More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_2620 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
347 aa  724    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  70.86 
 
 
352 aa  492  9.999999999999999e-139  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.98 
 
 
356 aa  490  1e-137  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  61.09 
 
 
342 aa  426  1e-118  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.41 
 
 
348 aa  419  1e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  58.04 
 
 
341 aa  414  1e-114  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  58.46 
 
 
348 aa  409  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  56.98 
 
 
356 aa  395  1e-109  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  56.63 
 
 
343 aa  397  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  48.15 
 
 
354 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.2 
 
 
350 aa  300  3e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  43.15 
 
 
347 aa  291  8e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  46.3 
 
 
354 aa  291  2e-77  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  45.94 
 
 
349 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  43.11 
 
 
346 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  46.75 
 
 
363 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  48.69 
 
 
306 aa  271  1e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  47.71 
 
 
306 aa  266  2.9999999999999995e-70  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 
327 aa  259  4e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  42.32 
 
 
355 aa  258  8e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.73 
 
 
318 aa  255  7e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.77 
 
 
303 aa  253  4.0000000000000004e-66  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  45.96 
 
 
305 aa  252  8.000000000000001e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  45.96 
 
 
305 aa  252  8.000000000000001e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  43.79 
 
 
331 aa  251  1e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.73 
 
 
318 aa  251  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  46.28 
 
 
304 aa  250  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  43.17 
 
 
314 aa  248  9e-65  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.72 
 
 
302 aa  247  3e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  44.72 
 
 
302 aa  247  3e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 
302 aa  246  4e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.77 
 
 
296 aa  246  4e-64  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.41 
 
 
302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  44.41 
 
 
302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.41 
 
 
302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 
302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  46.75 
 
 
304 aa  246  6e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.38 
 
 
347 aa  245  9.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  42.94 
 
 
320 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.48 
 
 
334 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  43.67 
 
 
315 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.02 
 
 
303 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  45.6 
 
 
305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  44.1 
 
 
302 aa  243  3e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  42.42 
 
 
325 aa  243  3e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.95 
 
 
301 aa  243  3.9999999999999997e-63  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  43.48 
 
 
302 aa  243  5e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  42.28 
 
 
334 aa  242  6e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  44.95 
 
 
304 aa  242  6e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  46.41 
 
 
302 aa  242  7.999999999999999e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  43.04 
 
 
318 aa  242  7.999999999999999e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.32 
 
 
356 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  42.37 
 
 
303 aa  241  1e-62  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.1 
 
 
302 aa  241  1e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  42.77 
 
 
306 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.55 
 
 
313 aa  239  6.999999999999999e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  41.14 
 
 
400 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  40.97 
 
 
345 aa  238  1e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.26 
 
 
305 aa  237  2e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  42.81 
 
 
326 aa  237  2e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.94 
 
 
321 aa  237  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  46.03 
 
 
319 aa  236  4e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  42.11 
 
 
315 aa  236  4e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  42.68 
 
 
341 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  37.35 
 
 
344 aa  236  6e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  40.63 
 
 
407 aa  235  7e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  40.63 
 
 
405 aa  235  7e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  45.36 
 
 
319 aa  235  8e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.22 
 
 
322 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  40.32 
 
 
360 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.68 
 
 
319 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  45.73 
 
 
334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  42.99 
 
 
342 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.84 
 
 
402 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  40.84 
 
 
402 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.08 
 
 
343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  40.84 
 
 
402 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  43.45 
 
 
420 aa  233  3e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  42.77 
 
 
319 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.99 
 
 
343 aa  233  5e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  40.51 
 
 
309 aa  232  5e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.65 
 
 
438 aa  232  6e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.23 
 
 
327 aa  232  7.000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  41.4 
 
 
329 aa  232  7.000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.01 
 
 
296 aa  231  1e-59  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  41.85 
 
 
313 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.56 
 
 
391 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  41.12 
 
 
326 aa  231  1e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  42.95 
 
 
305 aa  230  2e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.09 
 
 
306 aa  231  2e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  38.55 
 
 
310 aa  231  2e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  40.65 
 
 
431 aa  231  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  40.62 
 
 
311 aa  230  3e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  43.17 
 
 
349 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  42.86 
 
 
323 aa  229  4e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.17 
 
 
337 aa  229  4e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  42.99 
 
 
341 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.81 
 
 
326 aa  228  9e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.56 
 
 
349 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  42.68 
 
 
313 aa  228  1e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>