More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_22700 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 311 aa  622  1e-177  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  80.65 
 
 		 310 aa  454  1e-127  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  75.99 
 
 		 309 aa  449  1e-125  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.9 
 
 		 308 aa  443  1e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  78.57 
 
 		 311 aa  442  1e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  70.26 
 
 		 310 aa  443  1e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  77.08 
 
 		 307 aa  439  9.999999999999999e-123  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  66.56 
 
 		 308 aa  424  1e-118  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  68.08 
 
 		 313 aa  424  1e-118  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  66.67 
 
 		 312 aa  422  1e-117  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  65.9 
 
 		 308 aa  413  1e-114  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.15 
 
 		 309 aa  410  1e-113  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  66.56 
 
 		 308 aa  406  1.0000000000000001e-112  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  64.71 
 
 		 309 aa  406  1.0000000000000001e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.11 
 
 		 308 aa  405  1.0000000000000001e-112  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  66.67 
 
 		 309 aa  397  9.999999999999999e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  65.81 
 
 		 309 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  69.74 
 
 		 312 aa  399  9.999999999999999e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.29 
 
 		 304 aa  393  1e-108  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  64.47 
 
 		 308 aa  391  1e-108  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.29 
 
 		 304 aa  393  1e-108  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  64.31 
 
 		 309 aa  394  1e-108  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.96 
 
 		 304 aa  390  1e-107  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  65.69 
 
 		 315 aa  384  1e-106  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.05 
 
 		 309 aa  386  1e-106  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  63.11 
 
 		 308 aa  387  1e-106  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.11 
 
 		 314 aa  385  1e-106  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  61.76 
 
 		 310 aa  383  1e-105  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.71 
 
 		 313 aa  379  1e-104  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  63.73 
 
 		 313 aa  378  1e-104  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  67.22 
 
 		 308 aa  380  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  62.83 
 
 		 314 aa  373  1e-102  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  61.36 
 
 		 312 aa  371  1e-102  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  64.47 
 
 		 314 aa  371  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.81 
 
 		 308 aa  365  1e-100  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.66 
 
 		 320 aa  366  1e-100  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  49.51 
 
 		 321 aa  294  1e-78  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  58.67 
 
 		 258 aa  224  1e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  45.1 
 
 		 310 aa  222  4.9999999999999996e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  44.75 
 
 		 315 aa  219  3e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  40.13 
 
 		 306 aa  216  5.9999999999999996e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  45.15 
 
 		 316 aa  215  8e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.54 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  43.09 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.79 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  41.69 
 
 		 323 aa  209  7e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  39.29 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  41.1 
 
 		 326 aa  207  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  41.59 
 
 		 319 aa  206  4e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.54 
 
 		 308 aa  206  5e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  43.27 
 
 		 327 aa  206  6e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  39.53 
 
 		 302 aa  205  6e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  38.18 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  39.93 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  40.27 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  42.5 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  38.72 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.13 
 
 		 343 aa  199  5e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  41.16 
 
 		 313 aa  199  5e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.12 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 315 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1901  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.12 
 
 		 353 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0554937  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  39.53 
 
 		 313 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 377 aa  196  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  40.38 
 
 		 326 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  40.57 
 
 		 348 aa  195  6e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.33 
 
 		 301 aa  196  6e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1978  pseudouridine synthase, RluA family  43.21 
 
 		 353 aa  195  9e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.11099  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  38.68 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.26 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.47 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  35.96 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.53 
 
 		 296 aa  193  4e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  34.81 
 
 		 313 aa  193  4e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2063  pseudouridine synthase, RluA family  42.11 
 
 		 352 aa  193  4e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.585518  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  39.39 
 
 		 304 aa  192  4e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  42.44 
 
 		 315 aa  192  6e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.03 
 
 		 322 aa  192  7e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.73 
 
 		 321 aa  192  7e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.04 
 
 		 312 aa  191  2e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.36 
 
 		 322 aa  190  2e-47  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  39.05 
 
 		 320 aa  189  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  37.94 
 
 		 327 aa  189  4e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  38.2 
 
 		 325 aa  189  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  37.74 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.31 
 
 		 403 aa  189  7e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  37.37 
 
 		 306 aa  188  9e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  35.37 
 
 		 303 aa  188  9e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.46 
 
 		 356 aa  187  2e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 		 370 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.38 
 
 		 326 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  39.29 
 
 		 341 aa  186  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.73 
 
 		 319 aa  186  3e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  39.68 
 
 		 370 aa  186  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  41.69 
 
 		 337 aa  186  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  40 
 
 		 358 aa  186  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  41.72 
 
 		 314 aa  185  8e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  36.86 
 
 		 305 aa  185  9e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.51 
 
 		 403 aa  185  9e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>