More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Elen_1559 on replicon NC_013204
Organism: Eggerthella lenta DSM 2243



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013204  Elen_1559  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
344 aa  693    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.627219  hitchhiker  0.0055148 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  60.06 
 
 
320 aa  360  2e-98  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06360  pseudouridine synthase, RluA family  55.43 
 
 
347 aa  359  5e-98  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.465588  normal  0.220334 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0839  pseudouridine synthase, RluA family  52.85 
 
 
336 aa  333  3e-90  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00962928 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  46.05 
 
 
304 aa  252  5.000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  46.11 
 
 
305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  43.42 
 
 
302 aa  241  2e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 
304 aa  238  1e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  41.56 
 
 
302 aa  236  3e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  44.27 
 
 
331 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.56 
 
 
302 aa  235  9e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  41.56 
 
 
302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.56 
 
 
302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  41.56 
 
 
302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.56 
 
 
302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  45 
 
 
309 aa  233  3e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.56 
 
 
302 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.51 
 
 
305 aa  233  5e-60  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.25 
 
 
302 aa  233  5e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  41.25 
 
 
302 aa  232  8.000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.12 
 
 
296 aa  232  9e-60  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.93 
 
 
296 aa  229  6e-59  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.78 
 
 
302 aa  227  2e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  44.41 
 
 
306 aa  226  6e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  42.68 
 
 
305 aa  225  1e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  42.68 
 
 
305 aa  225  1e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.71 
 
 
303 aa  223  4e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  40.07 
 
 
305 aa  220  3e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  44.28 
 
 
343 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  46.75 
 
 
334 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.24 
 
 
303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  41.38 
 
 
304 aa  219  5e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  39.94 
 
 
326 aa  218  1e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  43.67 
 
 
342 aa  218  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.43 
 
 
347 aa  218  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  41.29 
 
 
305 aa  217  2e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.72 
 
 
301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.51 
 
 
334 aa  216  4e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.52 
 
 
343 aa  216  5.9999999999999996e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  40.26 
 
 
304 aa  211  1e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  40.12 
 
 
323 aa  211  2e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  42.42 
 
 
341 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  39.02 
 
 
313 aa  210  3e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  37.93 
 
 
306 aa  209  5e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  42.43 
 
 
334 aa  209  5e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  41.08 
 
 
313 aa  209  7e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.73 
 
 
308 aa  208  1e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  40.75 
 
 
339 aa  207  2e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.27 
 
 
306 aa  207  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  44.48 
 
 
324 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  43.16 
 
 
341 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  44.14 
 
 
332 aa  207  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  40.31 
 
 
315 aa  207  3e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  39.8 
 
 
320 aa  206  3e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.61 
 
 
326 aa  207  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  45.03 
 
 
426 aa  206  6e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  41.82 
 
 
334 aa  205  7e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  38.69 
 
 
319 aa  205  7e-52  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  42.14 
 
 
316 aa  205  1e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.05 
 
 
304 aa  205  1e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.53 
 
 
322 aa  204  3e-51  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  39.29 
 
 
300 aa  203  4e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  39.37 
 
 
311 aa  203  4e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  38.11 
 
 
314 aa  203  4e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  41.85 
 
 
342 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  41.64 
 
 
346 aa  201  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  38.96 
 
 
326 aa  201  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  39.05 
 
 
311 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  38.36 
 
 
319 aa  201  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  37.7 
 
 
319 aa  201  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  41.82 
 
 
322 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.21 
 
 
312 aa  200  3e-50  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  38.64 
 
 
326 aa  199  3.9999999999999996e-50  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.65 
 
 
313 aa  199  3.9999999999999996e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.18 
 
 
333 aa  199  7e-50  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  40.58 
 
 
306 aa  199  7e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  37.95 
 
 
311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.52 
 
 
332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  39.94 
 
 
325 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  42.34 
 
 
351 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.57 
 
 
343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.45 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  43.77 
 
 
345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  40.68 
 
 
319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  36.93 
 
 
578 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  40.25 
 
 
329 aa  196  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.42 
 
 
320 aa  195  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  41.85 
 
 
320 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  41.53 
 
 
320 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  37.3 
 
 
344 aa  194  1e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  38.76 
 
 
328 aa  194  3e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  41.12 
 
 
326 aa  193  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.06 
 
 
321 aa  192  6e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  40.91 
 
 
391 aa  192  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  39.1 
 
 
320 aa  192  9e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.33 
 
 
320 aa  192  9e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  37.42 
 
 
352 aa  191  1e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  37.46 
 
 
303 aa  190  2e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  38.83 
 
 
329 aa  191  2e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  38.64 
 
 
302 aa  190  4e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>