More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCAP_0395 on replicon NC_007633
Organism: Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 322 aa  645    Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  58.65 
 
 		 311 aa  355  6.999999999999999e-97  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.97 
 
 		 303 aa  265  5e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  43.79 
 
 		 304 aa  260  2e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 		 304 aa  258  1e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  46.31 
 
 		 305 aa  256  4e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  45.31 
 
 		 300 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 		 304 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  44.64 
 
 		 334 aa  249  3e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  42.54 
 
 		 331 aa  249  6e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.41 
 
 		 303 aa  248  7e-65  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  41.9 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.74 
 
 		 296 aa  244  1.9999999999999999e-63  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  41.59 
 
 		 302 aa  243  3e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.27 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  41.27 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  41.27 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.27 
 
 		 302 aa  242  5e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  42.43 
 
 		 302 aa  242  6e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.76 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.27 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.97 
 
 		 296 aa  241  2e-62  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.95 
 
 		 302 aa  241  2e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  41.14 
 
 		 306 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.27 
 
 		 302 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.27 
 
 		 308 aa  239  4e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.14 
 
 		 306 aa  239  5e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  43 
 
 		 305 aa  238  8e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  43 
 
 		 305 aa  238  8e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.42 
 
 		 305 aa  238  9e-62  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  43.49 
 
 		 305 aa  238  9e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  40.74 
 
 		 376 aa  238  1e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  43.09 
 
 		 305 aa  238  1e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.59 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  43.3 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  51.09 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  50.22 
 
 		 306 aa  235  8e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.85 
 
 		 343 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.61 
 
 		 304 aa  233  2.0000000000000002e-60  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  41.35 
 
 		 313 aa  233  5e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  39.54 
 
 		 313 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  40.57 
 
 		 306 aa  226  4e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  42.76 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  37.66 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  41.5 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.81 
 
 		 312 aa  224  2e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.76 
 
 		 321 aa  223  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  39.68 
 
 		 326 aa  222  6e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.54 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.13 
 
 		 316 aa  218  1e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.45 
 
 		 343 aa  217  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 311 aa  218  2e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  40.2 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  40.58 
 
 		 311 aa  216  4e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  40.06 
 
 		 306 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  45.04 
 
 		 319 aa  215  8e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  38.39 
 
 		 323 aa  215  9e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  35.55 
 
 		 334 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  45.23 
 
 		 319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.27 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.06 
 
 		 334 aa  213  3.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.6 
 
 		 332 aa  213  3.9999999999999995e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  45.41 
 
 		 320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  34.92 
 
 		 314 aa  213  4.9999999999999996e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.68 
 
 		 347 aa  211  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  36.34 
 
 		 342 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  37.46 
 
 		 346 aa  211  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  38.12 
 
 		 329 aa  210  3e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  37.19 
 
 		 323 aa  210  3e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  36.96 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  44.07 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  37.42 
 
 		 343 aa  209  6e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  38.61 
 
 		 326 aa  209  6e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  38.2 
 
 		 318 aa  208  9e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  36.53 
 
 		 341 aa  208  9e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.23 
 
 		 322 aa  207  1e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  38.2 
 
 		 318 aa  208  1e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  35.24 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  37.11 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  35.67 
 
 		 334 aa  207  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.1 
 
 		 319 aa  206  5e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  36.04 
 
 		 341 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0175  pseudouridine synthase, RluA family  41.96 
 
 		 318 aa  206  5e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 		 343 aa  206  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.22 
 
 		 332 aa  205  8e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  36.28 
 
 		 316 aa  205  8e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  34.08 
 
 		 332 aa  205  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  37.66 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.69 
 
 		 312 aa  204  1e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  39.74 
 
 		 328 aa  205  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  36.31 
 
 		 355 aa  203  2e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1559  pseudouridine synthase, RluA family  35.53 
 
 		 344 aa  204  2e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.627219  hitchhiker  0.0055148 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  36.81 
 
 		 337 aa  203  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  33.23 
 
 		 322 aa  202  4e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  33.44 
 
 		 344 aa  202  9e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.27 
 
 		 276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  35.71 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  36.94 
 
 		 342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  40.57 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  43.33 
 
 		 311 aa  200  3e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>