331 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.91 
 
 
303 aa  283  3.0000000000000004e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  49.19 
 
 
337 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  49.84 
 
 
322 aa  282  5.000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  48.11 
 
 
336 aa  282  5.000000000000001e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.62 
 
 
343 aa  281  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  46.27 
 
 
313 aa  281  1e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  49.37 
 
 
336 aa  280  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.33 
 
 
332 aa  277  2e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  45.42 
 
 
303 aa  276  5e-73  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  46.73 
 
 
305 aa  275  5e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  52.61 
 
 
334 aa  275  6e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  49.68 
 
 
345 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  47.29 
 
 
334 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.38 
 
 
334 aa  273  4.0000000000000004e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.38 
 
 
347 aa  272  5.000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  50.16 
 
 
346 aa  272  5.000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  47 
 
 
313 aa  270  2e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.84 
 
 
321 aa  270  2e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  45.74 
 
 
305 aa  270  2.9999999999999997e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  45.43 
 
 
305 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.74 
 
 
356 aa  268  1e-70  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  49.03 
 
 
343 aa  267  2e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  49.09 
 
 
342 aa  266  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  49.03 
 
 
343 aa  266  2e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  50.5 
 
 
332 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  47 
 
 
304 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48 
 
 
343 aa  266  4e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  46.54 
 
 
309 aa  266  4e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  43.54 
 
 
482 aa  265  8.999999999999999e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  44.09 
 
 
304 aa  264  1e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.48 
 
 
312 aa  264  1e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  45.22 
 
 
377 aa  264  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  46.82 
 
 
352 aa  264  2e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  44.85 
 
 
311 aa  263  3e-69  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  44.52 
 
 
311 aa  262  4e-69  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  49.68 
 
 
376 aa  263  4e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  45.82 
 
 
341 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.88 
 
 
301 aa  262  4.999999999999999e-69  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  46.3 
 
 
304 aa  262  6e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  47.1 
 
 
310 aa  262  6.999999999999999e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  46.42 
 
 
341 aa  261  8e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  47.44 
 
 
344 aa  261  8e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  47.99 
 
 
322 aa  260  2e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  48.61 
 
 
302 aa  260  2e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.4 
 
 
332 aa  259  3e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.67 
 
 
308 aa  259  3e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  44.3 
 
 
302 aa  258  7e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  45.03 
 
 
306 aa  258  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  46.08 
 
 
349 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.25 
 
 
302 aa  255  6e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.25 
 
 
302 aa  255  8e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.25 
 
 
302 aa  255  8e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  45.25 
 
 
302 aa  255  8e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  46.74 
 
 
323 aa  255  8e-67  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.25 
 
 
302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.27 
 
 
335 aa  254  1.0000000000000001e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  46.63 
 
 
355 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  44.92 
 
 
302 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.47 
 
 
319 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  43.09 
 
 
306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  43.75 
 
 
314 aa  253  3e-66  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  44.92 
 
 
302 aa  253  3e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  45.07 
 
 
304 aa  253  3e-66  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  46.75 
 
 
310 aa  253  3e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.67 
 
 
302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.25 
 
 
313 aa  252  5.000000000000001e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  46.75 
 
 
324 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  46.57 
 
 
341 aa  251  8.000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.41 
 
 
326 aa  251  1e-65  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.95 
 
 
349 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  44.19 
 
 
329 aa  250  2e-65  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  48.15 
 
 
342 aa  250  2e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.19 
 
 
326 aa  249  3e-65  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.26 
 
 
302 aa  249  3e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.42 
 
 
310 aa  249  4e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.18 
 
 
348 aa  249  4e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  42.81 
 
 
302 aa  248  1e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.27 
 
 
337 aa  248  1e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  42.23 
 
 
305 aa  248  1e-64  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.38 
 
 
319 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  45.51 
 
 
318 aa  247  2e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.67 
 
 
300 aa  247  2e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  46.13 
 
 
426 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  47.59 
 
 
293 aa  246  3e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.38 
 
 
319 aa  246  3e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  44.05 
 
 
300 aa  246  4e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.22 
 
 
347 aa  246  4e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>