More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2118 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 337 aa  680    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.18 
 
 		 349 aa  450  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  67.88 
 
 		 349 aa  448  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  67.8 
 
 		 349 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.11 
 
 		 310 aa  422  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.14 
 
 		 347 aa  396  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  62.77 
 
 		 341 aa  383  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  50.45 
 
 		 342 aa  299  5e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.41 
 
 		 334 aa  292  4e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.41 
 
 		 347 aa  292  6e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  50.9 
 
 		 337 aa  292  7e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  48.39 
 
 		 334 aa  290  2e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  52.89 
 
 		 334 aa  290  3e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  52.89 
 
 		 351 aa  289  4e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  49.85 
 
 		 341 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.25 
 
 		 335 aa  288  1e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  50.9 
 
 		 336 aa  287  2e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  50.61 
 
 		 343 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  45.83 
 
 		 336 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.07 
 
 		 321 aa  283  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  50.61 
 
 		 345 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  50.3 
 
 		 343 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  48.66 
 
 		 341 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  46.74 
 
 		 377 aa  277  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  50.46 
 
 		 346 aa  277  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.75 
 
 		 343 aa  277  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  48.34 
 
 		 315 aa  272  7e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  46.94 
 
 		 343 aa  272  8.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  46.74 
 
 		 482 aa  270  2.9999999999999997e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  46.5 
 
 		 326 aa  269  5e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  49.7 
 
 		 376 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.15 
 
 		 332 aa  263  2e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  47.32 
 
 		 334 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.77 
 
 		 326 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  47.08 
 
 		 304 aa  262  6.999999999999999e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  46.57 
 
 		 324 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  45.9 
 
 		 319 aa  259  6e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.77 
 
 		 302 aa  258  7e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  46.77 
 
 		 302 aa  258  9e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.77 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  46.77 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.77 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  44.92 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.77 
 
 		 302 aa  257  2e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.67 
 
 		 332 aa  257  2e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  47.38 
 
 		 304 aa  256  3e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  46.77 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  46.13 
 
 		 323 aa  256  4e-67  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  46.46 
 
 		 302 aa  256  5e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  45.59 
 
 		 319 aa  255  6e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.76 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  45.37 
 
 		 426 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  45.82 
 
 		 306 aa  252  5.000000000000001e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.77 
 
 		 313 aa  252  5.000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  45.62 
 
 		 326 aa  252  5.000000000000001e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 320 aa  251  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  45.23 
 
 		 302 aa  251  2e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.92 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  45.51 
 
 		 306 aa  250  3e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.54 
 
 		 302 aa  249  4e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  46.22 
 
 		 306 aa  249  4e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  43.52 
 
 		 332 aa  249  5e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  42.55 
 
 		 313 aa  248  7e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.22 
 
 		 322 aa  247  2e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.23 
 
 		 303 aa  247  2e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.25 
 
 		 343 aa  247  3e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  44.17 
 
 		 306 aa  247  3e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  48.89 
 
 		 342 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.16 
 
 		 301 aa  244  1.9999999999999999e-63  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.96 
 
 		 319 aa  242  7.999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  44.92 
 
 		 313 aa  241  2e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.75 
 
 		 303 aa  240  2e-62  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  41.82 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  46.02 
 
 		 391 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  45.37 
 
 		 331 aa  239  4e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  44.44 
 
 		 334 aa  239  5e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  47.37 
 
 		 309 aa  239  5.999999999999999e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  42.94 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  43.21 
 
 		 322 aa  238  1e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.99 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  45.23 
 
 		 319 aa  236  3e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  43.71 
 
 		 351 aa  236  3e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  46.91 
 
 		 327 aa  235  9e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.44 
 
 		 296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 324 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 324 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495395  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 324 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000750012  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.34 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  44 
 
 		 325 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  44.44 
 
 		 324 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000267118  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  42.59 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  44 
 
 		 336 aa  232  6e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  43.69 
 
 		 320 aa  232  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  44.62 
 
 		 340 aa  232  6e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.44 
 
 		 325 aa  232  8.000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  42.64 
 
 		 318 aa  231  9e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  43.29 
 
 		 322 aa  231  1e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.48 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.52 
 
 		 323 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.52 
 
 		 323 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>