More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3012 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 311 aa  620  1e-177  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  46.05 
 
 		 323 aa  250  2e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  44.78 
 
 		 306 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  47.99 
 
 		 331 aa  236  3e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.96 
 
 		 312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  40.48 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  45 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.97 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.67 
 
 		 321 aa  228  9e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.16 
 
 		 343 aa  228  9e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  42.67 
 
 		 329 aa  227  2e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.8 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 314 aa  226  4e-58  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  43.37 
 
 		 320 aa  225  8e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  42.07 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.69 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  42.02 
 
 		 326 aa  223  4e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.75 
 
 		 316 aa  223  4.9999999999999996e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  43.04 
 
 		 304 aa  222  6e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  41.72 
 
 		 306 aa  222  6e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  41.82 
 
 		 377 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 311 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  45.45 
 
 		 334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  44.8 
 
 		 311 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  43.52 
 
 		 318 aa  219  6e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  43.19 
 
 		 318 aa  219  6e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 309 aa  219  6e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  42.63 
 
 		 326 aa  218  8.999999999999998e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  42.18 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  43.08 
 
 		 342 aa  216  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  40.97 
 
 		 376 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.13 
 
 		 326 aa  216  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  41.59 
 
 		 319 aa  216  4e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  40.79 
 
 		 300 aa  215  9e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  43.34 
 
 		 304 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  44.16 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  41.27 
 
 		 319 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  41.36 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.82 
 
 		 319 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.53 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  42.3 
 
 		 344 aa  213  2.9999999999999995e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.53 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  40.53 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  40.53 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.53 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  38.46 
 
 		 313 aa  212  5.999999999999999e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  41.49 
 
 		 391 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  44.08 
 
 		 426 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  40.53 
 
 		 302 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.53 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  43.39 
 
 		 334 aa  211  9e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  44.05 
 
 		 345 aa  211  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.81 
 
 		 347 aa  211  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.81 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  42.86 
 
 		 339 aa  211  1e-53  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  42.11 
 
 		 482 aa  211  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  44.41 
 
 		 324 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.88 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  41.5 
 
 		 311 aa  210  2e-53  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  40.2 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.18 
 
 		 303 aa  211  2e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  41.91 
 
 		 315 aa  210  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  43.44 
 
 		 343 aa  209  3e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  41.36 
 
 		 341 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  37.85 
 
 		 319 aa  209  3e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.02 
 
 		 306 aa  209  4e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  41.23 
 
 		 306 aa  209  4e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  43.44 
 
 		 343 aa  209  4e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  41.19 
 
 		 351 aa  209  5e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.2 
 
 		 302 aa  209  5e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.86 
 
 		 343 aa  209  5e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.94 
 
 		 337 aa  208  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  42.95 
 
 		 332 aa  207  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  42.95 
 
 		 346 aa  207  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  48.39 
 
 		 342 aa  206  3e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  40.25 
 
 		 341 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  40.41 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  41.95 
 
 		 324 aa  206  5e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  41.14 
 
 		 310 aa  206  6e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  42.3 
 
 		 578 aa  205  8e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  42.23 
 
 		 341 aa  204  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  40.26 
 
 		 322 aa  204  2e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.16 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  39.37 
 
 		 325 aa  203  4e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  42.67 
 
 		 351 aa  202  5e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  40.62 
 
 		 334 aa  202  6e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  46.94 
 
 		 264 aa  202  8e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  42.18 
 
 		 316 aa  202  8e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.53 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  42.63 
 
 		 337 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.46 
 
 		 349 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.33 
 
 		 333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  40.14 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  41.64 
 
 		 349 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.88 
 
 		 323 aa  199  3e-50  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  39.94 
 
 		 343 aa  200  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.33 
 
 		 322 aa  200  3e-50  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.42 
 
 		 337 aa  200  3e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  37.66 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>